Но вскоре стареющий царь Борис начал относиться с большим подозрением к дружным братьям Романовым. Он стал бояться, что те оттеснят от трона его юного сына Фёдора в случае его преждевременной смерти. Чтобы этого не произошло, он решил первым нанести удар по возможным соперникам.
По просьбе царя его родич С. Н. Годунов подкупил слугу А. Н. Романова – Второго Бартенева. Тот осенью 1600 г. подкинул в казну хозяина мешочек с корешками, которые в то время использовались для колдовства. Затем он написал донос на Александра и послал его в Боярскую думу.
Бояре тут же отправили окольничего М. М. Салтыкова для проведения обыска в доме А. Н. Романова. Естественно, что подброшенный мешочек был обнаружен и отправлен на экспертизу к патриарху Иову. Иерарх, всегда верно служивший Годунову, сделал нужный вывод: корешки предназначались для того, чтобы отравить царя Бориса. Романовых тут же обвинили в заговоре, цель которого заключалась в убийстве государя и захвате его престола.
Данное преступление считалось одним из самых тяжких и сурово наказывалось. Правда, для видимости следствие продолжалось почти год. Только летом 1601 г. было объявлено, что вина Романовых доказана и что вместе с родственниками они подлежат суровому наказанию.
Главу семейства боярина Фёдора Никитича лишили звания и имущества и постригли в монахи под именем Филарет в отдаленный Антониево-Сийский монастырь. Его жену Ксению Ивановну Шестову тоже постригли под именем Марфа и сослали в Заонежье под присмотр местных священников. Их детей, восьмилетнюю Татьяну и пятилетнего Михаила, с тетками Марфой Черкасской и незамужней Анастасией заточили в Белозерскую тюрьму. Туда же отправили и мужа Марфы князя Б. К. Черкасского.
Так, в пятилетнем возрасте Михаил узнал, что такое разлука с родителями, и оказался без какой-либо своей вины в тюремных застенках.
Не менее суровое наказание обрушилось и на головы остальных братьев Никитичей. Александра сослали в Усолье, Михаила – в Ныробскую волость, Василия – в Яренск, Ивана – в Пелым.
Вскоре выяснилось, что условия ссылки Романовых просто нечеловеческие. Филарета поместили в изолированную келью и даже не позволяли участвовать в церковной службе. Питание его было очень скудным, а одежда вскоре превратилась в лохмотья. Ксения-Марфа во время ссылки тяжело заболела и едва не скончалась. От переживаний у нее стали случаться нервные обмороки.
Александр вскоре был отравлен угарным газом. Михаил скончался от голода и холода в земляной тюрьме. У Василия от постоянного ношения кандалов на ногах началась гангрена, и он умер в страшных муках. Выжить удалось только Ивану, с детства страдавшему от церебрального паралича. Его царь Борис, видимо, не считал соперником, поэтому и не стал с помощью своих слуг доводить до смерти.
В ссылке испытывали лишения и женщины с детьми. Плохое питание, холод и сырость подорвали их здоровье. Поэтому Татьяна выросла слабенькой и скончалась в возрасте 18 лет, Михаил в зрелом возрасте начал страдать от цинги и заболевания ног.
Несомненно, что для маленьких детей расставание с родителями, длительные судебные разбирательства и ссылка на север стали тяжелым испытанием. Но все это юный Михаил вряд ли хорошо запомнил. Однако целый год пребывания в Белозерской тюрьме, в голоде и холоде, без самых близких людей, оставил неизгладимый след в его душе. После всех перенесенных невзгод уже повзрослевший Михаил Фёдорович начал испытывать к своим родителям невероятное почтение и огромную любовь. Их авторитет стал для него непререкаемым, а слова – законом.
Массовая гибель Романовых и их родственников в ссылке (кроме Александра, Михаила и Василия Романовых, умерли князь Б. К. Черкасский, князь И. В. Сицкий и его супруга Евдокия Никитична) вызвала глухой ропот московской знати. Ведь при избрании на царство Б. Ф. Годунов дал клятву никого не казнить в течение нескольких лет.
Узнав об этом, царь Борис решил облегчить участь тех ссыльных, кто остался в живых. По его указу Татьяну и Михаила вместе с тетками отправили в родовое имение Романовых село Клин Юрьевского уезда. Там за ними стали присматривать приставы Давыд Жеребцов и Василий Хлопов. Через некоторое время туда же позволили переехать и Ксении-Марфе, матери Татьяны и Михаила.
Встреча детей с родительницей была очень радостной, поскольку они долго жили в разлуке. Омрачало ее лишь то, что в облике каждого произошли трагические изменения. Татьяна и Михаил были худыми заморышами, с потускневшими лицами и запавшими глазами, в одежде, похожей на лохмотья. Не лучше был вид и у Ксении-Марфы. От нервных переживаний она сгорбилась и постарела.