Вскоре Чапаеву пришлось лично выступить против внутреннего врага. 20 января 1918 года было созвано Николаевское уездное земское собрание. Его делегаты из числа местных интеллигентов, буржуазии и наиболее удачливых крестьян отказались признать власть большевиков и потребовали роспуска Совета. Но большевики и левые эсеры подготовились к возможному выступлению противников и его подавлению вооруженной силой. Большие тракты, железнодорожный вокзал и мосты были прикрыты вооруженными отрядами. Два комиссара, Бочкарев и Бауэр, и «группа товарищей» с оружием вошли в зал заседаний. Бочкарев объявил заседание закрытым, а Бауэр грубо прервал пытавшегося протестовать городского голову и предложил крестьянским участникам съезда гласных собраться завтра. Недовольные крестьяне разошлись, тех, кто пытался оказать сопротивление, арестовал Чапаев. Уездный совнарком назначил комиссаров в штаб милиции, на телеграф и железнодорожный вокзал. Вскоре созванное под дулами винтовок и револьверов собрание крестьянских гласных объявило себя четвертым уездным крестьянским съездом, который одобрил роспуск земской управы.
21 января оставшиеся на свободе делегаты земского собрания ударили в набат. По сигналу на соборной площади собралась большая толпа. Ораторы призывали свергнуть узурпаторов-большевиков и восстановить законность. Возмущенные произволом новой власти горожане осмелели и готовились штурмовать Совет. «В этот момент на площади появился Чапаев с автомобилем, вооруженным пулеметами. Без всякого предупреждения он немедленно открыл огонь из пулеметов по куполу каменного собора. Этого было достаточно, чтобы защитники Керенского и Учредительного собрания разбежались…» — писал впоследствии Иван Кутяков.
Это был первый опыт подавления антибольшевистских сил. Пока Чапаев только арестовал противников советской власти и стрелял поверх голов. Но вскоре ситуация изменилась. 24 января 1918 года уездный Совет назначил его комиссаром по военным делам.
Первое антибольшевистское выступление в Николаевском уезде вспыхнуло в январе 1918 года на границе земель Уральского казачьего войска, в 120 километрах от Николаевска, в крупном селе Большая Глушица. Повстанцы под командованием офицеров и местной интеллигенции, сочувствовавшей эсерам, арестовали членов местного Совета, убили многих активистов. Вслед за этим отказались подчиняться советской власти. По поручению Ермощенко военком уезда Василий Чапаев направился туда с отрядом в 400 бойцов. Через двое суток на рассвете отряд атаковал Большую Глушицу с четырех сторон и после небольшой перестрелки занял село.
Чапаев не только восстановил советскую власть, но и основал во всех селах и деревнях по пути следования красногвардейские отряды и выдавал им оружие, отобранное у фронтовиков, выступивших против большевиков. Через десять дней после событий в Большой Глушице против большевиков выступили жители сел Березово и Сулак. Чапаев и его предшественник на посту военкома Бочкарев направились во главе отрядов туда.
В начале февраля против большевиков восстали жители Балакова, где жили родители Чапаева и его младший брат Григорий, бывший военкомом города. Днем 9 февраля на базарной площади собрались противники новой власти. Григорий Чапаев явился на площадь с группой красногвардейцев, и во время выступления перед манифестантами книготорговцы братья Николай и Иван Мушонковы стащили его с трибуны, один из них выстрелил в него в упор. Отец пытался спасти раненого сына, но ожесточившиеся противники большевиков закололи комиссара штыками. Как утверждает Евгения Чапаева, восставшие подняли умиравшего комиссара на штыки со словами: «Собаке — собачья смерть!»