Узнав об этом коварстве, Иван III послал в Литву Ивана Мамонова к Елене Ивановне, приказывая ей скорее до смерти пострадать, чем изменить вере греческой. В это же время перешли к Москве некоторые названные выше князья, жалуясь на то, что Александр Казимирович присылал к ним ренегата Иосифа, латинского епископа Виленского и монахов-бернардинцев с целью добиться перехода их в латинство.
Разгневанный Иван III начал против зятя войну (1500—1503) и русские войска разбили литовцев и их союзников, ливонских рыцарей, на Ведреше и под Мстиславлем. Через короля Венгрии Владислава Литва запросила мира и Иван III согласился.
Подписывая мирный договор, Иван потребовал, чтобы зять больше не смел принуждать Елену Ивановну к своей вере, построил бы для ее церковь и окружил православными слугами, добавив: "А начнет брат наш дочь нашу принуждать к римскому закону, то пусть знает, что мы ему этого не спустим, — будем за это стоять, сколько нам Бог пособит".
Наконец в 1505 г. папа Юлий II (1503—1513) дозволил Александру жить с иноверной супругой "в ожидании смерти ее отца, уже очень старого, или какого-нибудь другого обстоятельства" (Догель. "Cod. Dipl. Regn. Pol.", VI, 271; "Акты, относящиеся к истории Западной России", I, прим. 115).
Такова была причина второй Литовской войны. В договоре с ливонским орденом также Иван III внес непременным условием неприкосновенность православных церквей в Ливонии. Защита Православия всегда стояла на первом месте в сношениях Москвы с иностранными государствами (Соловьев. Т. V, гл. V, с. 1572).
С.Соловьев пишет, что, поддерживая самые лучшие отношения с восточными патриархами и сочувствуя бедствиям Греческой Церкви, связь с которой не прерывалась, наблюдалось на Руси Иоанна III непреодолимое отвращение к латинству. Некий Филипп Петров из Пскова писал архиепископу Геннадию Новгородскому о спорах с латинскими монахами: "Пришли серые чернецы от немцев в Псков, да стали говорить о вере. Были у священников, а к тебе не захотели идти. Речь их такова: "Соединил веру наш папа вместе с вашими на осьмом соборе; и мы и вы христиане, веруем в Сына Божьяго". Наши священники отвечали им: "Не у всех вера правая; если веруете в Сына Божия, то зачем Богоубийцам жидам последуете: поститесь в субботу и опреснок в жертву приносите? Зачем два Духа беззаконно вводите, говоря: и в Духа Святаго Господа Животворящаго, Иже от Отца и Сына исходящаго? А что говорите нам об осьмом Соборе латинском? То нам хорошо известно! Это сборище окаянное на нашей памяти было и едва убежал кардинал Исидор от нашего государя великого князя Василия Васильевича, царя всея Руси; об этом Соборе мы слышать не хотим, потому что отринут он Богом и четырьмя патриархами; будем держаться семи Соборов всемирных и поместных; они угодны Богу, потому что сказано: "Премудрость созда себе дом и утверди столпов семь"". Такова была твердость в вере новгородцев.
Сын Ивана Васильевича Василий III (1505—1533), последний собиратель Русской Земли, соединил все уделы под своей единодержавной властью и прославился присоединением к Москве Смоленска, более 100 лет пробывшим литовским, и вольного города Пскова. Этим Василий окончил дело своего отца. При нем Московское государство уже совершенно впитало в себя идеал царя — наследника Византии; в этом сказывалось влияние матери Василия Софии и приехавших в Россию многочисленных греков. Иностранцы дивились преображению Москвы и великолепию новых придворных церемоний.
Таким образом, сын Василия Иван IV Грозный действительно был вправе говорить, что он "и родился на царстве". В глазах народа окончательное уничтожение удельных княжеств, конец татарского ига, присоединение русских вольных городов — все это должно было увенчаться царским венцом, что сделал Иван IV.
Оставалось, однако, большое зло: возросшее самоволие бояр и "княжат", возомнивших себя вправе ограничивать власть царскую вмешательством во все государственные дела, а кроме того, "отъезжать", то есть самовольно покидать службу и государство, что Иван IV приравнивал к измене и чересчур жестоко карал. Возникала лютая борьба между государем и боярско-княжеской олигархией и, если победа в конце концов осталась за династией, то обошлась она дорого. Удельно-дружинная попытка олигархического самовластия явилась одной из главных причин бедствий Смутного времени и народных брожений на Руси. В борьбе с этим злом, как и прежде, главной помощницей государей явилась Церковь.