Среди самых ярких личностей первого выпуска была Анна Николаевна Шабанова. Совсем юная смоленская дворянка, едва сдав экзамены на аттестат зрелости при Московском университете, ринулась в пучину революционной деятельности в составе Ишутинского кружка (бывшего отделения «Земли и воли»), В 1865 году одни члены кружка готовили побег с каторги, другие (или те же самые?), среди которых была и семнадцатилетняя Шабанова, начитавшись «Что делать?», открывали в Москве женские мастерские и вели агитацию среди работниц. Поскольку к «ишутинцам» принадлежал Каракозов, после его покушения на Александра II две тысячи членов кружка оказались под следствием. Анна Николаевна полгода провела в одиночке Петропавловской крепости и была выслана в родную губернию.
Вскоре интересы девушки заметно изменились. Она сделала безуспешную попытку поступить в Медико-хирургическую академию, а в 1870 году стала студенткой университета в Хельсинки и прилежно занялась изучением химии (хотя в следующем году тот же университет не прельстил другую экс-узницу Петропавловки — Луканину). В 1873-м Шабанова с готовностью оставила Хельсинки и присоединилась к ученым акушеркам, поступив сразу на второй курс. Тут-то и произошло знакомство с Бородиным, вылившееся в четырнадцатилетнюю дружбу. На первое время он даже приютил девушку у себя. Слушая лекции Карла Андреевича Раухфуса, Анна Николаевна поняла: ее призвание — педиатрия. Занималась она с таким усердием, что по окончании курсов ее оставили ассистенткой, затем ординатором при Николаевском военном госпитале. Революционное прошлое не помешало.
Бородин установил в лаборатории такой порядок, чтобы будущие ученые акушерки не встречались во время занятий со студентами мужского пола. Для начала он устроил особое женское отделение на девять мест (то есть для восемнадцати курсисток), потом «в виду большого числа занимающихся и крайне ревностного отношения их к делу» добавил еще шесть, так что одновременно у него могли работать до тридцати девушек. В 1873 году второкурсницы в форменных коричневых платьях с белоснежными воротничками и манжетами ежедневно с пяти до семи-восьми часов вечера занимались под его руководством качественным и количественным анализом. А дома (то есть за стенкой лаборатории) сидела и читала медицинские книги «тетушка», стриженая и в очках: «Как есть — передовая женщина!»
В июне 1873 года Бородин получил благодарность военного министра за успешное преподавание женщинам и в августе во время торжественного обеда на Съезде естествоиспытателей в Казани, разогретый вином, поднял эту тему: «…сказал горячую речь, провозгласив тост за процветание специального образования женщин. Поднялся гвалт, и мне сделали шумную овацию. Все это потом, говорят, разнеслось живо по Казани. (Когда я был в театре несколько дней спустя — одна из казанских дам… прислала мне сказать через Бутлерова, что она искренно меня уважает, горячо благодарит за сочувствие женскому делу и крепко жмет руку. Я, разумеется, сейчас отвечал, что мне это очень приятно и что я желаю быть представленным этой барыне. Оказалось — очень хорошенькая, живая и образованная дама из общества)».
В 1876 году состоялся первый выпуск «ученых акушерок». Эксперимент признали удачным, учебное заведение переименовали в Женские врачебные курсы при Николаевском военном госпитале, выделили государственную субсидию, срок обучения увеличили до пяти лет. В госпитале, таком знакомом Бородину, появились специальные помещения для курсисток, и он энергично занялся оборудованием новой лаборатории. Знакомиться с опытом этого уникального учреждения специально приезжали иностранцы. Должно быть, их удивляло, что в деликатном деле женского образования военное ведомство оказалось далеко впереди университетов (обстоятельство, впоследствии оказавшееся бомбой замедленного действия). Но вопреки новым веяниям Кашеварову-Рудневу, первую в России женщину — доктора медицины, все-таки не ввели в число преподавателей. Не удалось попасть в штат и Юлии Всеволодовне Лермонтовой, первой русской женщине — доктору химии. В 1874 году она блестяще защитила диссертацию в Гёттингенском университете, а по возвращении в Петербург Менделеев устроил в ее честь торжественный «химический» обед. Бородин на обеде присутствовал, но помочь Лермонтовой с устройством на курсы не смог. От начала и до конца их существования он один читал там химию, за исключением ее физиологической части.