В этот период у Брусилова произошло крупное столкновение с начальством. И ранее, на протяжении всех месяцев войны, он не раз имел возможность испытать неприязненное отношение главкоюза — Николая Иудовича Иванова: злые языки поговаривали, что Иванов видит в Брусилове возможного преемника на посту. Руководствуясь интересами дела, Брусилов не придавал значения трениям и расхождениям во мнениях. Но после отхода из Галиции дело осложнилось. Оценивая действия русского командования от начала германского наступления и до потери Львова, известный военный историк того времени А. М. Зайончковский заметил, что главной причиной весеннего галицийского разгрома надо признать «полное отсутствие искусства». Но наказанным за крайне неудачные действия в мае — июне 1915 года оказался только начальник штаба фронта В. М. Драгомиров, тогда как Иванова, несомненно, также следовало заменить.
С приходом нового начальника штаба фронта С. С. Саввича отношения с командованием у Брусилова еще более усложнились. В 8-ю армию одна за другой стали поступать телеграммы с указаниями и приказаниями, одно другого несправедливее и раздражительнее. Наконец Брусилов получил телеграмму, в которой перечислялись ошибки, якобы только что совершенные командованием 8-й армии. Вина за них возлагалась на Ломновского, а Брусилов, как следовало из телеграммы, выглядел не более как пешкой в руках своего штаба или же не соответствовал своей должности. Но командарм-8 только что получил телеграмму от верховного главнокомандующего с благодарностью за организацию трудного отхода армии и пожеланием не терять присутствия духа. Столь диаметральные оценки его деятельности побудили Брусилова тут же послать телеграмму главковерху — великому князю Николаю Николаевичу — с просьбой отчислить его от командования армией. В качестве причины Брусилов называл полученную от генерала Иванова телеграмму, незаслуженную и недопустимую по тону.
Брусилов уже готовился к отъезду, когда пришла телеграмма от главковерха с категорическим отказом в смене, благодарностью за службу и приказанием повиноваться главнокомандующему фронта. Так как Брусилов неизменно выполнял приказания главкоюза, он понял, что непосредственное начальство пожаловалось на него, оправдываясь на запрос великого князя. Испросив предварительного разрешения, Брусилов выехал в штаб фронта, находившийся в Ровно.
Генерал Иванов принял его любезно, Брусилову показалось, что главкоюз даже смущен. Сразу же перешли к сути дела.
— Я не понимаю, Алексей Алексеевич, — начал Иванов, — на что вы обижаетесь, ведь критика относилась не к вам лично, критиковались действия вашего штаба.
— Николай Иудович, — отвечал Брусилов, — мой штаб находится под моим непосредственным начальством, без меня не делает ничего и делать не может. Если же штаб плохо исполняет мои приказания, то и в этом случае отвечаю только я, так как обязан наблюдать за распоряжениями и действиями штаба. Считаю, что генерал Ломновский и весь штаб работают хорошо, если же вы, как главнокомандующий, им недовольны, то единственный ответчик за все — только я, а не начальник штаба.
Тут же Брусилов показал телеграмму главковерха и заявил:
— Невзирая на эту телеграмму, я могу остаться на посту командующего армией только в том случае, если пользуюсь полным вашим доверием, а потому прошу вас сказать мне прямо: во-первых, пользуюсь ли я этим доверием, и, во-вторых, что вы имеете лично против меня?
Такая откровенность еще более смутила Иванова, он стал уходить от прямого ответа, почему-то рассказывал эпизоды из японской кампании… Поскольку Брусилов не хотел оставлять свой пост в момент, столь трудный для России, он не стал обострять ситуацию, решив, что необходимую острастку он начальству уже дал. Отобедав у Иванова вместе с генералом Саввичем, Брусилов возвратился в свою армию.