Захват Наполеоном Бонапартом Мальты и изгнание с нее ордена Святого Иоанна в 1798 г. немедленно вызвал противодействие: в Средиземном море появился русский и турецкий флот. Русским флотом командовал Ушаков. Россия и Турция объединились против революционной армии, присоединившись к антифранцузской коалиции, состоявшей из Англии, Австрии и Неаполитанского королевства обеих Сицилий.
Адмирал Ушаков совместно с Турцией нанес поражение Бонапарту: он овладел Ионическими островами (прежде принадлежавшими Венеции), где была объявлена республика под турецким (на самом деле — русским) протекторатом; таким образом русское влияние распространилось на Адриатику и Средиземное море. В следующем, 1799, году единоверная Черногория обратилась за помощью и с просьбой о протекторате к православной России; Россия приобрела таким образом плацдарм для осуществления своей балканской политики. После освобождения Ушаковым от французов Ионических островов на повестку дня была поставлена Мальта, которую русский Император, как Гроссмейстер Ордена, имел намерение возвратить в собственность Ордена Святого Иоанна. Это предприятие не имело успеха вследствие происков Англии, стремившейся к господству на всех морских путях в Индию. Англичане формально отказались от захваченной ими у французов Мальты (в 1800 г.), чтобы на деле сохранить своё господство над островом вплоть до 70-х гг. ХХ века, несмотря на однозначное решение Аменьенского договора 1802 г., обязывавшее их вернуть его законным владельцам.
Таким образом, мальтийский вопрос стоял для России вовсе не изолированно и не был данью «игре царя в мальтийские рыцари», но находился в тесной связи со всей внешней политикой Павла I, сосредоточенной вокруг Турции, Ближнего Востока и Средиземноморья.
Переходя к социальному и внутриполитическому аспекту "мальтийского проекта" Павла I, необходимо констатировать, что после короткого периода невмешательства в европейские дела, Царь заявил о себе как о непримиримом враге Французской революции, или, если быть точнее — революционного образа мышления, и именно поэтому вступил в коалицию, сформированную против Франции. Очевидно, что Мальтийский Орден и в особенности его учрежденная Императором Павлом, как Великим Магистром, российская ветвь, не мог не играть существенной роли в его обширных, легитимистских по своей сути, пан-европейских и анти-революционных планах.
В этой связи необходимо отметить одно, малоизвестное, но весьма немаловажное обстоятельство: ещё до всех решений, принятых в Санкт-Петербурге в конце 1798 г. мальтийскими рыцарями и Императором Павлом в отношении передачи Царю всех полномочий капитулировавшего перед Бонапартом почти без сопротивления прежнего Великого Магистра Фердинанда фон Гомпеша, который сложил их с себя только в 1799 г., российскому Императору был передан секретный меморандум, автором которого являлся мальтийский рыцарь, оставшийся неизвестным. В меморандуме была изложена совершенно «революционная» для своего времени контрреволюционная идея: Ордену Святого Иоанна надлежало объединить вокруг себя все военные и интеллектуальные силы старой Европы, без различия национальностей, классов и вероисповедания, с целью воспрепятствовать распространению революционного движения, родиной которого была Франция и которое угрожало не только "тронам и алтарям", но, и при более пристальном рассмотрении — всему порядку вещей, существовавшему дотоле в цивилизованной Европе.
Эти идеи были повторены в редчайшей (и также анонимной) брошюре, изданной в Швейцарии (в Аарау) через семь лет после убийства Императора Павла заговорщиками (в 1808 г.) под названием: "Павел I, Император России в качестве Мальтийского Гроссмейстера".
В брошюре подробно рассматривался вопрос о возможном и желательном направлении развития идей, усвоенных покойным Императором.
Таким образом, в 1798-1799 гг. речь шла о создании международной легитимистской Лиги, христианской, но внеконфессиональной, которая должна была противостоять революционному движению во Франции.
А теперь – краткий эскурс в предысторию взаимоотношений России с Мальтийским Орденом.
Первые русско-мальтийские связи возникли еще в царствование Петра I, когда в 1697 г. Царь отправил за границу своего ближнего боярина Бориса Петровича Шереметева с дипломатическими поручениями к польскому королю и саксонскому курфюрсту Августу II, к римско-германскому императору Леопольду, к венецианскому дожу и к Папе римскому Иннокентию XII. Царь Петр поручил Шереметеву войти в непосредственные сношения с Мальтийским Орденом, для совместных действий против турок.
На Мальте Б. П. Шереметев был торжественно и радушно встречен Гроссмейстером Ордена Раймондом де Перейлос де Роккафюлем. Во время аудиенции боярин обратился к Гроссмейстеру с приветственной речью. В своем ответном слове Великий Магистр выразил пожелание, чтобы между Российским царством и Мальтийским Орденом всегда существовали самые дружественные отношения и взаимная помощь против неверных.
Во время своего пребывания на Мальте, Шереметев сумел расположить к себе не только Гроссмейстера, но и весь Капитул Ордена. А накануне отъезда Шереметева, на прощальной аудиенции, Перейлос де Роккафюль, в знак особого расположения к России и ее посланнику, возложил на него цепь с крестом Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, украшенным бриллиантами.
Таким образом, боярин, а впоследствии граф Б.П.Шереметев, был первым из русских, посвященным не просто в «рыцари чести», но даже в почетные командоры, Мальтийского Ордена.
Конец XVIII века мог быть и концом Ордена. Но он был также временем вхождения России в Орден госпитальеров. С одной стороны, римские Папы, положение которых стало поистине критическим, утратили всякий интерес к благополучию Ордена. С другой стороны — разразилась Французская революция. Сочетание всех этих факторов могло нанести мальтийским рыцарям смертельный удар.
2.
Орден Святого Иоанна владел во Франции крупной собственностью и обладал там юридическим иммунитетом, дарованным ему французскими монархами, освободившими членов Ордена от юрисдикции местных судов и законов. Но декрет французских революционных властей 1792 г. конфисковал в пользу «народа» все владения Ордена во Франции.
Вообще, последняя четверть XVIII века оказалась для Ордена внстма сложным периодом. Внутренние распри, анархия, конфликты с местным населением обострили ситуацию в Ордене до предела. В этот момент Великим Магистром стал один из самых выдающихся деятелей Ордена - Эммануил Мари де Неж граф де Роган-Полдю. Огромные долги почти в два миллиона эскудо, полностью растроенные финансы — вот что де Роган получил в наследство от предшественников. Им были систематизированы старые уставы и разработан новый Кодекс, который с тех пор носит его имя.
Еще более усложнилось положение в Ордене во время французской революции, чему способствовал и известный авантюрист Жозеф Бальзамо, более известный под именем графа Калиостро. Как известно, три из семи «языков», или «наций», составлявших Орден Святого Иоанна Иерусалимского, были французскими. В качестве ответной меры на упразднение ордена Французской Республикой, Великий магистр де Роган отказался принять на Мальте французского республиканского поверенного в делах и распорядился допускать в свои порты французские торговые корабли только со спущенным трехцветным республиканским флагом. Англичан же орден принимал и оказывал им всяческое содействие. Орденские власти следили за укомплектованием английских эскадр и снабжением их продовольствием. Так, со складов Великого магистра было выдано 20 000 фунтов пороха вице-королю Корсики Эллиоту. Неумолимо надвигался конфликт мальтийских кавалеров с Французской республикой.