По освобождении Патриаршего Престола Председателем Святейшего Синода становится старейший по продолжительности управления епархией митрополит, входящей в малый состав Синода. Он возглавляет Церковь в течение 7 дней до избрания Наместника — Председателя Святейшего Синода. Избрание Патриарха должно состояться не позже чем через 4 месяца после освобождения Патриаршего Престола.
Патриарх Болгарский председательствует на заседаниях Святейшего Синода в полном и малом составе, а также на заседаниях Церковно-народного собора и Верховного церковного совета. Он следит за точным исполнением постановлений высших органов церковной власти. Патриарх представляет Болгарскую Церковь в сношениях с государственной властью и другими Православными Церквами. Он пользуется преимуществом чести перед всеми болгарскими архиереями и носит титул «Святейшества». Вместе со Святейшим Синодом Патриарх рукополагает епископов на кафедры Болгарской Церкви. Он освящает св. миро и управляет церковными общинами, находящимися за пределами Болгарии. Патриарх не решает ни одного вопроса без ведома Синода, но и Синод не может решить ни одного вопроса без ведома Патриарха, или его заместителя, которым принадлежит высшая исполнительная власть в Церкви. Как и всякий архиерей, Патриарх подлежит суду Святейшего Синода в полном составе.
Святейший Синод в полном составе включает в себя всех епархиальных архиереев Болгарской Церкви. Он собирается ежегодно, а в случае необходимости может быть созван на чрезвычайную сессию в любое время. Святейшему Синоду принадлежит высшая церковная власть. Он несет попечение о единении Болгарской Церкви со Вселенским Православием, следит за православной чистотой проповедуемого в Церкви учения, за правильным совершением Таинств и богослужений. Синод обладает правом рукоположения епископов и избрания митрополитов, приготовления св. миро, канонизации святых. Святейший Синод заслушивает доклады епархиальных архиереев, рассматривает жалобы на архиереев и должностных лиц по делам, подведомственным Синоду. Синод назначает высших должностных лиц, присуждает церковные отличия, открывает новые монастыри и духовные школы, утверждает церковный бюджет. Вместе с Патриархом Святейший Синод поминается за богослужением во всех храмах Болгарской Православной Церкви.
Святейший Синод в малом составе включает в себя Патриарха и четырех епархиальных митрополитов, избираемых полным составом Синода сроком на 4 года из числа архиереев, не менее 2 лет управлявших своими епархиями. Святейший Синод в малом составе заседает постоянно и сам устанавливает для себя каникулярное время. В периоды между сессиями Синода в полном составе он осуществляет его функции по управлению Церковью. Синод в малом составе подотчетен Синоду в полном составе. Решения на заседаниях Синода как в полном, так и в малом составе принимаются большинством голосов. При равенстве голосов перевес дает голос Председателя.
Церковно-народный Собор состоит из всех архиереев, находящихся на кафедрах и из представителей епархий: от каждой по 3 приходских священника и по 4 мирянина; в него входят также представитель от ставропигиальных монастырей из числа их настоятелей, по одному преподавателю от высших и средних духовных школ, избранных преподавательскими корпорациями; 5 духовных лиц с высшим образованием и 5 мирян из числа церковно-общественных деятелей, кооптируемых самим церковно-народным Собором путем тайного голосования; по одному представителю от Союзов братств священнослужителей и церковнослужителей, главный секретарь Святейшего Синода по должности. Председателем церковно-народного Собора является Патриарх или его заместитель. Церковно-народный Собор заседает один раз в 4 года, а при необходимости собирается на чрезвычайные заседания в любое время. К компетенции Собора относится внесение изменений и дополнений в Устав Болгарской Православной Церкви по предложению Святейшего Синода или половины членов Собора. Собор принимает, изменяет и дополняет церковно-законодательные акты, заслушивает и утверждает отчеты Верховного Церковного Совета по хозяйственной, финансовой и благотворительной деятельности Церкви. Решения церковно-народного Собора по вопросам вероучительным (догматическим), каноническим и богослужебным вступают в силу, если в течение 15 дней не поступило протеста на них со стороны Синода. В случае такого протеста эти решения поступают на обсуждение очередной или чрезвычайной сессии церковно-народного Собора.