Следующий обвиняемый — брат царицы Авраам Лопухин. Он был главным помощником царицы Евдокии, не стало исключением и его участие в деле царевича Алексея. Он писал царице, что царь Петр собрался постричь сына в монастырь, как и ее саму когда-то. Все это было соотнесено с «пометой» — бумагой, вынутой из ларца царицы Евдокии капитан-поручиком Скорняковым-Писаревым при обыске в ее келье 10 февраля. Следователи стремились узнать, насколько мать повлияла на решение сына о побеге. Ведь царевич бежал в Европу в том числе и от этой невеселой для него перспективы монашеского пострига. Он предпочел уклониться от выбора между царским венцом или клобуком, который предложил ему Петр. Но кто отговаривал царевича от монашеского пострига, устроившего бы Петра, — не царица ли Евдокия и ее брат Лопухин, и зачем им это было нужно? Таков смысл одного из допросных пунктов. Защищаться было нечем, Авраам Лопухин тоже будет казнен за помощь сестре.
Но у всего есть пределы. Царь Петр мог пролить кровь родственников своей бывшей жены, ему давно не было дела ни до нее самой, ни до других Лопухиных. Но он поступил иначе, когда из показаний царевича Алексея выяснилось участие в деле его собственной сводной сестры Марьи Алексеевны. В поездке, по примеру Петра I, для лечения в Карлсбад («Карлос бат») она успела встретиться с царевичем Алексеем и, как мы уже знаем, заставила его написать матери короткую записку и послать деньги. Царевна Марья, конечно, знала об участи своих родных сестер — Софьи и Марфы (обе были пострижены в монастырь по указу брата). Но действовала все равно по-своему. Царевна Марья Алексеевна была одной из немногих в царской семье, кто продолжал жалеть царицу Евдокию и хоть как-то напоминал ей о своем расположении (кроме нее, осмеливались посылать подарки Евдокии только царевна Екатерина Алексеевна и царица Прасковья Федоровна, вдова царя Ивана V). Конечно, царевна Марья, как и все, кто встречался или только переписывался с царицей Евдокией в годы ее заточения в Покровском монастыре, соблюдала осторожность, действовала через верных людей, используя надежную оказию. Чаще всего носил письма в Суздаль упоминаемый в допросных пунктах Михаил Босой, один из приживальщиков, ходивший странником между вотчинами царевны Марьи Алексеевны и Авраама Лопухина. Он и в день приезда капитана-поручика Григория Скорнякова-Писарева оказался у ворот Покровского монастыря, но, почуяв недоброе, скрылся на время в суздальских вотчинах Лопухиных, где его вскоре все-таки разыскали и доставили к розыску в Преображенском. На Михаила Босого со всем усердием и стали давить следователи, так как до самой царевны Марьи Алексеевны без царского указа им дотянуться было невозможно.
Как показывают приведенные допросные пункты, какие бы вопросы ни задавались царице Евдокии, все они возвращались к одному — ее участию в побеге царевича в «Цесарию». С этой целью следователи и расспрашивали ее о житье в монастыре мирянкой и ссылке сведениями с доверенными лицами, о поминании царицей на проскомидии и вынутой в ларце «помете». Несколько пунктов касались слов самой царицы Евдокии, о которых узнавали из конфискованной переписки и показаний других лиц. Ставший известным следователям факт близких отношений царицы с майором Степаном Глебовым при допросе подробно не рассматривался. Следователи вспомнили об этом лишь для того, чтобы подчеркнуть, что «все откровенно между вами было», и расспросить о «возмутительных» письмах, «вынутых» при обыске у Степана Глебова. На самом деле это была подтасовка фактов: слова Глебова с порицанием действий царя Петра I и иерархов церкви в связи с новым царским браком были искусственно подкреплены выписками, сделанными обвиняемым из церковных книг и записанными цифровым письмом (простой литореей). Естественно, что царица Евдокия отрицала свое знакомство с какими-либо письмами, содержавшими призыв к «возмущению» против царя. Но следователи настаивали на своем, и в итоге самая страшная казнь постигла именно Степана Глебова.
Месяц спустя после объявления Манифеста о царевиче Алексее, 5 марта 1718 года, был объявлен новый Манифест о царице Евдокии и ее винах. Царь Петр I уничтожал даже не заговор, а всего лишь вероятную возможность угрозы его настоящему наследнику царевичу Петру Петровичу, которая могла исходить от царевича Алексея Петровича и его матери. Следователи сделали всё, чтобы найти заговор в действиях, письмах и словах царицы, 20 лет проведшей внутри стен Покровского монастыря в Суздале. Но можно ли было этому верить? И как сам царь Петр I хотел представить результаты розыска о царице Евдокии? Обратимся к проекту Манифеста 5 марта, собственноручно правленному — «черненному», как указывалось в архивных описях, — царем.