Король обратил особое внимание на проникновение Реформы в Польшу и издал декрет, лишающий шляхетства (дворянства) всех отступников; он запретил молодым полякам поступать в немецкие университеты и велел устранять учителей-немцев.
При Сигизмунде II Августе (1548—1572), бывшем равнодушным к вере, протестантизм сделал известные успехи и родственник второй королевы, кн. Николай Черный Радзивилл, ревностный протестант, способствовал проповеди реформы в Литве. Отметим, что ренегатами главным образом становились не православные, а латинские верующие; но по сравнению с Германией в Литве и Польше протестантизм получил небольшое распространение.
Епископ Виленский Валентин Проташевич поспешил обратиться к кардиналу Станиславу Гозиушу, епископу Варминскому в Пруссии, бывшему председателю Тридентского Собора, прося прислать ему на подмогу иезуитов, что и было исполнено в 1564г.
Кардинал Гозиуш заявил на Тридентском Соборе следующее: "Защита католицизма должна быть разделена на два фронта: протестантский, с одной стороны, и православный — с другой. Быстрое подчинение протестантизму Руси (западной) может неожиданно привести к объединению двух противников в очень грозную для церкви силу" (К.Николаев. "Восточный обряд", с. 88).
Король быстро подпал под влияние ордена и возобновилась с новой энергией борьба против Православия. Этот успех в Риме приписали нунцию Коммендони, которому в 1565 г. Пий IV даровал кардинальское достоинство. Впрочем, после того как ему не удалось провести в польские короли австрийского эрцгерцога Эрнеста, доверие к нему в Ватикане сильно пошатнулось.
Став ближайшими соратниками польского двора, иезуиты правильно рассудили, что для успешной борьбы со "схизмой" в Литве следовало как можно скорее добиться полной зависимости Великого княжества Литовского от польской короны. Действительно, можно было опасаться, что после смерти Сигизмунда-Августа, последнего короля литовско-польской династии Ягеллонов, Литва отделится от Польши и снова образует независимое государство. На чрезвычайном сейме в городе Люблине было решено окончательно соединить обе страны; таким образом слились воедино сенат, войско, финансы, и т.д. Люблинская уния состоялась 1 июля 1569 г.
Сразу же после съезда латинское духовенство приступило ко всемерному проведению унии церковной, понимая, что Польше не добиться народного единства при наличии в Литве крепкой православной иерархии.
Иезуиты, с разрешения короля, как было сказано, отправились в Вильну по приглашению бискупа (латинского епископа) Валентина Проташевича. Там сразу после Люблинской унии они основали свой первый коллеж (или коллегию) в 1569 г. под управлением Станислава Варшевицкого с целью перевоспитания лучшей молодежи в духе латинской веры. Вскоре прославились там своим рвением и хитростью иезуиты Антоний Поссевин и Петр Скарга. Начавшиеся еще в прошлом веке притеснения русских должностных лиц в Литве сразу усилились, равно как и преследования православных пастырей, терявших все гражданские права в пользу латинян. Острое междоусобие вызвало усиление крепостного гнета панов-католиков, почувствовавших за собой поддержку и одобрение правительства, направляемого иезуитами.
Борьба, сперва с реформой, затем со "схизмой", приняла характер ловкой пропаганды всеми средствами: проповедями, диспутами, литературной полемикой и т.д.
Присоединенный Сигизмундом-Августом к Польше вместе с Вильною и Подольским краем древний Киев — митрополия Западнорусской Церкви, превратился в центр православного сопротивления латинским преследованиям. Став главным городом одного из малых польских воеводств, Киев после Люблинской унии получил своего первого латинского епископа. Древней русской столице предстоял тяжелый подвиг: в течение более ста лет бороться с унией.
В 1576 г. на польский престол был избран Стефан Баторий, из мелких князей, но выдающийся полководец. Под влиянием иезуитов король присвоил право самому избирать и назначать епископов, которых его предшественники имели обыкновение лишь утверждать после выбора. Это нововведение положило начало злоупотреблениям. Короли стали избирать на православные кафедры лиц, заведомо недостойных или неспособных, даже иногда... католиков, дабы дискредитировать иерархию "греческой веры" одновременно в глазах паствы и правительства!