Чапаев начал работу по нейтрализации офицеров и командиров полка и постепенному переводу контроля над полком в свои руки. Фельдфебелю с большим боевым опытом удалось завоевать доверие солдат, которые отправили его делегатом на съезд депутатов Казанского военного округа, проходивший вскоре после свержения Временного правительства, в дни московских боев. Чапаев жестко парировал попытки меньшевиков и эсеров не признавать советскую власть, установленную в Казани 8 ноября (26 октября), и их призывы продолжать войну. Он обвинил своих противников в стремлении вернуть старые порядки и объявил: «Я три года воевал в Белгорайском (пехотном полку. — П. А.), а здесь являюсь делегатом от 138-го запасного и знаю, чего хотят солдаты и о чем они мне наказывали… Кто вас уполномочил говорить от имени солдат о продолжении этой войны? Быть того не может!»
Наш герой потребовал провести выборы Совета народных комиссаров военного округа и одновременно — командиров частей. Если бы Чапаев просидел большую часть войны в тылу, антибольшевистским ораторам, вероятно, удалось бы убедить присутствующих в неправоте делегата одного из многих запасных полков. Но выступление фронтовика они опровергнуть не могли, предложения Чапаева были приняты большинством съезда. В Николаевск Чапаев вернулся уже с мандатом на отстранение Отмарштейна.
Это решение подтвердил и Николаевский совет депутатов. Отмарштейн протестовал и потребовал от занявшего его кабинет Чапаева освободить помещение. Однако, встретив сопротивление бывшего фельдфебеля, который твердо заявил, что теперь он назначен командиром полка, не пытался вернуть себе прежнее положение. В ответ на протесты части офицеров и чиновников штаба против незаконного захвата власти новый командир попросил всех несогласных покинуть полк, а оставшихся — продолжить выполнение служебных обязанностей. Тем не менее, опираясь на эсеро-меньшевистский комитет, Отмарштейн не признавал нового назначения, называя его незаконным.
Впоследствии Отмарштейн примкнул к Белому движению на востоке России, в июне 1919 года командовал 60-м Боткинским имени Иностранных держав пехотным полком 15-й Боткинской пехотной дивизии. При определенном стечении обстоятельств два бывших командира 138-го запасного полка могли встретиться на линии фронта. Карьера бывшего фельдфебеля складывалась существенно удачнее, чем у подполковника.
Приняв командование полком, Чапаев сразу взял под контроль переформирование полка, до того в ходе демобилизации старой армии носившее полустихийный характер, а также сохранность вооружения, боеприпасов и амуниции. Первыми увольнялись солдаты, прибывшие в полк из госпиталей, где они находились на излечении от фронтовых ранений и болезней, затем ратники старше сорока трех лет. Демобилизацию оформляла медкомиссия под руководством военного врача Троицкого. Новый командир полка сумел создать в части ядро из солдат и унтер-офицеров, готовых с оружием в руках защищать новую власть. Чтобы усилить свой отряд, Чапаев прибегал к разным средствам: не сдал пулеметы в окружной склад, в декабре 1917 года вывез два орудия из артиллерийской части в Саратове совсем не революционным способом — обменяв у солдат разложившейся караульной команды на самогон.
Николаевский совет депутатов получил внушительную по тем временам вооруженную силу с пулеметами и артиллерией. Этому отряду очень скоро нашлось применение. В середине декабря 550 человек отправились в район Царицына, где ожидалось выступление казаков против советской власти.
В те же дни 1917 года в Николаевске прошел уездный крестьянский съезд, на котором местные эсеры намеревались выразить недоверие ревкому и большевикам, но последним удалось перехватить инициативу. Вслед за этим большевики провели совместное заседание съезда и Совета рабочих и солдатских депутатов. На нем Чапаева избрали народным комиссаром внутренних дел Николаевской уездной трудовой социалистической коммуны. Новоиспеченный комиссар заявил, что съезд необходимо рассматривать как полноправную власть уезда, а выступления против нее будут считаться контрреволюционными и вражескими. Будучи комиссаром внутренних дел, наш герой выполнял решения о наложенных на имущие классы реквизициях и контрибуциях. Иван Кутяков впоследствии утверждал: «В денежном отношении Василий Иванович был до болезненности щепетилен. В 1918 году, когда конфискации, контрибуции, реквизиции производились подчас “на глазок”, Василий Иванович всегда строго следил за тем, чтобы малейшая ценность поступала в советскую государственную казну. Он требовал, чтобы все ценности, не имеющие непосредственно военного значения, немедленно сдавались в Пугачевское казначейство и обязательно под расписку». Впрочем, щепетильность не распространялась на методы взимания контрибуций. Чапаеву поручили изъять у буржуазии (к ней причисляли и людей свободных профессий) 900 тысяч рублей. Состоятельных граждан арестовали, чтобы ускорить выплату, но они упорствовали. Тогда сотрудники комиссариата вывели несколько человек и имитировали расстрел, выстрелив вверх. После этого план контрибуции был перевыполнен почти в полтора раза — собрали 1,3 миллиона рублей. И это был не единственный способ изъятия денег и ценностей. Однажды комиссар внутренних дел организовал телесные наказания состоятельных горожан и сельских жителей. Это была личная инициатива Чапаева, не санкционированная ни ревкомом, ни Советом, ни новым народным судом. «Говорим: “Что ты дурака валяешь?” Он говорит: “Знаешь, когда застрелишь, он ничего не помнит, а попорешь — помнит и рассказывает”», — вспоминал председатель уездного Совета Вениамин Ермощенко.