Акт о капитуляции был подписан на борту «Ориана» 12 июня в 2 часа ночи. В 8 часов утра того же дня все порты и форты Мальты, а также две галеры, две шебеки и два 64-пушечных линейных корабля ордена (один из которых стоял на рейде, а второй находился на стапелях) были переданы французским войскам. Наполеон взял на эти суда матросов, прежде служивших Ордену. Из 2000 солдат, служивших ранее Ордену, был составлен т.н. «мальтийский легион», включенный в состав французской армии. На службу к Наполеону поступили также гренадеры гвардии Великого Магистра и несколько мальтийских рыцарей, давших убедить себя в том, что Наполеон плывет в Египет сражаться с мусульманами, по примеру средневековых крестоносцев. (Заметим в скобках, что сия «крестоносная миссия» не мешала Бонапарту одновременно призывать под свои знамена ближневосточных иудеев, утверждая, будто он идет восстанавливать Израильское царство и Храм Соломонов!). Трофеи, в т.ч. штандарт Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, были отправлены в Париж с генералом Барагэ д`Илье. Найденная в казнохранилище серебряная посуда, из которой госпитальеры кормили больных (стоимостью в миллион ливров) по прибытии Бонапарта в Каир была перечеканена в монету. Взятые французами на борт «Ориана» серебряные статуи 12 апостолов из собора Святого Иоанна затонули вместе с флагманом в морском сражении при Абкуире. 17 июня Великий Магистр Гомпеш отплыл в Триест. На Мальте остался 4000-тысячный французский гарнизон во главе с генералом Вобуа. Все мальтийские рыцари-французы и итальянцы – получили паспорта для въезда во Францию и Италию (находившуюся также под властью французов). По условиям капитуляции, все остальные рыцари эвакуировались с острова.
Несмотря на все последующие усилия Павла I с целью вернуть России Мальту, сделать это не удалось.
Сдача французам Мальты в 1798 г., потеря почти всего достояния Ордена Святого Иоанна и его казны, как и позорный акт о капитуляции были вменены в вину Фердинанду фон Гомпешу лично, хотя вряд ли было справедливо превращать его в единственного «козла отпущения». Многие рыцари Ордена, принадлежавшие к его различным приорствам и лангам (“языкам”) отправились в поисках убежища во владения своего Протектора — в Россию.
Вот краткая хронология событий тех месяцев, которые развивались довольно стремительно.
27 августа 1798 г. Великое Приорство Российское, заручившись поддержкой около 100 зарубежных кавалеров, пребывавших в России, издало Манифест, которым низложило фон Гомпеша и обратилась к Павлу I с просьбой взять Орден под свою защиту.
В изданном 10 сентября Императорском Указе содержалась ратификация актов Великого Приорства Российского и заявление, что он принимает “весь благомыслящий корпус под Наше верховное правление и Императорским Нашим словом обещаем не только сохранить его во всех установлениях, привилегиях и почестях, но и употребить все старания, от нас зависящие, к восстановлению его в то почтительное состояние, в коем он находясь, споспешествовал пользе всего Христианства вообще и каждого благоразумного государства частно”. Там же указывается, что Петербург впредь “будет являться главным местом проведения ассамблей Ордена” и приглашение всем Языкам и Приорствам, равно как всем членам Ордена “выразить согласие с этим постановлением”.
27 октября 1798 г. собравшиеся в Санкт-Петербурге мальтийские рыцари, члены Великого Приорства Российского и другие рыцари Ордена, находящиеся в российской столице, составили Прокламацию, в которой провозгласили Императора-Протектора Великим Магистром. Однако Павел I не спешил с принятием этого титула. Он хотел заручиться поддержкой духовного главы Ордена — Папы Пия VI.
7 ноября 1798 г. в Санкт-Петербурге состоялось заседание Великого Приорства Российского. Присутствовавшие рыцари признали Гомпеша виновным "в глупейшей беспечности" и недостойным более носить высокий титул Магистра Ордена. На заседании было принято Воззвание, в котором, в частности, говорилось:
“Мы, бальи, Кавалеры Большого Креста, Командоры и Рыцари Великого Российского Приорства, и прочие члены ордена Св. Иоанна Иерусалимского, собравшиеся в Санкт-Петербурге, главном местопребывании нашего Ордена, как от нашего имени, так и от имени других “языков” Великого Приорства вообще и всех членов, в частности, присоединяющихся к нашим твердым принципам, провозглашаем Его Императорское Величество, Императора и Самодержца всея России Павла I Великим Магистром Ордена Св. Иоанна Иерусалимского.
Следуя этому Воззванию и в соответствии с нашими законами и установлениями, мы берем на себя священно и торжественно обязательство в повиновении, покорности и верности Его Императорскому Величеству, Его Высокопреосвященству Великому Магистру”.
Фердинанд фон Гомпеш был смещен со своего поста, но, как говорилось выше, лишь в 1799 г., под прямым давлением «римского» (австрийского) Императора Франца, он отказался от своего звания.
5 ноября 1798 г. Папа написал в Петербург графу Джулио Литта из монастыря Кассини близ Флоренции, что он пришел в ужас: “узнав, что Великий Магистр, ради спасения собственных интересов, проявил недостойную слабость, принеся в жертву весь Орден”. И далее ссылаясь на “Декларацию” Павла, он писал: “мы будем сотрудничать с любой властью, которая необходима, так как в дополнение к напечатанному акту, подписанному Императором, все остальные языки и приории, вместе и по отдельности, приглашаем присоединиться к вышеназванному акту, чтобы Орден мог быть восстановлен в своем былом величии”. Папа не знал еще о решении капитула Великого Российского Приорства, поэтому заключил письмо следующими словами: “Мы хотели бы узнать, сколько рыцарей из других приорий присоединились к благородному порыву Императора, и какую резолюцию они могут принять в подтверждение этого и в пример другим”.