През юни тримата заговорници нанесоха удара си. Александрия се вдигна; на централния площад се събра разгневена тълпа и се насочи към двореца. Потин и Теодот отвориха вратата и тълпата, водена от Ахил, нахлу вътре. Ала Клеопатра я нямаше. Арсиное веднага бе обявена за нова царица и невръстният цар обеща да осигури храна. Хората се разотидоха. Потин, Теодот и Ахил бяха доволни.
Обаче се изправиха пред сериозни затруднения. Нямаше откъде да вземат повече храна. Все пак, щом бяха взели властта, трябваше да я задържат. Потин изпрати флотата да граби хамбарите на Юдея и Финикия. Знаеше, че вниманието на всички е заето с войната между Помпей и Цезар и ако не незабелязани, египетските набези поне щяха да останат ненаказани.
Много скоро си дадоха сметка и за още една трудност. Клеопатра беше изчезнала, а докато бе на свобода, тя щеше неуморно да работи за унищожаването на заговорниците, обединени около малкия цар Птолемей. Къде ли се беше дянала? Всички детронирани Птолемеи бягаха по море! Ала където и да търсеха по крайбрежието, шпионите на заговорниците не можеха да открият доказателства за отплаването й.
Тя не беше избягала по море. Придружена от Хармиан, Ира и един огромен, чернокож евнух на име Аполодор, Клеопатра бе напуснала царския дворец, преоблечена като заможна жителка на Александрия и възседнала магаре. Минаха през Канопската врата броени часове преди тълпата да нахлуе в двореца, и се качиха на малка ладия в град Схедия, разположен при вливането на канала от езерото Мареотис в Канопския ръкав на Делтата. Разстоянието оттук до Мемфис, намиращ се на бреговете на Нил непосредствено преди разклоняването му в Делтата, бе не повече от осемстотин гръцки стадия — или около шейсет километра.
Мемфис отново се беше превърнал в най-влиятелния религиозен център в страната. Като средище на култа към бога-създател Птах по време на ранното и средното царство тук се помещавали съкровищниците на повечето свещени жреци. При царуването на фараона Сенусрет той отстъпил място на преклонението пред Амон. Религиозната власт се преместила от Мемфис в Тива. А заедно с това и съкровищата. С променливия успех на държавните дела след отмирането на последната истинска фараонска династия обаче култът към Амон също западнал. След това дошли Птолемеите и столицата се преместила в Александрия. Мемфис започнал да се въздига отново, може би защото се намираше много по-близо до Александрия от Тива. Първият Птолемей, един блестящ държавник, съумял да свърже Александрия с останалата част на Египет, като накарал главния жрец на Птах, някой си Манетон, да създаде смесена религия, наполовина гръцка, наполовина египетска, под покровителството на хибридни божества между Зевс, Озирис и Апис и между Артемида и Изида.
Окончателният упадък на Тива дошъл, след като градът се вдигнал срещу управлението на Птолемеите при царуването на деветия представител на династията, наречен Сотер II в официалните документи и Латир (означаващо нахут) от поданиците си. „Нахутът“ качил еврейската си войска на плоскодънни бойни кораби и я изпратил нагоре по Нил, за да даде урок на Тива. Той плячкосал града и го изравнил със земята; култът към Амон претърпял жестоко поражение.
Трихилядолетната жреческа йерархия на Египет обаче имала доста богат опит с грабежите. Всеки фараон, погребан с царски почести сред несметни богатства, ставал неминуемо мишена на мародерите, които не се спирали пред нищо, за да ограбят мъртвите. По време на могъществото на египетската държава грабителите били озаптявани, но след превръщането му в жертва на чужди нашествия почти всички фараонски гробници били ограбени. Само най-скритите останали непокътнати, а също и жреческите съкровищници.
Когато Птолемей „Нахута“ разорявал Тива, търсейки жреческите богатства, тези съкровища вече били преместени в Мемфис. Той отчаяно се нуждаел от пари. Майка му, третата Клеопатра, била фараон, но се погрижила той да не получи тази титла. Тя го ненавиждала, предпочитала по-малкия му брат Александър и в крайна сметка успяла да го качи на трона — катастрофален акт за Египет. След като Александър убил майка си, двамата братя започнали да воюват за трона. След смъртта и на двамата, Сула, диктаторът, изпратил сина на Александър като управник на Египет. Това бе последният законен наследник на тази династия, ала неспособен да даде потомство. Според завещанието му Египет трябваше да стане част от римската държава и оттогава цялата страна живееше в постоянен страх.