В прошлом порой высказывались ошибочные суждения о том, что автокефальными могут быть лишь Церкви, основанные самими апостолами. Папа Лев Великий на этом основании оспаривал автокефалию Константинопольской Церкви. Даже Антиохийский Патриархат отказывал в автокефалии Грузинской Церкви, опираясь на тот исторически сомнительный факт, что никто из апостолов не был в Грузии. Между тем, с одной стороны, многие из Церквей несомненно апостольского происхождения автокефалии никогда не имели (например. Коринфская, Фессалоникийская), а с другой — существуют Церкви, самостоятельность которых общепризнана, хотя они и не могут похвалиться апостольским происхождением. Автокефалию Церкви приобретали и утрачивали в процессе истории. И преемствовавший апостольскому сонму, именно сонму, а не отдельным апостолам, вселенский епископат имеет бесспорное право суверенно решать вопросы об учреждении и упразднении автокефалии, о границах между поместными Церквами. На Вселенских Соборах — чрезвычайных органах епископской власти — действительно решались вопросы об учреждении поместных Церквей, их рангах, о границах между ними, об упразднении автокефалии некоторых из Церквей: так, Халкидонский Собор подтвердил автокефалию Константинопольской Церкви и подчинил ей Асийский, Понтийский и Фракийский диоцезы.
Поскольку Вселенские Соборы и в древности были событиями исключительными, а теперь вот уже более 1000 лет не созываются, обычно вопрос о новой автокефалии или упразднении старой решается епископатом поместных Церквей, компетенция которого, в отличие от вселенского епископата, распространяется лишь на пределы своей Церкви. При этом волю поместного епископата может выражать как полный собор, так и малый собор епископов — Синод.
Константинопольский Патриархат предоставлял автокефалию Болгарской Церкви (в 932, 1234 и 1946 гг.), Сербской Церкви (в 1218 и 1879 гг.), Русской Церкви (в 1589 г.), Элладской Церкви (в 1850 г.), Румынской Церкви (в 1895 г.) и Албанской Церкви (в 1938 г.). Русская Церковь даровала автокефалию Польской, Чехословацкой и Американской Церквам в послевоенные годы. Известно и о слиянии нескольких автокефальных Церквей в одну. Так, в 1920 г. три автокефальных Церкви: Сербская, Карловацкая и Черногорская, а также автономная Церковь Босно-Герцеговинская с частью Константинопольской и Буковинско-Далматинской Церквей объединились в одну Сербскую Церковь.
Только воля кириархальной Церкви может быть законным фактором в учреждении новой автокефалии, но история знает и иные примеры. Случалось, что автокефалия провозглашалась органом государственной власти или местным епископатом, самовольно вышедшим из подчинения соборному епископату автокефальной Церкви и ее первому епископу. Незаконность подобных акций с канонической точки зрения очевидна; хотя в тех случаях, когда это было вызвано действительно назревшими потребностями церковной жизни, возникавшие вслед за самочинным актом разделения удавалось уврачевать позднейшим законным дарованием автокефалии со стороны Церкви-матери. Так, Элладский епископат провозгласил автокефалию уже в 1833 г., а дарована она была Элладской Церкви только в 1850 г; независимость Румынской Церкви была самочинно провозглашена в 1865 г., т. е. за 20 лет до дарования ей автокефалии Константинопольским Патриархатом; польские автокефалисты в 1923 г. пошли на незаконное отделение от Русской Церкви-матери, и только в 1948 г. вопрос о польской автокефалии был решен правомерно. Подобная же причина вызвала разрыв в общении между Русской и Грузинской Церквами, продолжавшийся с 1917 по 1943 год.
Автокефалия может учреждаться и помимо установленного порядка, однако на законном основании: в случае, если власть кириархальной Церкви уклонится в ересь или раскол. Тогда в силу вступает 15 правило Двукратного Собора: «…Отделяющиеся от общения с предстоятелем, ради некия ереси, осужденный Святыми Соборами или Отцами, когда, то есть, он проповедует ересь всенародно, и учит оной открыто в церкви, таковые аще и оградят себя от общения с глаголемым епископом, прежде соборнаго разсмотрения, не токмо не подлежат положенной правилами епетимии, но и достойны чести, подобающей православным. Ибо они осудили не епископов, а лжеепископов и лжеучителей, и не расколом пресекли единство Церкви, но потщились охранити Церковь от расколов и разделения». Это правило распространяется и на верный православный епископат одной из частей Церкви, высшая власть которой удалилась от истины, В таких обстоятельствах оказалась Русская Церковь после Флорентийского Собора; потому и утвердила она в 1448 г. свою независимость от Константинополя, не испрашивая на то согласия Патриарха и Синода, изменивших Православию.