Одним словом, тут были ловко использованы Лигаридом, с одной стороны, крайняя нищета этих патриархов, с другой — политический престиж царя, их единственного благодетеля, которому нельзя было отказать в просьбе приехать.
Сам же Лигарид поспешил ввести обоих патриархов в заблуждение своим подложным титулом экзарха и представителя патриарха Вселенского Парфения, а также заверив их, что и Константинопольский патриарх осуждает Никона, что было вымыслом.
Судить Никона эти патриархи могли только при согласии двух других, какового не имелось. Следовательно, как и подчеркнул Никон во время суда, вся процедура была незаконной, как и приговор.
Заметим, что патриарх Нектарий Иерусалимский высказал свое мнение о деле Никона царю еще в 1664 г., посоветовав ему позвать Никона обратно на кафедру, которую он оставил "за непослушание некоторых". Нектарий также просил царя "показать Никону свое послушание, Так же и Парфений IV и Дионисий III Константинопольские стояли за примирение царя с патриархом и никогда не уполномочивали Паисия и Макария представлять Константинопольский и Иерусалимский престолы в Москве! Ненормальность положения патриархов, постоянно смещаемых турками в угоду Риму, Лигарид и враги Никона использовали как нельзя лучше.
Царь, настроенный Лигаридом до крайности враждебно к своему бывшему другу, стал главным обвинителем Никона на суде. Патриарха заставили стоять в течение десяти часов, опираясь на посох. Ответы его поражают мудростью, выдержкой и сознанием своей правоты.
Стоит ли говорить, что закулисным "импресарио" недостойной комедии суда был неизменный Лигарид? Им были старательно вычеркнуты из протоколов все обвинения, брошенные Никоном боярской группе, а также его диалог с царем, из которого видно, что Алексей Михайлович старался подавить противоположными чувствами движения своей совести.
Кроме того, патриархам преподносились некоторые обвинения против Никона в толковании Лигарида, в отсутствии самого обвиняемого. Никона непрестанно прерывали в объяснениях, лишая слова, извращая его речи и т.д. Преднамеренно судьи старались главным пунктом обвинения выставить оскорбление и унижение патриархом царя. Среди прочих обвинений, представленных двум патриархам в записке Лигарида, значилась клеветническая выдумка якобы Никон желал возвысить Московский патриарший престол над Александрийским, т.е. захватить третье почетное место в Вселенской Церкви! Эта ложь была рассчитана, чтобы возбудить против Никона Паисия Александрийского.
12 декабря 1666 г. судебный приговор был прочитан Никону в Чудовом монастыре. Он почти дословно выражал обвинения, составленные Лигаридом в псевдострешневских вопросах-ответах. В приговоре значилось, между прочим, следующее: "Он досадил великому государю и возмутил все государство, вдаваясь в дела, не относящиеся до патриаршего сана и власти. Самовольно отрекся от патриаршества и оставил паству; однако продолжал действовать архиерейски. Устроял монастыри с неподобающими названиями: Новый Иерусалим, Голгофа, Вифлеем, Иордан и др., глумяся и ругаяся над Божественными вещами. Явился на Собор несмиренно и поносил здесь патриархов и греческие правила; в своих письмах к патриархам называл царя латиномудрствующим и его мучителем, также синклит и всю Российскую Церковь — впадшею в латинские догматы" и т.д.
Подчеркнем тенденциозность этого последнего обвинения. В перехваченных письмах Никона к патриарху Константинопольскому патриарх действительно обличал в латинстве вовсе не царя и Русскую Церковь, а одного Лигарида, как тайного латинянина, задавшегося целью извратить по-своему русское Православие! Абсурдность таковых обвинений подробно доказана в блестящих анализах Пальмера и проф. Зызыкина.
Никон был судом лишен патриаршего и архиерейского сана и простым монахом отправлен в заточение в Ферапонтов монастырь. Совершившееся беззаконие он оценил по достоинствам, возложив ответственность за приговор на Алексея Михайловича, а главную вину за все на враждебную государству боярскую фракцию.
Любопытно, что совесть мучила царя жестоко. На другой же день после низложения Алексей Михайлович послал к Никону боярина Родиона Стрешнева, прося благословения у своей жертвы! Никон категорически отказался, заявив: "Если бы благоверный царь желал от нас благословения, то не оказал бы нам такой немилости", и отверг богатые царские подарки на дорогу. Во время пребывания Никона в Ферапонтовой монастыре царь несколько раз пытался получить от него прощение, причем, режим заточенного то смягчали, то делали более суровым, дабы достичь от ссыльного патриарха большей мягкости. Однако Никон так и не простил его. Полное разрешение он соглашался дать под епитрахилью лишь при условии возвращения его из ссылки в Воскресенский монастырь.