Утвержденная грамота 1599 г. имела значение своего рода поручной записи. Ее списки четко очерчивают тот круг лиц, от которых Борис требовал особых доказательств лояльности. К нему принадлежали, помимо высших духовных иерархов, боярство и столичная знать.
Деятельностью ранних, избирательных соборов руководили Годуновы и их сторонники. На послекоронационном соборе Боярская дума присутствовала почти в полном составе. Пропуск некоторых имен в списках носил, по-видимому, случайный характер. В перечне отсутствовали как известные противники Годунова (князь А. П. Куракин, Голицыны), так и его рьяные приверженцы (Ф. И. Хворостинин). Не будучи поименованы в перечне участников собора, почти все эти лица, включая Куракина, Голицыных, И. И. Шуйского и Хворостинина, со временем поставили свои подписи на тексте утвержденной грамоты.
Помимо думных чинов власти пригласили на собор значительную часть столичного дворянства, высшие дворцовые чины, стольников, стряпчих, «жильцов», приказную бюрократию, стрелецких голов. Цвет столичной знати и служилые верхи были представлены на соборе с наибольшей полнотой. Они решительно преобладали в составе служилых курий собора. Что касается провинциального дворянства, то некоторое представительство на соборе получили, прежде всего, его верхи, организованные в так называемый выбор из городов. Помимо того, на грамоте можно прочесть подписи Второго Тыртова «во всей Шеломянские пятины место», Никиты Львова «и в Воцкие пятины место», Варшуты Дивова «и во всех ржевич место», Андрея Ивашова «и во всех белян место»71. Шелонский помещик Второй Федоров Тыртов успешно служил в последние годы Ливонской войны и был известен в своей местности. Подобно Тыртову, Никита Львов, Варфаломей (Варшута) Константинович Дивов и Андрей Ивашов также принадлежали к разряду провинциальных служилых людей. Их участие в Земском соборе не было запланировано заранее: власти не включили ни одного из них в список приглашенных на собор. Тем не менее они смогли поставить свои подписи под утвержденной грамотой. В отличие от всех прочих дворян, подписывавшихся только за себя, названные дети боярские выступали как представители всех служилых людей своего уезда. Какие полномочия они получили от своих уездных помещиков — сказать трудно. На соборе присутствовали 22 гостя и 2 гостиных старосты (все они, за единственным исключением, поставили свои подписи на грамоте), а также 14 соцких, возглавлявших тяглые «черные» сотни Москвы. За многих соцких подписи поставили рядовые тяглецы из состава посада.
По традиции ядром любого собора XVI в. была Боярская дума. Сама соборная форма возникла из практики приглашения на государственные совещания представителей различных чиновных групп, составлявших низшую курию при думе и «освященном соборе». В связи с расколом собора Боярская дума, следуя вековой традиции, пыталась взять на себя всю полноту власти и ввести в стране на время междуцарствия боярское правление. Но эта попытка потерпела провал.
Итогом противостояния Боярской думы и Земского собора явилось то, что высшее духовенство и сторонники Годунова решили искать поддержку у «всенародного множества». Они развернули агитацию в народе и организовали несколько народных шествий в поддержку Бориса Годунова. Соборная практика вышла из рамок традиций. Опираясь на поддержку руководства церкви, «младших» бояр и столичного населения, годуновский собор одержал верх над Боярской думой и утвердил на троне царя Бориса.
Короткое междуцарствие, последовавшее за смертью Федора, сопровождалось всплеском аристократической реакции. Борис должен был осознать, что будущее его династии зависит от Боярской думы. Он не жалел усилий, чтобы привлечь на свою сторону знать. Прежде всего он постарался убедить боярство, что утверждение худородной династии не несет перемен в сложившуюся систему местничества, гарантировавшую первенство аристократическим боярским фамилиям.
В XVI в. у кормила стояла суздальская знать, среди которой выделялись князья Шуйские. Князь Василий III не допускал эту фамилию в ближнюю думу. Но перед смертью он должен был назначить сразу двух бояр Шуйских опекунами малолетнего сына Ивана. Отстранив других регентов, Шуйские в конце концов ввели в стране боярское правление. Иван IV с раздражением писал о всевластии Шуйских в период его малолетства. Но перед кончиной он назначил И. П. Шуйского регентом при сыне Федоре.
Значение аристократии в жизни государства обнаруживалось при всяком серьезном кризисе. Царь Борис не забыл, что именно Шуйские пытались покончить с его властью. Но он помнил также и тот кризис, который вызван был их опалой. Взойдя на трон, Годунов не избавился от прежнего недоверия к Шуйским, но всячески старался избегать раздора с ними.