По воспоминаниям директора Департамента полиции А. А. Лопухина, примерно к весне 1903 г. созрел своего рода заговор трех «сообщников»: Зубатова, которому надоела двойственная и слишком осторожная политика Плеве в рабочем вопросе, министра финансов Витте, очень не любившего Плеве, и князя Мещерского, любителя всяческого рода интриг.
В августе 1903 гола Лопухин пишет об увольнении Зубатова: «При возвращении моём из-за границы в Петербург «загадочная связь» между судьбами Витте и Зубатова разъяснилась; от моих сослуживцев, и, главным образом, от Плеве, я узнал следующее. Заговор против него на квартире Мещерского созрел настолько, что тремя конспираторами, уже начавшими собираться вместе для общих совещаний, было окончательно решено свергнуть его и на его место водворить самого С. Ю. Витте.
<...>
Для проведения этой политической комбинации был избран и начал приводиться в исполнение такой план: Зубатов составил письмо, как бы написанное одним верноподданным к другому и как бы попавшее к Зубатову путем перлюстрации. В нем в горячих выражениях осуждалась политика Плеве, говорилось, что Плеве обманывает царя и подрывает в народе веру в него, говорилось также о том, что только Витте по своему таланту и преданности лично Николаю II способен повести политику, которая оградила бы его от бед и придала бы блеск его царствованию. Это письмо Мещерский должен был передать Николаю II, как голос народа, и убедить его последовать пути, этим голосом указываемому. Но этому плану не было суждено осуществиться. Зубатов допустил крупную оплошность, — он посвятил в него своего друга, а ранее секретного агента, Гуровича, прежнего революционера, известного по кружку «Начала». Гурович же тотчас отправился к Плеве, под предлогом необходимости исключительно важного сообщения добился приема, разоблачил весь заговор и даже представил копию сфабрикованного Зубатовым письма. Плеве в день следующего же очередного доклада, в Петергофе, где Николай II в то время находился, доложил ему, какими интригами занимается его министр финансов. Это было в четверг, а в пятницу министр финансов покинул свой пост. Зубатов был смещен и выслан из Петербурга. Все это, повторяю, мне лично рассказывал Плеве, объяснив, что во избежание нежелательных для правительства огласки и скандала он вынужден был связать наложенную на Зубатова кару с политикой последнего в рабочем вопросе».
Из справки о служебной деятельности отставного надворного советника С. В. Зубатова: «Высочайшим приказом по гражданскому ведомству от 17 ноября 1903 г. за N 84 Зубатов был уволен от службы согласно прошению, причём по всеподданнейшему докладу государь император в 26-й день октября 1903 г. высочайше повелеть соизволил производить Зубатову из сумм Департамента полиции ежегодное пособие в 3 тыс. руб., ежемесячными взносами по 250 руб. и предоставить министру внутренних дел приостановить эти выдачи, если Зубатов не подчинится указаниям Департамента полиции относительно места жительства или дозволит себе какие-либо действия, государственной пользе противные, о чём Зубатову и объявлено было под расписку.
Вместе с тем Зубатову предложено было поселиться вне г.г. С. - Петербурга и Москвы, а также С. -Петербургской и Московской губерний; Зубатов избрал местом своего поселения губернский город Владимир. Начальнику местного губернского жандармского управления предписано было о всяком нарушении Зубатовым вышеуказанных требований немедленно доложить Департаменту полиции».
Весть об опале Зубатова дошла до Зинаиды Жученко и взволновала её. Она поспешила выразить ему своё сочувствие и поделиться тревогой за возможность лишения департаментской поддержки.
«Спасибо вам, родной друг, за постоянную память и расположение. Поздравляю вас самым сердечным образом с наступающим Новым годом. Могу вас уверить и успокоить, что происшедшие перемены на вас нисколько не отразились, и вы будете также и впредь гарантированы от материальных невзгод. В этом я получил уверения. Словом, дело это стоит твёрдо. В настоящее время я ушёл с головою в зубрёжку немецких вокабул, этимологии и синтаксисов. Это и полезно, и нравственно успокоительно. В нашем городе нет ни театра, ни чего-либо иного. Безлюдье на улицах и отсутствие какой-либо общественной жизни. Жене и мне сие особо нравится. Газеты получаются из Москвы в тот же день, и по ним можно не отставать от жизни. Звон многочисленных церквей напоминает Москву, - и я в родной сфере. Если мой немецкий окажется к Пасхе в больших онерах, то, может быть, проедусь летом в Германию, чтобы повидать жизнь воочию, а не так, как я привык её видеть до сего времени. Конечно, повидаемся и вспомним старину.
Тётушка исправно меня осведомляла о вашей переписке, и я вас не упускал из виду.
Владимир губ… Дворянская улица, дом Тарасова».