Девушки оканчивали курсы — и снова требовалось участие Александра Порфирьевича. Одним он помогал с поиском работы, другие отчаянно взывали о моральной поддержке, ибо первые впечатления на новом месте часто обескураживали. Первое письмо профессору от врача Марьи Ивановны Покровской из Опочки Псковской губернии — вопль отчаяния:
«Вот, Александр Порфирович, я и общественный деятель. Сижу я теперь да горькую думу думаю: неужели такова эта деятельность, которую я себе некогда представляла верхом совершенства?.. Представьте себе мой сегодняшний день. Пришлось принимать больных, было человек 60. Как Вы думаете, можно тут задуматься, остановиться на чем-нибудь? Приходится исследовать больных очень поверхностно, прописать подходящее. Голова пошла кругом, и теперь сижу, как одурелая… Жаль у нас в больнице платные места, так что крестьянам мудрено туда попасть, 9 р. в месяц ему негде взять, а бесплатно принимают только сифилитиков да черкесов. По-моему, это очень несправедливо. Крестьяне содержат больницу, врача больничного и притом должны платить, если хотят туда попасть. Больница существует только для виду и для ссыльных черкесов… Относительно моего сотоварища — Шульц я могу сказать, что она производит на меня впечатление человека, который свое дело сделает, пожалуй и честно, но безо всякого увлечения, удовольствия, сделает как долг, но безо всякой любви. А мне кажется, что если человек хочет идти вперед в каком-нибудь деле, он должен любить это дело, увлекаться им, иначе он застынет на месте, на одной точке… И зачем только я сюда приехала?»
По-видимому, Александр Порфирьевич нашел для своей ученицы нужные слова. Вскоре она в Опочке обжилась, осмотрелась, на часть вопросов появились ответы. Оказывается, в 1860-е годы, когда земская больница только открывалась, бичом уезда был сифилис, из-за которого признавали негодными около половины рекрутов, и только к началу 1880-х годов усилиями врачей удалось переломить ситуацию. Доктор А. И. Шульц, сперва «не показавшаяся» Марье Ивановне, в том самом 1882 году представила собранную по приходским книгам статистику рождений и смертей и выявила волости, в которых смертность оказалась ужасающей. Земство немедленно приступило к санитарным мерам.
Приходилось Бородину печься и о подготовке будущих студенток. 5 октября 1882 года он получил извещение о том, что 2 ноября 1881 года утвержден членом Попечительского совета женской гимназии Стоюниной. Мария Николаевна Стоюнина с юности мечтала о высшем образовании, но ее супруг Владимир Яковлевич — выдающийся педагог, в 1871–1875 годах инспектор Николаевского сиротского института в Москве — воспротивился решительно и едко. Мария Николаевна занялась самообразованием, посещала Педагогический музей в Соляном городке, где Бородин изредка читал лекции. Когда она решила открыть в Петербурге частную женскую гимназию, муж ее поддержал, а напутствовал на новое дело Достоевский (они дружили семьями).
Занятия начались 25 октября 1881 года совсем в семейной обстановке: Мария Николаевна — начальница, Владимир Яковлевич — инспектор, одна из всего семи учениц — их старшая дочь, на хозяйстве — мать Марии Николаевны. Через месяц открыли также детский сад. Среди отцов-основателей гимназии был выпускник МХА, специалист по нормальной анатомии Петр Францевич Лесгафт. Благодаря ему большое значение изначально придавалось физическому воспитанию девочек, развитию в них воли и самостоятельности. Гимнастику попеременно вели Лесгафт и женщина-врач, выпускница Бородина Анна Адамовна Красуская. Среди знакомых Бородину учителей был Григорий Алексеевич Маренич, впоследствии преподаватель сольфеджио Петербургской консерватории, с 1883 года — профессор.