В IX веке сложилось своеобразное учение о пентархии, о том, что в Церкви может быть лишь пять Патриархов, подобно тому как есть только 5 чувств, и вся Вселенная должна быть поделена между ними. Теорию «пентархии» отстаивал Антиохийский Патриарх Петр; его рассуждение на этот предмет было внесено в «Синопсис» Стефана Ефесского, а оттуда, через Аристина, — в «Кормчую» св. Саввы и, следовательно, — в нашу печатную «Кормчую» (гл. 40). Сторонником этого курьезного учения был и знаменитый Вальсамон.
Теория «пентархии», лишенная и канонических, и исторических оснований, давала впоследствии грекам-филетистам мнимые доводы в отстаивании церковной гегемонии над негреческими Православными Церквами. Тенденция, выразившаяся в этой теории, существует и ныне. Данное обстоятельство может послужить причиной осложнений во взаимоотношениях Восточных Патриархатов и поместных Церквей, получивших автокефалию во второе тысячелетие от Рождества Христова.
Между тем уже III Вселенский Собор, подтвердив в своем 8 правиле автокефалию Кипрской Церкви, которую оспаривала Антиохия, не оставил никаких разумных церковных оснований для развития учения об исключительных преимуществах пяти первых Престолов христианского мира. Поучительно положение, которым оканчивается это правило: «То же да соблюдается и в иных областях, и повсюду в епархиях; дабы никто из боголюбезнейших епископов не простирал власти на иную епархию, которая прежде и сначала не была под рукою его, или его предшественников; но аще кто простер, и насильственно какую епархию себе подчинил, да отдаст оную: да не преступаются правила Отец; да не вкрадывается, под видом священнодействия, надменность власти мирския; и да не утратим по малу, неприметно, тоя свободы, которую даровал нам Кровию Своею Господь наш Иисус Христос, освободитель всех человеков».
Новые автокефальные Церкви
Помимо древней Кипрской Церкви, искони автокефальной, и учрежденной при императоре св. Юстиниане автокефальной архиепископии Новой Юстинианы, с конца I тысячелетия по Р.Х. образуются новые автокефальные Церкви. Главы их со временем удостаиваются Патриаршего сана.
Образование новых поместных Церквей было связано со славянской колонизацией Балкан и обращением славянских народов в христианство. Так, при царе Болгарском Симеоне, преемнике Крестителя болгар св. царя Бориса, Болгарская Церковь обрела фактическую независимость от Вселенского Патриархата, а в 927 г. Константинопольская Церковь признала ее автокефальный статус и патриаршее достоинство ее Предстоятеля Дамиана. Правда, после разгрома Болгарии императором Василием Болгаробойцем Болгарская Церковь утратила Патриаршее возглавление. Новым ее главой стал тогда архиепископ Охридский, который мыслился как правопреемник древних архиепископов Новой Юстинианы. Патриаршество восстановлено было в Болгарии вместе с ее национально-государственным возрождением в XIII веке, когда Константинопольский Патриарх вместе с другими Восточными Патриархами даровал архиепископу Тырновскому Патриарший титул. Вторично болгарская церковная автокефалия была утрачена после гибели Болгарского государства под натиском османских турок. До середины XVIII века просуществовала автокефальная Охридская архиепископия, однако клир этой южнославянской Церкви был эллинизирован. Новое восстановление церковной независимости болгарского народа произошло уже в XIX веке, в 1872 г., вначале, правда, самочинно и с нарушением канонов, что повлекло за собой прекращение евхаристического общения новообразованного Болгарского экзархата с другими Православными Церквами. Лишь в 1945 г. болгарская схизма была преодолена, а с 1953 г. Болгарская Церковь, как и в средневековье, возглавляется Патриархом.
Подобно Болгарской, и Сербская Церковь в своей истории пережила несколько трагических разрывов. Самостоятельная архиепископия была учреждена в Сербии в начале XIII столетия, при сыне великого жупана Неманя Стефане Первовенчанном. Автокефальным архиепископом стал младший сын Неманя — афонский инок св. Савва. В 1346 г., при короле Стефане Душане, собором сербских епископов архиепископ Печский Иоанникий был возведен в сан Патриарха. За этим последовала анафема со стороны ревниво охранявшей свои преимущества Константинопольской Патриархии. Анафема была снята в 1374 г., в самый канун османского порабощения Сербии. В 1766 г. Османской Портой упраздняется Печская Патриархия, а все сербские епархии передаются в подчинение Патриарху Константинопольскому. И только в 1879 г., после восстановления Сербской государственности, Сербская Церковь возвратила себе автокефальный статус. В 1710 г. Печская Патриархия даровала автокефалию митрополиту Карловацкому, главе Православной Церкви на территории католической Хорватии, входившей в состав Австрийского государства. После венгерского восстания 1848 г. митрополиты Сремских Карловцев стали носить титул Патриархов. А в 1920 г., вслед за государственным объединением сербов, хорватов, словенцев и македонцев в единое государство, в единый Сербский Патриархат объединены были и ранее самостоятельные Церкви народов Югославии.