Вопрос о преобразовании войска, наконец, позволил царю уничтожить пресловутое "местничество", столь мешавшее на войне и отмены которого добился было временно патриарх Никон. На заседании боярской Думы в 1682 г. было сделано соответствующее объявление и все разрядные списки были сожжены. Феодор Алексеевич велел записать для потомства знатные фамилии в особые родословные книги.
При Софии (1682-1689) следует отметить появление в Москве иезуитов, впервые после Самозванца.
В 1687 г. к Софии приехали два польских иезуита с рекомендательным письмом от императора. Они представились ей как опытные педагоги, наслышанные о культурной деятельности царевны, приобщившей Россию к западной цивилизации и т.д. Блеснув перед очарованной Софией своей ученостью, отцы с помощью киевского ученого Сильвестра Медведева и кн. В.В.Голицына доказали ей необходимость устроить в Москве образцовое училище на западный манер. Вместо того, чтобы ответить, что царь Феодор уже позаботился об этом, учредив академию, София согласилась и разрешила иезуитам купить дом в Немецкой Слободе, где открылось их училище для детей! Более того, царевна и Голицын обещали им свое содействие для соединения Церквей. Заметим, что монах Сильвестр Медведев стал серьезно готовиться к патриаршеству, чтобы вслед за тем завершить унию с Римом! Раскрытие заговора Шакловитого в августе 1689 г., к счастью, помешало этим замыслам. София была заключена в монастырь, Голицын сослан, Медведев наказан, а иезуитов по требованию патриарха изгнали.
Однако иезуиты успели заразить своим влиянием кое-кого в Москве, даже из простонародья. Так появилась у нас опасная ересь "хлебопоклонников", считавших, что евхаристическое пресуществление происходит без призывания Св. Духа на Дары (как положено в Православной Церкви), а как у латинян, при произнесении слов: "Сие есть Тело Мое" и "Сие есть Кровь Моя". Во главе "хлебопоклонников" оказались киевские ученые монахи Симеон Полоцкий, а после его смерти вышеупомянутый Медведев, писавшие в пользу этой ереси.
После падения Софии — их главной покровительницы, еретики были торжественно осуждены на Соборе 1690 г., созванном патриархом Иоакимом. Медведев был лишен сана, но покаялся перед патриархом. Книги его были сожжены, а еретики прокляты как "папежники". Многие сочинения западнорусских ученых были запрещены как "имеющие единоумие с папой и западным костелом". Главными противниками латинствующих были Епифаний Славенецкий, ученик его монах Евфимий и преподаватели академии греки братья Лихуды, написавшие в защиту православного обычая книгу "Остень".
Запомним, что с тех пор положено было в русских церквах звонить к "Достойно", дабы указывать верующим на момент пресу ществлен ия.
В 1697 г. вскрылся в Москве еще один тайный разлагатель Православия — диакон Петр Артемьев. Отправившись учиться за границу, он в Венеции попал под влияние иезуитов и принял латинство. Вернувшись в Москву, он стал диаконом Петропавловской церкви. Священник этой церкви многократно жаловался на него престарелому патриарху Адриану (1690-1700) зато, что он восхвалял открыто латинскую веру, "Отче наш" читал по-латыни, говел у иезуитов, а когда тех изгнали из Москвы, — сильно горевал, всячески бранил и поносил Православную Церковь и ее традиции. Только в июне 1698 г. созванный патриархом Собор постановил расстричь Петра и сослать в Важский монастырь к Холмогорскому архиепископу Афанасию, где он все же продолжал свои интриги. Настолько предки наши были терпеливы и умеренны в наказаниях!!!
Тем временем, несчастное православное население Западного Края продолжало нести свой тяжелый крест. Гедеон, еп. Луцкий, в миру кн. Святополк-Четвертинский, был известен в своей епархии как твердый защитник Православия и противник унии. В 1683 г., после ряда неудачных попыток его переубедить, король пригрозил, что заточит его в Мариинбургскую крепость (где умертвили в прошлом веке экзарха Никифора). Гедеон принужден был бежать к казакам в Батурин. В 1685 г. он был избран Киевским митрополитом и посвящен в Москве патриархом Иоакимом. В Киеве он много потрудился над восстановлением православных святынь, поруганных во время униатского владычества.
При нем патриарх Константинопольский официально разрешил Московскому принять древний Киев в свою юрисдикцию. Поводом был "вечный мир", как назвали русско-польский договор апреля 1686 г., прекративший долголетнюю войну за Малороссию.
Разумеется, "вечность" осталась лишь на бумаге. Польский король обязался не принуждать своих православных подданных к принятию унии и оставить неприкосновенными их епархии: Галицко-Львовскую, Перемышльскую, Луцкую и Могилевскую (Белорусскую). Кроме того, Россия получила официальное право заступничества за православных перед польским правительством. Это было поручено русским посланникам (резидентам) в Польше. Однако на практике выходило по-иному. Во Львове сидел униат епископ Иосиф Шумлянский, скрывавший свое латинство с 1681 по 1700 год! В Луцке — брат его, униат Афанасий, а в Перемышле — униат Иннокентий Винницкий. Следовательно, единственной православной кафедрой была Могилевская. Преисполненные ненависти к "схизматикам", эти три униатских архиерея поклялись папе сломить, наконец, "греческую веру" в своих епархиях.