В 1715 г. неожиданно пришло прошение от китайского императора "прислать в Китай искусного учителя для наставления христиан". Филофей, митрополит Тобольский, благословил якутского архимандрита Илариона отправиться с целым причтом в Пекин, где была основана православная миссия.
Русская Церковь, гонимая Петром, все же продолжала свою вековую миссию источника православной культуры.
Поняв к чему клонился Петр, Стефан сделал все, что мог, дабы предотвратить неизбежное разорение, словом и делом пытаясь вразумить царя и отдалить от него нечестивых советников, но в конце концов принужден был смириться.
Другим попутчиком Петра был великий святитель и чудотворец Митрофан, епископ Воронежский (t 1703 г.). Когда, по желанию царя, Воронеж превратился в главный центр кораблестроения, св. Митрофан принял в этом деле живейшее участие. Он поощрял лично "кумпанства" по постройке судов и даже непосредственно содействовал сооружению двух кораблей и трех галер. Однако, узнав, что дворец Петра в Воронеже украшен был по иностранному обычаю статуями языческих богов, епископ отказался в него войти, несмотря на угрозу смертной казни, брошенную ему царем. Петр, пораженный его стойкостью, велел, наконец, вынести статуи и еще больше проникся уважением к святителю. К сожалению, таких примеров в то время не хватало в окружении Петра.
Только что успели похоронить патриарха Адриана, как царским указом от января 1701 г. был восстановлен тот самый "Монастырский Приказ", который учредил Алексей Михайлович и упразднил в 1675 г. Московский Собор. Соответственно, Петр приказал распустить "Патриарший Приказ" и местоблюстителю Стефану остались подведомственные лишь чисто духовные вопросы. Все назначения, которые еще при Адриане отобрал у него Петр, управление церковными людьми и землями, печатание духовных книг, даже руководство духовными школами — все это было передано Монастырскому Приказу. Мусин-Пушкин, назначенный Петром начальником этого государственного органа, стал объявлять Стефану распоряжения Петра касательно церковных дел!
Несмотря на смелый протест местоблюстителя, в духовный суд были введены правительственные "фискалы", т.е. шпионы, обязанные доносить властям обо всем, что им казалось неправильным.
Указом 30 декабря 1701 г. царь отнял у монастырей право распоряжаться своими доходами, сбор коих был поручен тому же Монастырскому Приказу. Впервые в русской истории православный государь счел возможным наложить руку на церковное достояние, о чем и не помышляли государи династии Калиты, не говоря уже о киевских князьях. Светская власть получила право не только распоряжаться этим неприкосновенным имуществом по произволу своих чиновников, но и священные предметы обращать на военные нужды, например снимать колокола для литья пушек.
Монастырский Приказ, по воле Петра, вмешался и во внутренний уклад монастырской жизни. Велено было устроить перепись монашествующих, переходы из одной обители в другую запрещать, равно как и совершение новых пострижений без разрешения государя! Кроме того, приказано было на вакантные места посылать в монастыри больных, нищих, сумасшедших и даже каторжников, неспособных к работе! После 1715г. в монастыри стали отправляться военные инвалиды на содержание. Петр решил превратить монастыри в богадельни, ясли, приюты, больничные дома, одновременно упраздняя их историческую роль — центров просвещения; особым указом монахам было воспрещено держать бумагу, чернила и перья и что-либо писать в кельях вне присутствия настоятеля. Наконец, в том же 1701 г. Петр запретил строить новые монастыри без своего разрешения.
Стефан Яворский всячески пытался противодействовать этим нечестивым мерам. Так, в своей знаменитой проповеди в 1710 г. местоблюститель сказал следующее: "Сияла Россия — мати наша — прежними времени благочестием, светла и аки столб непоколебимый в вере православной утверждена. Ныне же что? Усумневаюсь о твердости твоей, столпе непреклонный, егда тя вижу, ветрами противными отовсюду обуреваема. Веет на тя ветер иконоборный, иконы святые презирающий; веет натя ветер чревоугодный, посты святые разоряющий".
В 1713 г., в день ангела царевича Алексея, Стефан не только публично осудил введение фискалов в духовные суды — область чисто церковную, но также заклеймил насильственное заточение в монастырь матери царевича — Евдокии Лопухиной. Все это оказалось тщетным.
Учредив сенат, Петр в 1711 г. приказал в свое отсутствие "всем духовным и мирским, военного и земского управления вышним и нижним чинам быть послушным сенату, как нам самому". Это сопровождалось предупреждением, что ослушники будут подвержены жестоким наказаниям, вплоть до смертной казни. Так еще до официальной церковной реформы Петр приравнял русских иерархов к прочим чиновникам.