Панихиду совершил причт Пантелеймоновской церкви, пел мужской хор Русской оперы под управлением Федора Беккера. Желающих присутствовать оказалось столь много, что далеко не все могли поместиться в сравнительно большой квартире, среди них — заметные общественные и культурные деятели, а также чиновники, военные, актеры, студенты и гимназисты; из представителей музыкального мира присутствовали Иван Всеволожский, Эдуард Направник, Герман Ларош, Анатолий Лядов, Александр Глазунов, Николай Римский-Корсаков, Александр Архангельский, Федор Стравинский и многие другие. Из официальных лиц газеты отметили директора Училища правоведения Александра Пантелеева и бывших правоведов — помощника Петербургского градоначальника Ивана Турчанинова, статского советника Августа Герке. Из родственников — вдову гофмейстера Его величества Веру Бутакову и многих других дам. Из Москвы прибыл издатель композитора Петр Юргенсон. Сергей Лифарь вспоминал, что Сергей Дягилев одним из первых появился у смертного ложа Чайковского и первым принес венок.
Римский-Корсаков, за десять лет многое подзабывший, особенно факт, что покойный по шею был закрыт прозрачным саваном, а лицо его протиралось каждую минуту карболовым раствором, напишет в отрывке, вставленном им в 1904 году в его «Летопись моей музыкальной жизни»: «Неожиданная кончина поразила всех, и затем последовали панихиды и похороны. Как странно, что хотя смерть последовала от холеры, но доступ на панихиды был свободный. Помню, как Вержбилович (известный виолончелист, преподаватель Петербургской консерватории. — А. П.), совершенно охмелевший после какой-то попойки, целовал покойника в голову и лицо».
Недоумение, выразившееся в этих строках, по поводу свободного доступа на панихиды и целования покойника, свидетельствует лишь о медицинском невежестве и личных предрассудках Римского-Корсакова. Если бы их автор углубился в медицинскую литературу того периода, он бы узнал, что холерный больной может быть заразен только в первую, альгидную стадию болезни. Что же касается санитарной обработки помещения, где находился больной, то все надлежащие меры предосторожности были приняты. «Новое время» указывало, что во время панихид проводили дезинфекцию воздуха квартиры путем разбрызгивания необходимых веществ с помощью пульверизатора. «Сын Отечества» подчеркивал: «Вся квартира тщательно дезинфицирована». Меры эти были скорее формальностью, так как к этому времени, по представлениям врачей, «полное обеззараживание комнаты, где был холерный больной, может быть вполне достигнуто одновременным высушиванием, проветриванием и отапливанием такой комнаты». То, что при умиравшем в течение трех дней постоянно находились врачи, а также несколько родственников и слуги, и никто из них не был инфицирован — доказательство того, что болезнь эта при соблюдении определенных гигиенических правил перестала считаться слишком опасной для здоровья окружающих.
После первой панихиды проститься с усопшим прибыли сотни поклонников его таланта. Как писала газета «Свет» 26 октября, их не могло не охватить сильнейшее чувство горечи при попадании в квартиру, где «в угловой комнате, с пятью окнами, белые шторы которых опущены, стоит невысокий катафалк, сбитый на скорую руку и отделанный белым атласом с бахромой; на нем, обращенное головой к углу, где перед распятием теплится восковая свечка, — тело покойного Петра Ильича, одетое в черную пару. Вокруг в высокий шандалах, отделанных траурным крепом, стоят зажженные свечи. В стороне, у аналоя, читает псалтырь певчий из капеллы Исаакиевского собора. Стены невысокой комнаты увешаны гравюрами и несколькими холстами библейского сюжета. Тут же помещается портрет покойного композитора, самый последний портрет, сохранивший потомству его черты, на котором Петр Ильич изображен в позе глубоко задумавшегося человека. Не верится, глядя на этот портрет, что он снят так недавно с того самого скорбного, со следами страшного страдания лица, — которое принадлежит покойному. <…> В комнате душно от прибывающей толпами публики».