Следовательно, греческая притесняемая иерархия, лишаемая школ, прав и имущества, должна была ежечасно отражать то турецкие, то латинские коварства, чтобы существовать и охранять в чистоте свою веру. Чудо Божие, что из многовекового плена греческое Православие вышло целым.
Однако отделенной от Византии русской митрополии становилось все труднее прибегать к греческой кафедре, что мешало правильному решению многих сложных вопросов, часто требующих изучения местных русских условий. То, что в западных государствах не представляло бы ни малейшего затруднения, например папа Николай I и Гильдебранд, отделение от патриархии на Руси столетиями казалось немыслимым. Многовековая связь Киева, затем Москвы с Царьградским престолом, ряд мудрых и святых греческих митрополитов, воспитавших русское благочестие, органически связали Русь с Византией. Мы видели, что даже заключение греками Флорентийской унии, измена Исидора, неслыханное дело обращения самого императора в ересь, не смогли поколебать Василия Темного в его преданности древней кафедре. Даже турецкое иго не прервало зависимости русских митрополитов от Греческой Церкви.
Все это объясняет с какой осторожностью и осмотрительностью царь Феодор Иванович (1584-1598) и шурин его Борис Годунов приступили к вопросу учреждения патриаршества в единственном свободном от ислама Русском царстве.
Усилившиеся в Польско-Литовском государстве гонения на Православие, коварные происки иезуитов, их сочинения, расхваливающие мощь и независимость римских первосвященников, были хорошо известны в Москве и немало кручинили благочестивого наследника Грозного, кроткого царя Феодора. В Москве, между прочим, аргументами в пользу патриаршества указывали на то, что глаза православных в Литве могли бы обратиться на патриарха Всероссийского, как на общерусского архипастыря.
Летом 1586г. в Москву приехал Антиохийский патриарх Иоаким VI (1586-1587). Пользуясь этим, царь поднял вопрос об учреждения патриаршества во время заседания в Боярской думе и сказал нижеследующее: "По воле Божьей, в наказанье наше Восточные патриархи и прочие святители только имя святителей носят, власти же едва ли не всякой лишены; наша же страна, благодатию Божьей, во многорасширение приходит и потому я хочу, если Богу угодно и Писание Божественное не запрещает, устроить в Москве превысочайший престол патриаршеский". Духовенство и бояре выразили свое одобрение, прибавив, что следовало бы испросить согласие всей Восточной Церкви, "да не скажут пишущие на святую нашу веру латиняне и прочие еретики, что в Москве патриарший престол устроился одной царской властью".
Патриарх Иоаким согласился предложить этот проект Собору Греческой Церкви.
В 1587 г. в Москве узнали о согласии патриархов Константинопольского и Антиохийского, но ожидались еще ответы от патриархов Александрийского и Иерусалимского. В 1588 г. Иеремия II, патриарх Константинопольский, приехал в свою очередь в Москву, где поднялся вопрос о переселении его самого во Владимир в качестве патриарха Всероссийского. Проекту этому помешали незнание языка и русских обычаев, а кроме того, выбор его МОГ быть обидным для митрополита Московского Иова.
Наконец, 26 января 1589 г. из трех кандидатов: митрополита Иова Московского, архиепископа Александра Новгородского и архиепископа Варлаама Ростовского Собором выбранный Иов был посвящен в патриархи. Карамзин так описывает торжство этого избрания: "28 января 1589 г., после вечерни, сей наименованный первосвятитель в епитрахиле, в омофоре и в ризе пел молебен в храме Успения со всеми епископами, в присутствии царя и бесчисленного множества людей; вышел из алтаря и стал на амвоне, держа в руке свечу, а в другой письмо благодарственное к государю и духовенству. Тут один из знатных чиновников приблизился к нему, держа в руке пылающую свечу, и сказал громко: "Православный царь, Вселенский патриарх и Собор освященный возвышают тебя на престол Владимирский, Московский и всея России". Иов ответствовал: "Я раб грешный; но если самодержец, вселенский господин Иеремия и Собор удосуживают меня столь высокого сана, то приемлю его с благодарением". Торжественное посвящение совершилось 31 января на литургии. Когда патриарх, отпев литургию, разоблачился, государь собственною рукою возложил на него драгоценный крест в Животворящим Древом, бархатную зеленую мантию с источниками, или полосами, жезл св. Петра-митрополита и в приветственной речи велел именоваться главою епископов, отцом отцов, патриархом всех земель северных, по милости Божией и воле царской" (Карамзин. "История Государства Российского", т. X, гл. 2).