Несмотря на полноту и ясность свидетельских показаний угличского дела, многие историки выражали сомнения по поводу их достоверности. Два обстоятельства полностью обесценивали «обыск» в их глазах. Через семь лет после смерти Дмитрия корона досталась Годунову. Считая такой исход дела заранее предопределенным, историки оказывались в плену ретроспективного подхода и выражали уверенность в том, что устранение последнего отпрыска московской династии расчистило путь трону Борису Годунову. Правитель помешал следствию выяснить истину. Угличан посредством пыток вынудили дать показания насчет нечаянной смерти законного наследника престола.
В действительности за семь лет до смерти Федора никто не мог предсказать в точности, кому достанется московская корона. Наибольшими правами на трон обладал не Годунов, а двоюродный брат царя Федор Романов. Мир и согласие между правителем и Романовым в период угличского кризиса лучше всего доказывают, что династический вопрос был в то время не слишком злободневным. Царская семья надеялась на рождение наследника, и не без оснований: год спустя Ирина Годунова родила дочь.
Доказывая предвзятость следственного дела, историки ссылаются на жестокое наказание посадских людей — угличан17. Гонения на угличан подробно описаны в «Сказании Авраамия Палицына», «Сказании о Самозванце» и в других поздних источниках, составленных много десятилетий спустя на основании воспоминаний и слухов. Они могут дать лишь приблизительное представление о последовательности событий. В угличском судном деле, основанном на показаниях очевидцев, нет и намека на аресты или применение пыток комиссией Шуйского. В виде исключения следователи арестовали царицына конюха, что и было оговорено в протоколах допросов. Свидетели обличили конюха в крахе вещей убитого Битяговского. Угличан подвергли преследованиям после того, как Шуйский доложил в Москве о результатах расследования причин гибели Дмитрия, и власти учинили новое расследование об измене Нагих и поджоге Москвы.
Оппозиция пыталась использовать смерть Дмитрия, чтобы опорочить правителя Бориса Годунова и добиться его отстранения от власти. Едва весть об «убийстве» царевича Дмитрия достигла Ярославля, противники Бориса распорядились среди ночи будить город. Поднятым с постели жителям объявили, что сына благоверного царя Ивана предательски зарезали подосланные убийцы. Поднявшие ночную тревогу рассчитывали, что ярославцы последуют примеру угличан, но они ошиблись в своих расчетах. Д. Горсей находился в Ярославле и описал происшествие как очевидец. Он не назвал по имени инициаторов обращения к посаду, но из его рассказа можно заключить, что инициатива исходила от Нагих. Находившийся в ярославской ссылке А. Ф. Нагой первым получил от братьев весть о гибели Дмитрия и тотчас явился к Горсею за снадобьями для своей племянницы Марии Нагой. Затем он поднял тревогу.
Главной ареной борьбы между Годуновым и оппозицией стала Москва. Положение в столице приобрело тревожный, даже критический характер задолго до смерти Дмитрия. На московских улицах со 2 мая появились военные отряды, получившие приказ «беречь город от огня и ото всякого воровства». Охрана порядка в Москве была возложена на знатных дворян князя В. П. Туренина, А. Ф. Головина, князя В. Г. Звенигородского и др18. Власти не забыли о недавних народных волнениях, когда им пришлось сидеть в Кремле «в осаде», и со страхом ждали повторения «воровства». Народное недовольство могло вырваться наружу в любой момент.
Тревога по поводу народного возмущения усугублялась внешнеполитическим кризисом. Крым и Швеция угрожали России одновременным нападением с юга и севера. В начале года шведы сконцентрировали свою армию на псковских рубежах. Со дня на день ждали нападения на Москву всей Крымской Орды19.