Студенческие волнения этого времени были следствием все того же подъема общественного самосознания, чувствовавшегося во всех слоях русского общества. Вначале они как в Казанском, так и в других университетах носили чисто академический характер. В Казани первая студенческая «история» произошла неожиданно для администрации, не заметившей нового веяния в студенческой среде. В начале 1858 года семьдесят студентов направили реакционному профессору В. Ф. Берви (1793–1867), читавшему физиологию, письмо, в котором они очень вежливо просили его… уйти из университета, уступить место свежим научным силам. Опасаясь столкновения со студентами, Берви прекратил чтение лекций, переслав письмо начальству и ожидая его распоряжений о расследовании инцидента. Совет университета поддержал Берви, указывая на невозможность учебной деятельности в том случае, если профессура будет поставлена в зависимость от учащихся. Попечитель назначил особый комитет для расследования, и вскоре студентам было приказано просить у Берви прощения.
Студенты согласились на это, но когда после торжественного извинения Берви заявил, что в таком случае он начнет чтение лекций, студенты дружно запротестовали, требуя назначения нового профессора.
По докладу попечителя об этом инциденте министр ограничился распоряжением сделать студентам новое внушение, не приняв более жестких мер, вероятно, лишь потому, что в это время в «Современнике» появилась уничтожающая статья Н. А. Добролюбова о сочинении Берви «Физиологический и психологический взгляд на начало и конец жизни» и о его авторе.
Берви вынужден был уйти в отставку.
В начале 1859/60 учебного года студентам было объявлено «высочайшее» повеление, не позволяющее в аудитории никаких выражений одобрения или порицания профессорам. Как раз в это время возвратившийся из заграничной командировки профессор Булич приступил к чтению лекций по истории русской литературы, вызывавших восторг слушателей. Они «возобновили прежде существовавшее аплодирование». Инспектор потребовал прекращения аплодисментов, но и в его присутствии аудитория аплодировала. Тогда на лекцию Булича явился помощник попечителя. Студенты также аплодировали. Созданная для расследования комиссия решила исключить восемнадцать студентов. Но после этого к ректору немедленно явилось 137 студентов с прошением об увольнении их и о переводе в другие университеты. Угрозами о неизбежных последствиях такого «бунта» ректору и попечителю удалось заставить большую часть студентов взять свои прошения обратно, но вся эта история была сообщена министром самому царю. Александр II написал на докладе: «Весьма жаль, но делать нечего», однако попечитель округа Е. А. Грубер был уволен, и на его место назначен сын известного поэта, князь П. П. Вяземский, имевший репутацию либерала, а Булич, заподозренный во вредном направлении мыслей, был отстранен от должности и прикомандирован к министерству.
Ректор университета О. М. Ковалевский, в связи с этими событиями, был также смещен, а на его место Вяземский представил Бутлерова, самого молодого из профессоров, надеясь, что ему, любимцу студентов, удастся водворить спокойствие в университете.
Александр Михайлович принял последовавшее 4 февраля 1860 года назначение, надеясь при поддержке своей группы положить начало новой академической эре в университете. Ректорские обязанности должны были помешать его научной работе, в связи с назначением ему пришлось отказаться от обещанной ему вторичной поездки за границу. Вяземский считал, что ректору неудобно покидать университет в столь беспокойное время.
Консервативная часть профессуры в совете университета оставалась численно более значительной, чем возглавляемая Бутлеровым. Александр Михайлович хорошо понимал, что она сильна не только численностью, но и тем, что опиралась на поддержку начальства. Он решил искать опору в общественности, где явно назревала оппозиция правительству. С этой целью он поставил на обсуждение совета следующее заявление:
«Нельзя не заметить и не радоваться, что в настоящее время сочувствие между университетами нашими и обществом становится все более и более ощутительным. Общество более участия оказывает стремлениям университетов, сильнее интересуется тем, что происходит в их стенах. Способствовать всеми силами упрочению этой связи — задача, стоящая внимания членов университета. Будучи передовыми деятелями на пути отечественного просвещения, стремясь неуклонно и честно к своей цели, университеты с полным доверием могут передавать свои побуждения и действия на суд общественного мнения. Каковы бы ни были замечания, которые они могут вызвать, замечания эти будут служить на пользу и университетам и обществу».