На вопрос экзарха, когда начались хлопоты об унии, Киево-Печерский архимандрит Никифор Тур ответил: "Патриарх Иеремия, узнавши о беззакониях Рагозы, отлучил его от Церкви, грозя, если не исправится, конечным низложением; он и задумал отступить и отступил". Очевидно, судя по этому свидетельству, Рагоза действовал двулично, пока в Бресте не скинул маску.
Собор опросил делегатов-мирян о данных им наказах. Оказалось, что повсюду требовали только одного: не отступать от Восточной Церкви. Узнав, что в том же доме иезуит Петр Скарга старался склонить к унии кн. Острожского и его сына, экзарх Никифор сказал: "Пусть Скарга придет на Собор и спорит с людьми учеными; зачем в углу стараться убеждать людей, в богословии несведущих?" Скарга на Собор не рискнул показаться.
На четвертый день, 9 октября, Собор, отвергши и проклявши унию, объявил лишенными сана митрополита Рагозу и епископов Владимирского, Луцкого, Полоцкого, Холмского и Пинского за самовольное отступление без ведома Великого Собора и отказ явиться на Собор.
Униатский Собор, со своей стороны, выдал декрет о лишении сана и проклятии епископов Львовского и Перемышльского, прося короля их низложить с кафедр и утвердить унию.
По инициативе экзарха Никифора, Собор,-доведя до сведения ренегатов свои решения, попросил Сигизмунда III назначить на их кафедры других епископов, а в грамоте от 11 октября 1596 г., разосланной повсюду, Никифор повелел поминать, до избрания нового Киевского митрополита, патриарха Константинопольского Гавриила.
Король, игнорируя православный Собор, утвердил унию, окрещенную Брестской, и с тех пор православная вера стала для правительства вне закона и как таковая подверглась уже официальным гонениям, а храмы — грабежам. Цель латинян, наконец, была достигнута.
Добавим, что отлученный от Церкви Рагозой за мнимую ересь смелый проповедник Православия о. Стефан Зизаний был оправдан православным Собором, вместе с двумя братскими священниками, с ним осужденными. Постановление Собора от 8 октября гласило: "Так как митрополит в послушании у Церкви Восточной не хотел быть, то и клятву свою на этих священников положил ни за что другое, как только за книжку, сочиненную на Римскую церковь" (С.Соловьев, т. X, гл. I, с. 1445-1449). Экзарху Никифору дорого обошелся Брестский Собор: в начале 1597 г. король велел схватить его как шпиона и бунтаря, и его удавили в Мариенбургской крепости.
3. Православные братства и их историческая роль
Провозглашение Брестской унии, совершенное в описанной нами обстановке насилия и лжи, открыло двери правительственным гонениям. Наверху король и иезуиты стесняли всячески оставшихся верными православных иерархов; внизу русские крестьяне — рабы польских шляхтичей — силой загонялись в костелы после разрушения и осквернения их храмов. Все это иногда прикрывалось личиной защиты против "москалей", якобы покушавшихся на польское государство. В это время Польша подходила к зениту своей политической мощи, тогда как после смерти царя Феодора Ивановича Руси предстоял длительный период бесправия, вызванный пресечением династии Калиты. Не случайно этот период совпал с разнузданным произволом, творимым в Польше латинянами.
В 1597 г. началась усиленная пропаганда Брестской унии среди православных. Иезуит Петр Скарга выпустил книгу "Синод Брестский и его оборона", пытаясь доказать, что православный Собор не был законным. Православные в ответ опубликовали "Эктезис" и "Апокризис, альбо отповедь на книжки о Соборе Брестском, именем людей старожитной религии греческой". Автор Христофор Бронский, подписавшийся псевдонимом "Христофор Филалет", уничтожил все аргументы иезуита. Он, между прочим, обличал униатов в том, что они своим пасомым не разъясняют члена "Символа Веры" касательно Вселенской Церкви, обманно отождествляя ее с римской.
Униаты ответили книгой "Антиррезис", где, вместо доказательств, сыпалась брань на "схизматиков". Сигизмунд III обратился к православным с новой окружной грамотой, всецело оправдывая "добровольную" унию с Римом, клеймя пастырей Собора, особенно экзарха Никифора, названного "греческим шпионом", и угрожая наказаниями ослушникам. Православные приравнивались к государственным преступникам (С.Соловьев).
Несмотря на твердую защиту князя Острожского, Никифора спасти оказалось невозможным. Вместе с Львовским братством князь организовал тогда оборону гонимой веры. Эта борьба с тайком придуманной унией возбудила нравственные силы западных русских. Одно время была сделана попытка сблизиться с так же гонимыми протестантами, но против этого восстали многие, а в частности, князь Курбский.