Такое бесстыдство вынудило, наконец, царя сослать Крижанича в Тобольск, где он подружился с протопопом Аввакумом. Вернувшись из ссылки при царе Феодоре, он сумел благополучно выехать к себе на родину в 1677 г., внеся, все же, известную смуту в мозги некоторых "передовых" людей.
При Феодоре Алексеевиче был разработан проект церковной академии. Содействовал этому вернувшийся с Востока монах Тимофей, тронувший царя рассказами о бедствиях Греческой Церкви и об упадке в ней пастырского образования, столь нужного. В Москве была открыта в 1682 г. сперва школа с типографией для 30 учеников под начальством Тимофея, с участием двух греков.
Затем царь даровал грамоту на устройство в Заиконоспасском монастыре академии для преподавания в ней наук духовных и гражданских.
На содержание академии были назначены монастыри: Заиконоспасский, Иоанна Богослова в Переяславле Рязанском, Андреевский на Москве-реке и Данилов (там же). Кроме того, царь дал от себя Вышегородскую дворцовую волость и 10 пустошей в разных местах.
Вот выдержки из устава академии: "Блюститель и учителя должны быть благоговейные и от благочестивых родителей рожденные и воспитанные в православной восточной вере российского и греческого народа; но из греков могут быть допущены только те, которые принесут от Вселенских патриархов достойное свидетельство о крепком утверждении своем в Восточной вере; кроме того, они и в России будут крепко в вере свидетельствованы, чтобы кто-нибудь из них не сделал того же, что некогда сделал еретик Исидор, Российский митрополит. Новообращенные из римской веры, так же из лютеранской, кальвинской и др. ересей не допускаются в блюстители училища, потому что они привыкли злохитростным образом ереси свои мало-помалу в учеников вкладывать. Приедут из Литвы, Малороссии и других стран ученые люди и станут искать места блюстительского или учительского, выставляя свое благочестие, то словам их не верить без свидетельства достойных благочестивых людей и не ставить их в блюстители и учители, если бы даже кто из них и на письме правду веры нашей Восточной утверждал, а неправды римлян, лютеран и кальвин обличал и укорял — потому что прелестники сначала притворяются совершенно благочестивыми и по благочестию ревнителями крепкими, а потом мало-помалу развратные слова всевают и непорочную целость веры нашей терзать начинают. Блюстители и учителя должны целовать крест, что будут крепко и нерушимо содержать православную веру, охранять и защищать ее от всяких других вер и ересей".
По проекту царя Феодора, Московская Академия должна была стать крепостью Православия для защиты чистоты учения от посягательств иноверного Запада.
Открытая в 1686 г. академия, куда перевели учеников типографского училища, насчитывала первоначально 233 учащихся.
Официальное введение изучения в России латыни вызвало различные толки.
Проф. Ключевский замечает, что писали тогда следующее: "Прослышав о принятии этого учения в Москве, лукавые иезуиты подкрадутся со своими неудобопознаваемыми силлогизмами и душегубительными аргументами".
Многие опасались, как бы с Великой Россией не повторилось то же, что и с малой (Ключевский. Лекция 55, с. 398).
Влияние группы олигархов, столь пагубно отразившееся на внешней и внутренней политике царя Алексея Михайловича, не ослабилось и при Феодоре, несмотря на распри Мстиславских с Нарышкиными.
В 1679 г. последние дела, которыми еще ведали губные старосты и ямские приказчики, были переданы воеводам, правившим по собственному произволу. Бюрократия все усиливалась.
Победив Никона, олигархи решительно повели атаку против самодержавия. Царю был ими предложен проект учреждения по областям наместников из высших боярских родов. Эти наместники должны были поделить Россию на отдельные части, причем назначались бы они пожизненно ("навечно"), нося титулы: казанского, астраханского и др.
К счастью, в момент, когда Феодор Алексеевич уже подписывал соответствующий приказ, к нему явился патриарх Иоаким, выразивший царю опасение, "как бы по прошествии нескольких лет, обогатясь и пренебрегши московских царей самодержавством, они не отступили и единовластия не разорили" (С.Соловьев. "История России", т. XIII, с. 880-881). Феодор приказа не подписал.
Подобные явления постоянно расшатывали механизм управления и близилась радикальная ломка Петра I.