Борис сохранил пост главы Боярской думы за удельным князем Ф. И. Мстиславским. Но Мстиславский не обладал ни энергией, ни характером, ни авторитетом в среде коренной русской знати. Поэтому фактически наибольшим влиянием в думе пользовался не он, а бояре братья Василий, Дмитрий, Александр и Иван Шуйские.
Опричнина ослабила, но не покончила с политическим влиянием прочей суздальской знати — князей Ростовских и Стародубских. Царствование Грозного завершилось почти полным изгнанием этих фамилий из Боярской думы. Борис Годунов стремился к тому, чтобы в его думе были представлены все влиятельные политические силы страны. Он пожаловал высший боярский чин князю М. П. Катыреву-Ростовскому, чин окольничего — князю Д. И. Хилкову-Стародубскому. Князь П. И. Буйносов-Ростовский стал при нем сначала думным дворянином, а затем боярином. Меры Годунова позволили суздальской знати по крайней мере отчасти восстановить свое традиционное политическое значение, поколебленное опричниной.
Вернувшиеся в думу князья обладали блестящим родословием, но, чтобы вернуть себе прежнее значение, они неизбежно должны были вступить в борьбу с преуспевшей на службе знатью. Получив боярство, князь Катырев возобновил давнюю тяжбу с Мстиславским1. Видимо, это отвечало политическим расчетам Годунова.
Стремясь создать возможно более широкую опору своему трону, царь Борис не побоялся ввести в думу некоторых влиятельных лиц из числа своих давних противников. При нем чин боярина носил князь А. П. Куракин, немало повредивший Годуновым при царе Федоре и поплатившийся за то долгой ссылкой. Борис не доверял Голицыным и тем не менее сделал боярином князя В. В. Голицына. В боярском чине в годуновской думе заседали «служилые» князья А. В. Трубецкой, Б. К. Черкасский, В. К. Черкасский, С. Волошский. Однако Годунов упорно отказывался пожаловать высший чин удельному князю И. М. Воротынскому, который мог претендовать на самое высокое положение в иерархии московских чинов.
Современники называли Александра Никитича Романова не только соперником Годунова в борьбе за трон, но и личным врагом правителя Бориса. Однако после коронации Годунова Александр получил боярство, а его брат Михаил — окольничество. В целом, старомосковская знать была представлена в думе Годунова значительно менее полно, чем высшая титулованная знать. Некоторых успехов на службе у Бориса добились Плещеевы и Морозовы.
Царь Борис наводнил думу своей родней. Его дядя Дмитрий Иванович Годунов получил титул конюшего — старшего боярина думы, боярин Степан Васильевич Годунов занял пост главы Большого дворца. В разное время в качестве бояр в думе царя Бориса заседали Иван Васильевич, Семен Никитич и Матвей Михайлович, в качестве окольничих — Никита Васильевич, Степан Степанович, Иван Иванович и Петр Васильевич Годуновы. Таким образом, на долю Годуновых приходилась почти треть состава двух высших «чинов» думы — бояр и окольничих.
Писатели «смутного времени» утверждали, будто царь Борис всеми силами стремился унизить и истребить высокородную знать2. Приведенные данные о назначениях в Боярскую думу не подтверждают их слов. При Годунове княжеская аристократия, казалось, вновь обрела влияние в думе, которым она пользовалась до опричнины3. Ее представительство в думе расширилось4.
Годунов заботился о воинском чине. Но он был далек от того, чтобы распахнуть двери Боярской думы перед представителями дворянства. Думные дворяне не вернули себе того влияния, которым они пользовались при Грозном.
Видными членами старой, опричной думы были любимец Грозного Богдан Яковлевич Бельский и Игнатий Петрович Татищев. Даже Иван IV не решился дать высший думный чин Б. Я. Бельскому из-за его редкого худородства. Однако Бельский был двоюродным братом царицы Марии Скуратовой-Годуновой и по этой причине получил от родни чин окольничего. Борис пытался привлечь племянника Малюты на свою сторону, хотя постоянно опасался интриг с его стороны.
И. П. Татищев был произведен в казначеи, а его сын М. И. Татищев стал думным дворянином. Членами курии думных дворян стали также выдвинувшийся в опричнине Е. М. Пушкин, а позже его брат И. М. Большой Пушкин. В самом конце царствования Бориса чин думного дворянина получили В. Б. Сукин и А. М. Воейков, влияние которых на дела было невелико5.