Берег между Петала и Калидоном низменный, а потому разведчики дона Хуана смогли увидеть парусный турецкий флот раньше, чем турки заметили христиан, шедших под веслами. Вообще же в бою при Лепанто паруса применялись лишь при подходе к району развертывания флотов. Затем они убирались, и дальнейшие действия происходили в соответствии с требованиями тактики гребного флота.
На вооружении у кораблей находилась сильная артиллерия и большое количество стрелков из аркебуз (фитильных ружей). Для наиболее полного использования огнестрельного оружия дон Хуан внес поправки в конструкцию кораблей, приказав срезать на галерах носы. Однако артиллерия стала лишь средством завязки боя, а основным приемом борьбы являлся абордаж. Медленность заряжания орудий и небольшая точность артиллерийского огня исключали длительную артиллерийскую дуэль, зато позволяли сойтись на абордаж и таран, как в древние времена. Части боевого порядка турок не взаимодействовали или же опаздывали с осуществлением взаимодействия. Поэтому магометанский флот уничтожался по частям. Отдельные военачальники союзников по собственной инициативе и своевременно шли на выручку соседей и маневрировали лучше мусульман. Назревало окружение судов Улуг-Али, который плену предпочел бегство с 13 кораблями. Удалось вырваться из окружения и бежать еще 35 турецким судам. В ходе боя союзники потопили 20 мусульманских галер. Еще 200 кораблей противника оказались трофеями христиан. В результате поражения турок было освобождено 12 000 христианских гребцов-невольников. Союзники потеряли убитыми свыше 7 000 человек, не считая убитых гребцов, которых только на мальтийских галерах насчитали около 2,5 тыс. человек.
В 1607 г. Император Рудольф II Габсбург пожаловал Великому Магистру титул князя «Священной Римской Империи германской нации», который был подтвержден в 1620 г. Императором Фердинандом II. С этого времени звание Великого Магистра Ордена Святого Иоанна было (как и у Верховного Магистра Тевтонского Ордена) неразрывно связано с титулом князя «Священной Римской Империи», а в 1630 г. — со статусом, соответствующим рангу Кардинала Святой Римской Церкви с титулом “Eminenza” (“Высокопреосвященство”, хотя некоторые историки переводят его и как “Преимущество”, или “Преимущественнейшая Светлость”).
Орден Святого Иоанна превратился в независимую державу, располагавшую 10 000 рыцарей по всей Европе. Военно-морская академия на Мальте считалась лучшей в мире. Сыновья многих правителей проходили там курс обучения. Европейские монархи получали оттуда своих капитанов и адмиралов. Так, по просьбе Императрицы Екатерины II российский военный флот был реорганизован именно мальтийскими рыцарями.
Орден учреждал публичные школы и построил знаменитый Мальтийский коллегиум, который затем получил статус университета. Госпитальеры построили также публичную библиотеку, которая была одной из крупнейших в Европе той поры.
Рыцарский Орден поощрял занятия искусством, музыкой, наукой. Как и на Родосе, Орден основал на Мальте наиболее современные для того времени госпитали, выступив первопроходцем в деле лечения душевнобольных, изучения анатомии и в изоляции инфекционных больных. По традиции пациенты госпитальеров получали намного лучшую пищу, чем обслуживающие их хозяева. Пища и питье им подавались в серебряной посуде. Только если член Ордена сам заболевал или ослабевал телесно, Магистр разрешал ему получать ту же пищу, что и пациенты в госпиталях.
Юридическое положение Ордена, как члена международно-правового сообщества, было признано всеми без исключения государствами Западной Европы. Именно в этом качестве субъекта международного права Орден Святого Иоанна был представлен на Вестфальском мирном Конгрессе в 1643 — 1648 гг., завершившим Тридцатилетнюю войну, на Нюрнбергских переговорах суверенов - участников мирного договора - об условиях его выполнения и на переговорах между сословиями «Священной Римской Империи». Орден Святого Иоанна принимал участие в заключении Ниймегенского (1678 г. г.) и Утрехтского (1713 г.) мирных договоров и в заключении международно-правовых соглашений Речи Посполитой (Польско-Литовского феодального государства) с Российской Империей в 1774 — 1776 гг. и 1797 г.
Мальтийский Орден был представлен постоянными посольствами при крупнейших европейских дворах, например в 1747 г. в Риме, Париже, Мадриде и Вене, и поверенными в делах при дворах меньшей значимости.
Многие французские армейские и морские офицеры, сражавшиеся за независимость североамериканских колоний от британской короны, были мальтийскими рыцарями, как например, бальи Пьер-Андре де Сюффрен де Сен-Тропес, рыцарь Большого Креста Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, командор флота Ордена, вице-адмирал Франции, посол Мальтийского Ордена при дворе французского короля и член наследственного Ордена рыцарей Цинцинната, основанного Джорджем Вашингтоном и его офицерами.
В Старом Свете более двух столетий корабли рыцарей Ордена крейсировали в Средиземноморье в качестве морских конвоев для защиты от турецких пиратов. Орден построил множество госпиталей для больных и неустанно занимался благотворительностью, помогая слабым и бедным. Мальтийские рыцари доблестно сражались в войсках «Священной Римской Империи» против турок в 1775, 1782 и 1783 гг.
Взаимоотношения между Российской Империей и Суверенным (или, как тогда говорили, Державным) Мальтийским Орденом в XVII — XIX вв. носили весьма разнообразный характер. В течение многих десятилетий, если не сказать — столетий, создавался феномен, который историк Ордена фра Кирилл Туманов назвал “Русской легендой”. Создавалась она из различных элементов, главным из которых были средиземноморские интересы России.
Дело в том, что в течение нескольких столетий отношения России и Турции были не просто напряженными, но крайне враждебными. Россия не имела выхода в Черное море и этим безнаказанно пользовалась Оттоманская (Турецкая, или Османская) империя, именовавшаяся также Высокой или Блистательной Портой. Весь XVIII в. прошел под знаком войн России (хотя и не только России) с Турцией. После взятия Азова и многочисленных побед адмирала Ушакова в морских сражениях над Портой, Россия стала превращаться в великую морскую державу, которой, естественно, нужен был выход через Босфорский пролив в Средиземное море. В этом свете неоценимое значение приобретал союз России с Орденом Святого Иоанна, боровшегося с тем же врагом – турецким полумесяцем.
Совместное стремление господствовать в Средиземноморье и совместное стремление противостоять исламу, были в течении многих лет основой переговоров России с Мальтийским Орденом, начатых еще Петром I и продолженных Екатериной II.
К тому же Французская революция конца XVIII в., нарушившая прежний баланс сил в Европе, подстегнула французскую экспансию в регион Средиземного моря. Это революционное движение, прервавшее прежнее стабильное течение жизни, разрушившее “троны и алтари”, представляло в то время не менее серьезную опасность для христианства, чем военный напор со стороны Турции. Перед лицом растущей революционной опасности и руководствуясь соображениями столь же идеологическими, сколь и практическими, Российская монархия не только прекратила любые проявления недоброжелательства в адрес католицизма и, соответственно – подчиненного в тот период римскому папе Суверенного Мальтийского Ордена, но и при каждом удобном случае стала демонстрировать свою солидарность с ними.
Сближение между Орденом Святого Иоанна и Российской Империей, официально закрепленное Конвенцией 1797 г., давало русским возможность создать базы на Мальте – ключом ко всему Средиземноморью.
Под влиянием докладной записки российского посланника в Константинополе графа Кочубея, Император Павел I решил осуществить наконец давние политические и экономические цели Российской Империи на Ближнем Востоке. Но не путём продолжения неудержимого русского наступления на Турцию (т.н. "больного человека Европы", которая, несмотря на это уничижительное определение, всякий раз выживала и доказывала свою жизнеспособность в ходе войн ХVIII-ХХ вв.), но, напротив, сближаясь с Высокой Портой. Таким образом, для Павла I конечная цель приобретения острова на Средиземном море — будь то один из Ионических островов или Мальта — в корне отличался от планов Екатерины II, для которой Мальта была прежде всего центром последующих военно-морских экспедиций против Турции. Для Павла I же — это был центр объединённых действий русского и турецкого флота. Не следует забывать, что с 1798 г. существовал формальный альянс между Россией и Турцией и что в Санкт-Петербурге этот альянс рассматривался как единственный ключ, способный открыть русскому флоту — торговому и военному — дверь в пределы турецкого влияния, в противном случае представлявшиеся недоступными.