Цезарь, Лукреция и папа непрерывно пировали в Ватикане. По приказу папы, врагам его семьи и соперникам-кардиналам нередко подносили чашу, отравленную "ядом Борджиа" (вероятно, мышьяком). Повсюду поведение папы осуждалось и служило великим соблазном для верующих
Во Флоренции приход войск Карла VIII вызвал падение семьи Медичи и создание демократической республики. Ее вдохновителем был доминиканский монах Иероним Савонарола, человек строгих нравов и блестящий оратор, проникнутый мистицизмом. Он составил для Флоренции конституцию, основанную на теократических принципах, примененных к демократии. Савонарола стал открыто порицать распущенность папского двора, требуя немедленных коренных реформ и угрожая папе низложением за допущение церковных беспорядков и заблуждений. Папа ловко подорвал доверие к Савонароле, используя для этого монахов враждебного ему ордена, вызвал народные брожения в городе и схватил проповедника. После долгих истязаний Савонарола был осужден инквизицией и сожжен 23 мая 1498 г., вместе с двумя товарищами. Имя его сделалось символом реакции против папского абсолютизма и разврата. Его память долго хранилась флорентийцами
Историк Портиглиотти пишет: "Этот папа, симониак, сладострастник, скептик, клятвопреступник, продавец архиерейских жезлов и кардинальского пурпура, жадный до преступления, развратный до инцеста — таков был человек, пославший на костер Савонарола"
Всякий, кто желал оградить себя от разных бед, спешил в Рим, дабы предоставить свое имущество папе. Александр VI — первый папа, объявивший, что он в силе отпускать грехи усопших и освобождать их души от мук "чистилища"
В отношении короля Франции Людовика XII папа вел хитрую политику, а король воевал с ним, с целью добиться церковной реформы. В конце концов, он вынужден был дать сыну папы. Цезарю Борджиа, титул герцога де Валентинуа. Со своей стороны, папа разрешил ему развод с королевой Жанной, объявив их брак недействительным. Это позволило Людовику, женившемуся на герцогине Анне, присоединить к Франции ее герцогство — Британию как приданое..
В 1503 г. папа и Цезарь задумали отравить разом четырех кардиналов, дабы присвоить их имущество. По ошибке они сами выпили приготовленное для своих жертв отравленное вино. Александр VI скончался, а Цезарь, успев вовремя принять противоядие, поспешил захватить папскую казну. Преемник его, Юлий II, занялся европейской политикой, будучи нрава воинственного. Он составил лигу для уничтожения Венецианской республики, но вскоре отказался от этого намерения, получив новые владения для своего государства
Ссоры папы с королем Франции Людовиком XII вызвали реакцию со стороны французского духовенства. Собравшись в Тур, оно постановило, что поскольку папа воюет и собирает войска для своих честолюбивых целей, то король имеет право воевать с ним, как со всяким другим государем, не страшась его духовного осуждения (Флери. "История Церкви", т. XXV, с. 92- 94)
Как замечает Мишлэ, Александр VI явился венцом серии на редкость недостойных пап, из коих лишь один, Пий II (1458— 1464), составил исключение. Остальные же отличались своим развратом, бессовестным "непотизмом" и алчностью; они были готовы перевернуть весь свет, лишь бы сделать принцами своих незаконных детей
Павел II (1464—1471) собственноручно пытал римских академиков, заподозренных в ереси... платонизма, так как они хотели издать сочинения Платона; один из истязуемых умер на руках у папы-палача. Этот папа, желая поскорее обогатиться, решил не назначать больше епископов на вакантные кафедры, чтобы самому пользоваться их доходами
Дабы избежать выборов в архиереи, папы назначали кандидатов до того , как кафедры становились вакантными. Кафедры эти обычно назывались "бенефисами" (т.е. прибыльными местами) и назначенные на них кандидаты обязаны были ежегодно выплачивать Римской курии положенные суммы — "аннатьГ (аннум — год)