Во время Астраханского бунта 1670 г. толпа, наложившая руки на митрополита Иосифа, кричала "Он не затруднялся низвергнуть даже своего патриарха Никона!”
Польский посол писал в Варшаву, что большой пожар, случившийся в Москве в 1668 г., народом приписывался тому, что Алексей Михайлович низложил и сослал патриарха и подвергся за это проклятию.
За год до смерти "тишайшего" царя Никону было дано узреть из ссылки исчезновение того самого "Монастырского Приказа", из-за которого начались его столкновения с боярами. Уничтожение (увы! временное) этого антиканонического учреждения произошло вследствие особого решения Собора 1675 г. в Москве, созванного патриархом Иоакимом (1674—1690).
Когда воцарился 14-летний Феодор Алексеевич (1676— 1682), к нему со всех сторон стали посылаться челобитные, прося освобождения ссыльного Никона. Особенно трогательную челобитную царь получил от всей братии Воскресенского монастыря во главе со строителем его, умоляя вернуть им Никона, как некогда царь Феодосии вернул св. Иоанна Златоуста из Коман.
Однако царя окружали старые враги патриарха — Мстиславские, и только в 1681 г. монахи Воскресенского монастыря получили желаемое разрешение. Но было уже поздно. Пока Никона везли на большой лодке ("струге") по Волге, измученный 15-летней ссылкой старец скончался близ Ярославля под стенами Спасского монастыря. Было ему 76 лет.
Тело Никона, одетое в схиму и положенное в дубовый гроб, проследовало от Ярославля до Москвы при огромном стечении плачущего народа. Духовенство всех церквей и обителей выходило навстречу с крестами и иконами и у гроба непрестанно совершали панихиды. В Москве Никона отпевали по патриаршему чину, причем сам царь читал у гроба Апостола; затем совершено было торжественное перенесение останков в Воскресенский монастырь, который так любил покойный. За версту до обители тело было переоблачено в белую греческую одежду, ризу таусанного бархата и архиерейскую мантию с источниками и скрижалями, украшенную золотом и драгоценными камнями; на него надеты были также яшмовая панагия, омофор и клобук.
Проф. Николаевский пишет, что еще при гробе Никона начались чудесные знамения и исцеления, которые вместе с последующими чудесами внесены были в особую книгу. Чудеса эти повлияли на многих раскольников и вызвали их возврат к Церкви.
Константинопольский патриарх Иаков (1679—1682) послал грамоту от 5 мая 1682 ^восстанавливающую Никона в патриаршем сане. В этой грамоте Никон назван: ''Адамант благочестия непоколебимый, Божественных и священных канонов сберегатель преискуснейший, отеческих догмат, повелений и преданий неизреченный ревнитель и заступник достойный".
Гробница Никона в Воскресенском монастыре непрестанно посещалась толпами паломников, служивших панихиды и прибегающих к Никону в своих горестях: специалист по истории XVII в. — Белокуров, написавший "Дела святейшего патриарха Никона", насчитывает 194 чудесных исцелений еще при жизни патриарха. Колосов и проф. Иконников упоминают, со своей стороны, о позднейших чудесах, последнее из которых установлено в 1915 г. ("Приходское чтение", № 14, апрель 1915).
Высшую оценку Никона как патриарха и государственного деятеля дал в своих сочинениях наш знаменитый современник, блаженнейший митрополит Киевский и Галицкий Антоний (Храповицкий), первоиерарх и основоположник Русской Зарубежной Церкви, умерший в Югославии в 1936 г., учитель целой плеяды митрополитов и епископов. Митрополит Антоний называет Никона гением и величайшим человеком русской истории. Его личность им описана подробнее, чем всеми предшествующими историками. Воздав должное Никону как неустрашимому ревнителю славы Божьей, святителю бесхитростному, прямолинейному, стороннику просвещения, смиренно отбросившему национальное самолюбие, дабы учиться у греков, митрополит пишет, что нелепое обвинение в унижении царской власти — боярская клевета, а суд над Никоном называет нечестивым; он призывал благословение Божье на трех архиереев, отказавшихся подписать приговор: Лазаря, архиеп. Черниговского; Симона, архиеп. Вологодского и Михаила, еп. Коломенского.
Митрополит Антоний считал Никона величайшим святителем не только поместной — Русской, но и всей Вселенской Церкви, и писал: "Среди великих вселенских святителей Божьих имя святителя Никона блестит, как яркая звезда первой величины на нашем духовном небосклоне". Судя по примерам, приведенным в "Русском Архиве" за 1893 г., выясняется, что главным жизненным правилом Никона в отношении к людям была действенная любовь.