В 1640 г. митрополит Петр Могила попросил царя выстроить в Москве монастырь, где старцы Киевского Братского монастыря могли бы учить детей грамоте греческой и славянской (С.Соловьев, т. X, гл. I, с. 1490).
По Поляновскому миру, к Польше отошел Черниговско-Северский край, куда немедленно приехали иезуиты, и там начались также притеснения православных.
Могила неусыпно заботился о церковном благоустройстве: украшал храмы, строил новые, улучшал братские училища и т.д. Против унии он выпустил свой известный труд "Камень", получивший большое распространение.
Видя, что митрополит Петр своими талантливыми сочинениями и твердостью завоевал себе огромный престиж, униаты вздумали воздействовать на его честолюбие. В январе 1642 г. они предложили митрополиту и братствам проект учреждения в Киеве отдельного патриархата, причем кандидатом намечался Могила. Взамен этого правительство сулило некоторые уступки. Когда же православные ответили, что будущий патриарх никаким образом не может быть в общении с папами, униаты поняли, что проект провалился. Могиле были слишком хорошо известны латинские приемы, чтобы попасться на такую удочку!
Митрополит Петр придавал особое значение епископскому служению, преемственному от апостольского. От архиереев он требовал наиболее ревностное исполнение своих обязанностей. "Св. Писание, — писал он в предисловии к "Служебнику", — усвояет иерархам высокие назначения; оно именует их "светом мира" (Матф. 5,13), "ангелами Господа Вседержителя" (Малах. 2,7). Всеми этими уподоблениями знаменуется не только особенное превосходство этих ' предложенных ' и присвоенные им почести, но нераздельно с этим указывается и на великие обязанности и труды архиерейские. Служение епископов — тяжелый труд: они, по слову Спасителя, должны пасти порученных им овец, т.е. всегда иметь о них попечение, бодрствовать, соприсутствовать овцам, ходить пред ними. Что же касается паствы, то она обязана оказывать епископам послушание и внимать их наставлениям: "Архиереи повинны овца приводити прикладным житием и наукою, а не овцы архиереев"".
Митрополит глубоко сознавал ответственность своей власти как главы гонимой Западно-Русской Церкви, и требовал от паствы послушания своим распоряжениям, вводя повсюду строгую дисциплину. Он ограничивал своеволие некоторых львовских братьев, вмешавшихся в монастырские дела без достаточно веских на это причин.
Мы уже говорили о попечении Кирилла Лукариса о благочестии западнорусской паствы. Как только Могила получил Киевскую кафедру, патриарх написал ему грамоту, давшую Киеву почти полную автономию, уничтожив "много-экзахшество" и некоторые чрезвычайные привилегии ставропигиальных братств, ненужные при наличии митрополичьей власти в Киеве. Митрополит стал, таким образом, единым патриаршим экзархом.
С укреплением и улучшением епархиальной жизни ставропигиальные обители и братства, поминавшие до этого за богослужением одного лишь патриарха Константинопольского, теперь должны были поминать и своих местных архиереев. Преемник Могилы Сильвестр (Коссов) объявил, что ставропигиальные храмы имели право не поминать своих архиереев только в том случае, если таковые оказались бы отступниками, вроде Поцея.
Для усиления дисциплины Петр также запретил непосредственные обращения к патриарху, помимо митрополита.
В периоды вынужденных у султана смещений Кирилла Лукариса лже-патриархи пытались, под влиянием латинян, подорвать власть Могилы, но безуспешно: он слишком хорошо знал методы Рима и иезуитского ордена и умел отличать истинных пастырей от волков в овечьей шкуре. Так, он грозно восстал против одного Константинопольского послания, призывающего Перемышльскую паству признать кандидатуру в архиереи Попеля, вопреки запрету Могилы. Обличительное обращение митрополита подействовало на перемышльцев и в архиереи был выбран Гулевич, которого он считал достойным.
Несмотря на расширение своей митрополичьей власти патриархом Кириллом, Могила никогда не пытался отдаляться от Византии, вопреки столь явным признакам злоумышленного нажима Рима на некоторых патриархов. Одновременно, Могила старался повсюду пресекать вопиющие злоупотребления правом "патроната" над храмами и монастырями, пользуясь своими связями среди польской аристократии.
В области церковной морали он беспощадно боролся с распущенностью и двоеженством, смещая недостойных или не канонично поставленных пастырей, назначаемых врагами для дискредитирования Православной Церкви. Для надзора над клиром Петр учредил "протопопов"-благочинных, а над ними "визитаторов" из числа ученых монахов. Высшими должностными лицами стали его "наместники": один для "земель короны Польской", другой —для Литвы. В каждой епархии Петр учредил ежегодные "епархиальные съезды", или "соборы духовенства", для регулярного рассмотрения всех дел. Снова стали собираться "поместные соборы" Западной Церкви. В них принимали участие архиереи, а кроме того, приглашались представители духовенства и братств, когда дело касалось защиты веры. Светские делегаты на этих соборах не имели права решать и располагали только совещательным голосом, как полагалось по канонам.