Вернувшись в Москву, царь был твердо намерен последовать этим советам, совершенно не считаясь с коренными традициями своего государства, столь отличными от западных.
В протестантских странах, жестоко боровшихся тогда против романизма с переменным успехом, Петр достаточно наслышался о вреде папизма. Папа для протестантов был не только предтеча Антихриста, но и могущественный противник их национальных интересов, всемерно стремившийся нивелировать всю Европу и весь мир под своим духовным и светским владычеством. Папа, кроме того, был в их глазах тираном, желающим все подчинить римскому обскурантизму, давящим всякое проявление человеческой мысли преследованием ученых под предлогом ереси, и т.д.
Избрав протестантское государство как модель для России, Петр, естественно, разделил ненависть реформаторов к Римской церкви как к организму, преграждающему путь мирового прогресса. Столкнувшись у себя на родине с церковной иерархией, требовавшей от царя достойного поведения, казавшейся ему защитницей косных и отсталых порядков, азиатщины и предрассудков, Петр решил ее сломить как преграду к преобразованию России в европейскую державу. Не задумываясь, он отождествил патриарха с папой и на этом основании предпринял с ним борьбу, не считаясь ни с многовековой гармонией властей, ни с канонами Вселенской Церкви, которые были ему безразличны.
Престарелый смиренный патриарх Адриан еще при жизни царицы пробовал вернуть Петра к исполнению своих обязательств, но всякий раз получал крайне грубые ответы. Петр отнял у него древнейшее право "печалования". Произошло это в связи со стрелецким бунтом, вызвавшим поспешное возвращение Петра в Москву. При виде страшных приготовлений к казни патриарх, желая умилостивить Петра, взял икону Богородицы и приехал в село Преображенское. Завидев Адриана, Петр закричал ему: "К чему эта икона? Разве твое дело приходить сюда? Убирайся скорее и поставь икону на свое место. Быть может, я побольше тебя почитаю Бога и Пресвятую Его Матерь". Когда же за стрельцов вступился его любимец Лефорт, Петр приказал остановить казнь.
Кроме того, за ненадобностью отменены были царские выходы, поучение патриарха царю перед коронованием и т.д.
Затем царь стал вмешиваться в чисто церковные дела. Первым делом он начал критиковать Адриана за его управление Церковью, хулить клир за необразованность, а с 1699 по 1700 гг. просто-напросто присвоил себе все назначения на церковные должности!
Желая популяризировать в России свои новые взгляды на Церковь и подготовить почву для своих церковных реформ, царь велел немедленно перевести и распространить привезенные с собой сочинения протестантского юриста Самуила Пуфендорфа. Книга "Введение в историю европейских государств" явилась длинным обвинительным актом романизма, с нападками и на некоторых Отцов Церкви. Приказ распространить эту книгу доказывает замысел Петра отождествить папство с патриаршеством. Более того, ненужное России сочинение Пуфендорфа предназначалось для руководства юного царевича Алексея Петровича!
Когда в октябре 1700 г. скончался кроткий и незлобивый патриарх Адриан, чьи последние годы были отравлены созерцанием постепенной церковной ломки, Петр не велел избирать ему преемника.
Этим актом "цезаропапизма" открылась эра последующих антиканонических мероприятий. Чересчур поглощенный другими вопросами, Петр удовольствовался сперва назначением патриаршего местоблюстителя с титулом "Экзарха святейшего патриаршего престола, блюстителя и администратора", коим стал митрополит Рязанский Стефан Яворский (1700—1721).
Митрополит Стефан, воспитанник знаменитой Киевской академии, был из числа тех иерархов, которые, как мы сказали в начале, готовы были всемерно содействовать царю в его полезных начинаниях. За время его местоблюстительства следует отметить развитие в России духовного образования. В Ростове митрополит Димитрий на свои собственные средства основал в 1703 г. духовное училище для детей причта, причем сам занялся в нем преподаванием. Одновременно такое же училище открыл архиепископ Иоанн Черниговский. Эти две школы явились после Киевских и Московских старейшими русскими высшими церковными училищами; к ним в 1706 г. причислилась еще Новгородская школа, основанная митрополитом Иовом.
Миссионеры русские продолжали свою деятельность на Востоке. В 1714г. Сибирский митрополит Феодор отправился для проповеди в землю Вогульскую, к татарам, тунгусам и якутам, где скоро были основаны приходы и школы. В Казанской губернии следует особо отметить миссионерскую работу архиерейского казначея иеромонаха Алексия.