Обо всем этом митрополит Молдавский донес Восточным патриархам, но Лигарид умел выкручиваться. Однако преемник Паисия I, умершего в 1661 г., Нектарий Иерусалимский — человек более проницательный, на основании этих жалоб, отлучил Лигарида от Церкви "за многие и великие согрешения" (между прочим, противоестественные пороки, незаконное оставление своей Газской митрополии и тенденциозные сочинения против Церкви). Вскрылись также другие его писания, бросавшие тень на св. патриарха Фотия и восхвалявшие его врагов — римских пап.
Тем временем, Паисий, работая по разложению Православия, подружился в Польше с доминиканским монахом о. Ширецким, папским нунцием, и крупными униатскими деятелями. Благодаря им он изучил новое поприще, на которое Конгрегация Пропаганды Веры направляла своего талантливого агента, скрытого под мантией православного митрополита.
Получив соответствующие инструкции, Паисий отправился в путь и в феврале 1662 г. благополучно прибыл в Москву.
Видный и представительный, митрополит Газский без труда сумел обворожить доверчивого Алексея Михайловича и внушить ему уважение к своей учености. Весьма скоро он дал понять партии врагов Никона, что он ей сочувствует. Все же первое время он очень дипломатично воздерживался от выпадов против Никона и держал себя якобы делегатом Восточных патриархов, с достоинством и сознанием своего превосходства.
Царь определил ему жалование, соответствующее его рангу, а Лигарид истолковал ему пророчество Андрея Юродивого, что "белокурый народ, которому суждено овладеть Константинополем", это — народ русский.
Заручившись благосклонностью царя и изучив обстановку, Лигарид начал открыто действовать против Никона. Уже 29 декабря 1662 г. мы его находим на первом месте во время соборного заседания по делу патриарха. Митрополит Газский объявил, что он разделяет мнение покойного врага Никона — кн. Трубецкого, согласно которому патриарха следовало считать самовольно отказавшимся. 10 мая 1663 г. Лигарид — председатель всего архиерейского Собора, которому он доказал, что Никона нужно предать суду. Одновременно он пустил слух, будто Никон в гордыне своей уподобляет себя римскому папе и даже якобы жаловался в Ватикан.
С бессовестной ловкостью Лигарид стал внушать царю и боярам, что идея симфонии, верным поборником которой являлся Никон, в корне неправильна и что ею маскировался патриарх лишь в целях возвеличить себя наподобие римского папы, в ущерб царского достоинства. Можно себе представить, с каким ликованием ухватились за эту клевету враги Никона, в частности боярин Стрешнев, научивший пса своего благословлять наподобие ненавистного патриарха!
Подумать только, что подобной проповедью цезарепапизма занялся в Москве тайный униат, прибывший туда без всякого канонического полномочия от своего патриарха и без права учить в чужой епархии! Обвинив патриарха в покушении на царскую власть, Лигарид дал, наконец, его врагам повод законно добиваться низложения, чего так и не смог выполнить Собор 1660 г., да и сам колебавшийся Алексей Михайлович тогда воспротивился его решению.
Лигарид придумал сочетать свою теорию о цезарепапизме Алексея Михайловича с существовавшими уже антицерковными пунктами "Уложения" князя Одоевского. Власти царя он отводил безграничное право распоряжаться в церковных делах, прокладывая этим путь Петру I и его советнику — Прокоповичу (см. §6). Став в позу защитника царской власти от мнимого "папоцезаризма" Никона, Лигарид составил ряд лукавых вопросов, содержавших в себе будущие обвинения против патриарха. Вопросы эти он представил патриарху якобы от имени боярина Стрешнева, но Никон сразу раскусил обман и заклеймил Лигаридово учение как ложное и человекоугодническое, а его автора как обманщика.
Проф. Зызыкин подробно разбирает каждое из этих обвинений и пишет, что вопросы были задуманы так, чтобы вызвать Никона на ответы, выставляющие его "неправильно посвященным, получавшим чрезвычайные царские милости, но в гордости своей зазнавшимся, превышавшим свою патриаршую власть по отношению к архиереям, отрекшимся от патриаршества, не признающим соборной власти архиереев над собою, возносящимся в светскую сферу и обидчиком по отношению к царю". По теории Паисия, "царь сам мог созывать Соборы; обязанностью его было озаботиться о прекращении вдовства Церкви, церковное управление и суд исходят от царя, как от своего источника, царь имел право отбирать у патриарха данные ему полномочия по церковному управлению и, наконец, по-своему устраивать церковный суд и вручать его кому угодно" (см. проф. Зызыкин; op. cit.; т. II, с. 46).