С Заблоцкими вышел реприманд. В ноябре они переехали на собственную квартиру, а вскоре Бородин получил от Надежды Марковны некое письмо, после чего в их отношениях появилась неловкость. Екатерина Сергеевна немедленно узнала о «пассаже» из «отчета» супруга вкупе с еженедельным рапортом о Калининой, которые обычно бывали в таком духе: «С А. вижусь только в концертах и то мельком… А. — ничего. По-видимому очень расположена, но не более. Я вежлив и мил, как всегда… и только». Анка слушала лекции по математике, физике и химии, пока не приключилось у нее заболевания глаз.
Уж какими ласковыми прозвищами не награждал Александр Порфирьевич тогда жену — Червленая, Маленькая, Голенькая, Синенькая, Клопик, Зопик, Сопик, Пипи, Газой, Писойчик, Золотойка, Дорогойка, Пуговчик, Собин-ка, Собачка… Чего только не писал ей: «В первое время по приезде я ужасно скучал и скучал именно по тебе специально… Милая Кокушка, хорошая девочка, Вас очень, очень любят и все думают про Вас. Иногда даже позволяют себе громко славословить, так что на коридоре слышно. Но последнее впрочем редко случается; потому боятся раздражить — даже заочно». Имелись в виду импровизации вроде On aime son petit Pigot («Любят своего маленького Пиго»).
Ноябрь выдался пасмурный, в лаборатории целыми днями работали при газовом освещении. Начался ледостав на Неве, но каждый раз прерывался оттепелью, и лекции в академии прекратились месяца на полтора. Бородин совсем затосковал. Чуть не каждый день бывал в гостях, а дома подольше засиживался в лаборатории, только бы поменьше «чувствовать себя сторожем, стерегущим хозяйское добро». Тишина угнетала: «На днях я ужасно радовался тому, что лопнула труба в коридоре и ее пришлось чинить по ночам. Стук, ходьба, движение, жизнь. Теперь для меня как нельзя более понятен смысл одной юмористической брошюрки, на немецком языке: «О несчастии, происходящем от одинокой жизни и в особенности — от спанья в одиночестве. Сочинение, удостоенное премии Академией счастливых супругов». Я читал ее очень давно, еще в детстве и не понимал тогда всей глубины ее смысла, полного житейской правды». Екатерина Сергеевна все не ехала. Кто развлекал ее, так любившую общество, в московском доме Ступишиных? Известно о визитах сплетничавшего Пановского, но главное — с ней была маленькая Лиза. Екатерина Сергеевна обучала способную девочку чтению, письму и Священной истории.
Авдотья Константиновна всю осень прохворала. Митя переводился из Опочки поближе, в Новую Ладогу. Еня сидел без работы и осенью 1869 года уехал в Кашин строить дом для Калинина. К середине декабря «тетушка» поправилась и водворилась у старшего сына, все прибрала, вычистила, повесила драпировки. Квартира обрела жилой вид. На Рождество Бородин съездил к жене в Москву и уже 8 января отправился обратно. На вокзал его провожала горничная жены Дуняша, поскольку Екатерина Сергеевна отправилась в Большой театр на «Пророка» Мейербера. Вернулся профессор домой простывшим в вагоне 3-го класса и в какой-то растерянности: «Вообще поездка в Москву мне кажется каким-то сном. Теперь, когда я стою перед бюро и строчу тебе это письмо, я похож на известную старушку в сказке «О рыбаке и рыбке»: опять та же обстановка, та же покосившаяся хата, то же разбитое корыто… точно и не ездил в Москву».