Самостоятельность автокефальных Церквей носит, разумеется, ограниченный характер, проявляясь только относительно других поместных Церквей, но отнюдь не Вселенской Церкви, частью которой они являются. Поэтому не может быть и речи о самостоятельности отдельной поместной Церкви в области вероучения, которое одно и то же хранится Вселенской Церковью изначально. Всякое расхождение с истиной, хранимой всей Церковью, влечет за собой выпадение из церковного лона. Все поместные Церкви соблюдают святые каноны, применяя их к местным условиям. В области богослужения самостоятельность автокефальных Церквей ограничена обязательным соответствием богослужения единому догматическому учению и стремлением к единообразию. Но автокефальная Церковь сама приготовляет для себя святое миро, сама канонизирует своих святых, сама составляет новые чинопоследования и песнопения. Полной самостоятельностью пользуются автокефальные Церкви в области административной и судебной деятельности.
Все автокефальные Церкви равноправны. Православие отвергает не только Римскую доктрину о наместничестве Христа и непогрешимости римского епископа, но и притязания Константинопольских Патриархов на особые права во Вселенской Церкви. Вместе с тем в списках Церквей — диптихах, — а значит, и при распределении мест на соборах, в рамках межцерковного этикета каждой Церкви отведено свое место в общем ряду, и это место ее закрепляется твердо; в течение столетий оно может оставаться неизменным, хотя это место в диптихе, называемое рангом чести, лишено догматического значения, а обусловлено исторически. В основе диптиха лежат разные принципы: древность Церквей, хронологическая последовательность провозглашения автокефалии, политическое значение городов с кафедрами первых епископов.
Автономные Церкви
Помимо автокефальных, независимых друг от друга Церквей, существуют еще Церкви автономные. Термин «автономная Церковь» — новый, но явление это, когда та или иная поместная Церковь обладала весьма широкой, однако не полной самостоятельностью, было известно и в древности, и в средневековье. В сущности, Русская Церковь до 1448 г. территориально, этнически и политически обособленная от Церкви-матери, имела лишь ограниченную зависимость от Константинопольского престола, чем решительно отличалась от греческих митрополий. В этом смысле она может служить примером церковной автономии. Главное различие между Церквами автокефальными и автономными заключается в том, что первые имеют самостоятельную цепь апостольского преемства, и их епископы, включая и первого среди них, поставляются архиереями этих Церквей, а автономные Церкви такой независимости лишены, их первые епископы поставляются архипастырями кириархальной Церкви. Из этого вытекают и другие ограничения самостоятельности автономной Церкви. Ее статус, устав, утверждается Церковью кириархальной, что тоже служит выражением канонической зависимости. Святое миро автономные Церкви получают от Церкви кириархальной, они также принимают участие в расходах на содержание высшей власти кириархальной Церкви. Первые епископы автономных Церквей подсудны высшей судебной власти Церкви кириархальной. Свои отношения с другими Церквами автономная Церковь осуществляет через посредство Церкви кириархальной.
Автономная Церковь обычно имеет малое число епископов. Основанием для провозглашения автономии могут служить разные факторы, чаще всего, нахождение ее в пределах иного государства, чем кириархальная Церковь, а также географическая отдаленность и этническое своеобразие. Исторически провозглашение автономии часто следовало за приобретением политической самостоятельности государством, где находится эта Церковь. Так, в 1815 г. было образовано Сербское княжество, находившееся в вассальной зависимости от Порты, и в 1832 г. Сербская Церковь получила автономию. Утрата же государственной самостоятельности обычно ведет и к упразднению автономии. В 1878 г. Босния и Герцеговина освободились от власти Турции и были оккупированы Австро-Венгрией, спустя два года Босно-Герцеговинская Церковь получила автономию от Константинопольского Патриархата, но с вхождением Боснии в состав Югославии автономия была упразднена.
Статус автономных Церквей — промежуточный, переходный, и потому в истории наблюдаются две тенденции в судьбе автономных Церквей: одни Церкви со временем дорастают до автокефалии и в конце концов получают ее, другие же утрачивают автономию, превращаясь в обычные митрополичьи округа или епархии.