10 февраля известие о восстании пришло в Николаевск. Для подавления беспорядков Совет народных комиссаров Николаевского уезда направил в Балаково отряд Красной гвардии во главе с Чапаевым. Однако сразу выполнить эту задачу ему не удалось: в ночь на 10 февраля в Березове повстанцы разгромили красногвардейский отряд Ильи Топоркова, направленный в село также для подавления восстания. Сам Топорков был взят в плен. Уточнив обстановку, Чапаев стремительно двинулся на Березово, и в ночь на 11 февраля отряд вышел к селу. На рассвете красногвардейцы внезапно атаковали Березово. Израненный и избитый командир Топорков был освобожден и погиб уже летом 1918 года под Уральском.
На следующий день Чапаев направился в Балаково. По дороге он объединил свои силы с отрядом Рязанцева, также отправленного в этот город для восстановления советской власти. 13 февраля объединенный отряд начал наступление с двух сторон — с восточной и южной окраин. С первыми орудийными выстрелами в городе началось вооруженное восстание местных рабочих. Но повстанцы не выдержали атаки, которая велась по всем правилам военного искусства, и отступили из города. Победа далась Чапаеву тяжелой ценой: после подавления мятежа ему пришлось хоронить младшего брата Григория.
Гибель брата ожесточила Василия Чапаева, он стал еще более непримирим по отношению к противнику по другую линию фронта, будь то чехи, самарские народоармейцы, уральские казаки или солдаты и офицеры адмирала Колчака. Борьба с любыми антибольшевистскими силами вне зависимости от их национальной и сословной принадлежности получила для нашего героя оттенок личной мести. И это ожесточение не могло не быть взаимным. Весь 1918 год чапаевцы и казаки не брали пленных. Оказавшегося в руках врага ждала смерть.
Но до жаркого и кровавого лета 1918-го было еще несколько месяцев, для тех мятежных времен — целая вечность. В конце февраля 1918 года антисоветское восстание вспыхнуло в селе Липовка и вскоре охватило всю Липовскую волость. Восставшие, которых назвали кулаками и контрреволюционерами, убили нескольких председателей советов и ревкомов, сами советы были распущены или переизбраны. 1 марта Совнарком Николаевского уезда издал приказ, объявивший район Липовки на военном положении. Вся власть в мятежной волости передавалась в руки военного комиссара Чапаева. Он получил полномочия арестовывать всех, кто отказывается подчиняться его требованиям, и передавать их уездным властям, а участников восстания — расстреливать на месте. Для подавления мятежа была мобилизована Красная гвардия Липовской волости. Литовское восстание было достаточно крупным, для его подавления и восстановления советской власти потребовалось десять дней и мобилизация всех вооруженных сил уезда.
Подавление крестьянских и городских волнений было прелюдией к длительной и жестокой гражданской войне в Поволжье и Приуралье, продолжавшейся вплоть до весны 1922 года, когда Красная армия и войска внутренней службы разгромили последнюю серьезную антибольшевистскую силу — повстанческую «Армию Правды» Василия Серова.
Чапаев готовил вооруженную силу для будущих боев. Со второй половины марта он занимался формированием 1-го Николаевского полка, используя вооружение, обмундирование и другое имущество расформированного 138-го запасного полка. Сам Чапаев утверждал впоследствии, что полк формировался из добровольцев на основании январского декрета Совнаркома РСФСР. Желающие вступить в полк, по его словам, приезжали в Николаевск сами, на собственных лошадях, готовые жертвовать жизнью и имуществом ради победы советской власти. Однако уездный военком приукрашивал действительность. В отличие от Красной гвардии, своего рода усиленной милиции, действовавшей в родных местах, служба в Красной армии предполагала, что ее боец может оказаться далеко от дома. Добровольцев, желавших воевать вне пределов своей волости или уезда, особенно среди недавно вернувшихся с фронта и из запасных полков солдат, было немного: все хотели забыть о войне и заняться личным хозяйством или перераспределением имущества. Уже 9 апреля 1918 года уездный Совнарком «ввиду нападения казаков» отдал распоряжение о мобилизации 470 человек в селе Сулак и городах Балаково и Баронск. Мобилизованные красноармейцы получали паек и жалованье. Обеспечивать семьи мобилизованных и помогать им в сельскохозяйственных работах должны были местные власти.