Под покровом внешнего соглашения продолжалась прежняя борьба. После смерти святого Кирилла она вспыхнула с новою силой при крутом и заносчивом его приемнике Диоскоре. Спор о вере осложнялся личной и областной враждой и соперничеством. Недовольных установившимся догматическим положением было много не только в Египте, но и на самом Востоке. Призрак аполлинаризма стал воплощаться. Появляется действительное монофизитство и, опираясь на двор, сразу переходит в наступление. Опираясь на наветы обиженных беглецов из Антиохии, Диоскор, под предлогом защиты памяти и веры Кирилла от «позорных» возражений «восточных», ставит в 448 году в послании к Домну Антиохийскому прямой вопрос о православии всего Востока и Феодорита прежде всего. Еще раньше, в том же году, появился императорский указ с запретом писать, читать и сохранять книги, написанные против мнений святого Кирилла под угрозой смертной казни, с явным указанием на «какие-то двусмысленные учения». Вместе с тем, император приказывал сместить и низложить Тирского митрополита Иринея, незадолго до того поставленного по совету и при участии Феодорита. У Иринея было очень сомнительное прошлое: на Ефесском соборе он был рьяным защитником Нестория и после собора писал в его защиту (утраченная книга под именем «Трагедия»); вместе с Несторием он был сослан в Петру Аравийскую; уже после своего поставления он высказывался неосторожно и соблазнительно, так что Феодориту приходилось увещевать его не спорить об имени: Богородица; и, наконец, он был второбрачным. Повод для нападения был выбран, стало быть, очень удачно. Но на Востоке не исполнили императорского указа и просили об его отмене. На этот раз Феодорит верно угадал в Диоскоре врага истины, угадал, что надвигается буря, и стал готовиться к ней и готовить других. На подозрения Диоскора он отвечал ясным и четким исповеданием в духе и смысле «соглашения» 433 года. Но в Александрии возбуждение усиливалось. Недовольные монахи с Востока бродили всюду по египетским монастырям и всюду твердили об опасности для «Кирилловой веры». В Константинополь из Александрии было отправлено особое посольство и посланные прежде всего выдвинули обвинение в ереси, и «всем прожужжали уши, что вместо одного Сына Феодорит проповедует двух». Впрочем, не это обвинение привлекло императора на сторону «фараона», как называл Диоскора Феодорит, но скорее намеки на беспокойный дух Кирского епископа, на его опасность для общественного порядка и авторитета. Борьба велась, прежде всего против Феодорита. Александрийцам удалось добиться императорского указа об удалении Феодорита в Кир без права оттуда отлучаться, ввиду того, что он «часто собирает соборы и тем возмущает православных». В своей почетной ссылке Феодорит не прерывал своих связей и с восточными собратьями, и с друзьями в Константинополе и при дворе. Как раз в это время, в ноябре 448-го года, Евсевий, епископ Дорилейский, из Синаадской митрополии, подал Флавиану Константинопольскому обвинительную жалобу на Евтихия, и Евтихий был осужден и «отлучен от общения». Для Феодорита это было, по его словам лучом света среди глубокой ночи. Вскоре же после Константинопольского собора в столицу отправилось «восточное» посольство для защиты православия заподозренного Востока. Это посольство не имело прочного успеха. Но в желании соборного суда Феодорит сошелся со своими обвинителями, и под их внушением 30-го марта 449 года был объявлен императорский указ о созыве вселенского собора на 1-ое августа в Ефесе, причем Диоскору предоставлялось на нем первенство, а Феодорит, как заподозренный, устранялся от участия в соборе, разве то окажется собору угодным. В ответ на просьбу об отмене этого запрета император повторил свое определение, — «потому что он дерзнул излагать противное тому, что написал о вере блаженной памяти Кирилл»... Заранее можно было предвидеть, каков будет предстоящий собор. Феодорит ясно видел «начало совершенного отпадения», и не ждал ничего доброго от предстоящего собора. Собор собрался для того, чтобы рассудить некоторых из восточных епископов, «зараженных нечестием Нестория», как выражался император в грамотах на имя Диоскора, и был заранее готов «извергнуть их из святых церквей и исторгнуть весь дьявольский корень». Собор оказался в действительности «разбойничьим собором», и с этим именем вошел в историю. Феодорит был осужден здесь заочно, как отъявленный несторианин, «лишен всякого служения, всякой чести и всякой степени священства». Приговор основывался на жалобе антиохийского пресвитера Пелагия, на представленных им же выборках из книги Феодорита в защиту Диодора и Феодора, на письме Феодорита к монахам против Кирилла; уже самый факт, что Феодорит «осмелился мыслить и писать противное сочинениям блаженного отца нашего Кирилла», доказывал для собора его нечестие. И к тому же он выступал на защиту Несториевых учителей... Приговор не встретил возражений и со стороны присутствовавших «восточных»; они признали низложение Феодорита, в том числе и Домн Антиохийский, хотя вместе с Феодоритом был низложен и он сам. Низложены были кроме того Флавиан Константинопольский, Евсевий Дорилейский, первый обвинитель теперь восстановленного Евтихия, и Ива Эдесский. Приговор был закреплен императорским указом. С осужденными воспрещалось всякое общение, «как в городе, так и в поле», под угрозою всегдашнего изгнания. Сочинения Феодорита, наравне с сочинениями Нестория и с книгами Порфирия против христиан, было приказано публично сжигать, запрещалось их хранить и читать. Все епископы должны были письменно выразить свое согласие с соборным решением. Для наблюдения за собиранием подписей был назначен особый императорский чиновник из споспешников Диоскора. Римские легаты не подписали соборных определений и принуждены были бежать из Ефеса.