Учреждение патриаршества в Москве в 1589 г. и политика Бориса Годунова побудили Польшу еще усилить униатскую пропаганду, опасаясь одновременно заступничества России за гонимых православных. Иезуиты решили всеми способами добиться унии и уничтожения очагов "схизмы" в королевстве. Король стал беспощадно бороться с противоуниатским движением, закрывались церкви, отбиралась церковная утварь, храмы отдавались евреям на откуп, запрещался колокольный звон, священников и монахов истязали на медленном огне и казнили, православных лишали заработка и т.д. (Юзеф Лукашевич. "Dzie Kosciolov Helweckiego Wyznania". Познань, 1942, т. 1, с. 70-72)
Одновременно бывший воспитанник иезуитов митрополит Михаил Рагоза проводил в жизнь их план унии со схизматиками, указывая епископам, что только в ней конец мытарств Православной Церкви и разрешение бедственного положения русского населения
Все это побудило, наконец, пять епископов согласиться на унию, т.е. признать главенство папы. Не решившись испросить на то согласие своих пасомых, эти епископы уведомили Сигизмунда III о своем желании и получили в ответ милостивое обещание всяких благ. В 1594 г. один из них — Игнатий Поцей — составил акт унии, отправленный в Рим папе с особой делегацией, среди которой находился и сам автор. Однако в 1595 г. обнаружилось, что делегаты подписали в Риме вовсе не те условия, на которые соглашались епископы, и князь Константин Острожский обвинил Поцея в обмане и выпустил даже окружное послание к православным, в котором, между прочим, писал, что "самые главные веры нашей начальники, славою света сего прельстившись и тьмой сластолюбия помрачившись, мнимые пастыри наши — митрополит с епископами — в волков превратились" (А.Попов, с. 13). Это послание вызвало среди православных общее возмущение самочинными действиями Поцея и Рагозы, т.к. население не желало и слышать об унии. Несмотря на бурные протесты в королевском сейме, Сигизмунд и иезуиты созвали в Бресте церковный собор, на котором небольшая часть епископов во главе с Михаилом Рагозой, заодно с католиками, провозгласили унию 6 октября 1596 г. Православное же большинство священства и мирян вместе с кн. Острожским покинули собрание и образовали свой, антиуниатский собор
Король, разумеется, под давлением Петра Скарги и других иезуитов, утвердил унию, подписанную Рагозой и православными ренегатами в Бресте
Так родилась "Униатская церковь" — иезуитское детище — явившееся предлогом официального запрета Православия в Польше. Преследования "схизматиков" получили с тех пор вполне законный характер. Загорелась жестокая борьба между католиками и православными, особенно в Виленщине, т.к. народ всемерно противился насильственным действиям польских чиновников и ксендзов, встречавших отпор в лице братств, а также православных центров, каковыми являлись Киево-Печерская и Почаевская лавры
Когда появился в Польше Гришка Отрепьев — Самозванец, выдававший себя за царевича Димитрия, сына Иоанна Грозного, — иезуиты обрадовались случаю не только свалить ненавистного полякам Бориса Годунова, на которого надеялись гонимые православные как на заступника, но и проникнуть в Москву, сердце Православия, чтобы, наконец, привести в исполнение план совращения русских в латинство. Самозванец получил крупную поддержку отСигизмунда III, а иезуиты поднесли ему благословение папы и обещание содействия Ватикана при условии, чтобы он отдал Русскую Церковь под власть католиков, на что Отрепьев охотно согласился и сам принял католичество, женившись на Марине Мнишик. Добравшись до Москвы и ставши царем, лже-Димитрий скоро возбудил всеобщее возмущение своим отношением к Православию, и иезуитский план рухнул с его смертью. Избрание на царство династии Романовых в 1613 г. окончательно лишило иезуитов и поляков надежды на какие-либо религиозные и политические успехи на Востоке
После русско-польских войн 1648-1651 гг., Россия получила обратно свои южные земли и Киев. Оказалось, что вековое владычество иноверцев не вытравило из них ни веры предков, ни русскости. Поляки не переставали преследовать оставшихся в королевстве православных и только разделы Польши в XVIII в. до некоторой степени облегчили участь этих меньшинств. Галиция превратилась в главную крепость антирусской и антиправославной политики, а позже сделалась центром, вызванного против Российской империи искусственного движения украинских самостийников, ратовавших в угоду австрийскому генеральному штабу