Те му издадоха точно как са разположени силите на Цезар и къде са слабите точки на укрепленията му.
Помпей атакува на разсъмване на седемнайсетия ден на квинктил. Най-слабата точка в обсадата на Цезар се намираше в най-южния край на укрепленията му, където те завиваха на запад и се спускаха към морето. Още бяха в процес на довършване на втората стена, разположена пред главната. Това предно ограждение оставаше неохранявано, а откъм морето никоя от стените не можеше да се отбранява добре.
Районът се охраняваше от Девети легион на Цезар. Всичките шест римски легиона на Помпей пристъпиха към фронтално нападение, докато всичките му стрелци с прашки и лъкове и част от кападокийската пехота се промъкнаха зад неохраняваната стена и изненадаха защитниците отзад. Малобройните части на Лентул Марцелин, разположени в най-близкия форт, не успяха да помогнат; Девети бе разгромен.
Нещата се промениха, когато Цезар и Антоний пристигнаха с подкрепления, ала Помпей не си беше губил времето. Той установи пет от шестте си легиона извън Цезаровите ограждение и остави шестия в един изоставен лагер наблизо. Цезар изпрати трийсет и три кохорти, за да прогони този самотен легион, но не успя заради едно сложно укрепление на пътя си. Окрилен от победата, Помпей изпрати всички конници, които можа да събере, срещу противника. Цезар се изтегли с такава неочаквана бързина, че Помпей остана с празни ръце. Той предпочете да се откаже и да си отдъхне, вместо да нареди на конницата си да преследва Цезар.
— Какъв глупак! — изръмжа Цезар пред Антоний, след като изтегли цялата си войска на безопасно място в главния си лагер. — Ако беше оставил конницата си по петите ни, щеше да спечели войната още тук и сега. Ала той не го стори, Антоний. Цезаровият късмет е в това, че все ми се случва да воювам срещу глупаци.
— Ще продължим ли обсадата? — попита Антоний.
— Не, Дирахиум вече не ни върши работа. Вдигаме се и се изнасяме през нощта.
Слепотата на Помпей бе пълна. Той се върна ликуващ в Петра, без да забележи от по-високата си позиция, че Цезар се готви за оттегляне.
На сутринта притихналите укрепления и липсата на дим в Цезаровия лагер му разкриха всичко. Цезар бе отпътувал.
Помпей прояви достатъчна предвидливост и изпрати част от конницата си на юг към Генузус, за да попречи на противника да се прехвърли през реката, но хората му закъсняха. Прекалено самоуверени от победата предния ден, те се прехвърлиха на другия бряг, но само за да се окажат в ръцете на Цезар, с чиято войска никой от тях не си беше имал работа досега — и най-вече с германската конница. Подпомогната от няколко кохорти пехота, тя нанесе на Помпеевата войска сериозни загуби.
При отстъплението си по Игнациевия път те срещнаха самия Помпей, решил да ги последва. През нощта двете войски лагеруваха на двата противоположни бряга на Генузус.
По обяд на следващия ден Цезар продължи на юг. Помпей не го последва. Без да ги е грижа, че Помпей не бива да изостава в преследването на противника, някои от войниците му бяха пренебрегнали заповедите и се бяха върнали в лагера на Петра, за да си вземат някои забравени неща. Постоянно загрижен за численото превъзходство, Помпей остана да ги чака. Той така и не успя да навакса забавянето. Като сянка от отвъдното, Цезар просто изчезна от лицето на земята, някъде на юг от Аполония.
На двайсет и втория ден на квинктил Помпей се върна с войската си на Петра, за да отпразнува голямата си победа и да изпрати новините за нея в Рим и Италия. Няма го вече Цезар! Цезар беше разбит и бягаше панически. И дори някои да се усъмниха, че Цезар (разполагащ още с цялата си войска без хиляда души) е наистина разбит, те запазиха мнението си за себе си.
Войската също празнуваше, но никой не беше по-радостен от Тит Лабиен, който мина триумфално през лагера с няколкостотинте пленници от Девети легион. Пред очите на Помпей, Катон, Цицерон, Лентул Спинтер и Крус, Фауст Сула, Марк Фавоний и много други той показа жестокостта си. Цезаровите войници първо бяха осмени, унижени, бити, след това Лабиен пристъпи към нажежените железа, тънките ножове, клещите и бичовете с бодли. Едва след като всеки пленник до един бе ослепен, лишен от езика и гениталиите си и бичуван, докато не се превърне в пихтия, свирепият военачалник нареди да ги обезглавят.