Более масштабная мобилизация понадобилась очень скоро из-за нараставшего конфликта между советской властью и Уральским казачьим войском. Уральское войско выделялось из других казачьих объединений своей демократичностью. Его атаманам и старшинам не удалось добиться привилегий, которыми пользовалась верхушка в других казачьих войсках. Основным источником существования казаков было не возделывание земли, а рыбная ловля. Кроме того, Уральское войско было самым бунтарским. За 200 лет, в 1670–1874 годах, на его территории произошло десять крупных восстаний, не считая мелких волнений. Местные казаки были активными участниками и ударной силой восстаний Степана Разина и Емельяна Пугачева. После подавления Пугачевского восстания войско за «бунташность» переименовали из Яицкого в Уральское. Кроме того, уральским казакам запретили нанимать иногородних и иметь собственную артиллерию.
Сопротивлявшиеся царскому самодержавию казаки не приняли и новую власть с ее стремлением к всеобщему имущественному и сословному равенству. До конца февраля на территории области сохранялось двоевластие: не признавшие большевистского переворота Войсковой съезд и Уральский совет действовали независимо друг от друга. В конце октября 1917 года съезд провозгласил автономию — вплоть до решения политических вопросов Учредительным собранием. 14 февраля 1918 года в Уральск прибыла делегация из Саратова во главе с Михаилом Усановым, которая потребовала объявить в области советскую власть. Войсковой съезд не мог выполнить эти условия из-за неизбежного бунта, но, не имея достаточных сил для противодействия Красной гвардии соседних губерний и областей, уральцы вели переговоры с большевиками, стремясь оттянуть военный конфликт. В начале марта 1918 года Войсковой съезд получил от председателя военно-революционного комитета в Оренбурге комиссара Самуила Цвиллинга ультиматум: в два дня признать советскую власть, разоружить и распустить казачьи полки. В случае невыполнения условий Цвиллинг грозил начать боевые действия: «Будут двинуты силы из Оренбурга и Саратова, и тогда ни один юнкер и офицер не останется в живых. Казакам предлагаем немедленно сдаться».
Уральцы ответили телеграммой, в которой назвали случившееся недоразумением и сообщили об отправке делегаций для переговоров в Оренбург и Москву. Однако Цвиллинг не хотел ждать. 10 марта 1918 года во время переговоров по прямому проводу с делегатами Войскового съезда он заявил, что срок ультиматума вышел и им отправлен в область вооруженный отряд примерно в 200 человек при восьми пулеметах. В тот же день красногвардейский отряд занял Илек, город на севере Уральского войска, третий по численности населения населенный пункт области и важный транспортный узел. Командир отряда Ходаков предъявил местным жителям требование о признании советской власти, сдаче двух миллионов пудов хлеба по «твердым» ценам и имевшегося в городе оружия. Жители города заявили, что у них нет столько хлеба. В ответ Ходаков угрожал конфискацией зерна и репрессиями.
Илекчане начали готовиться к сопротивлению, отправили делегатов в соседние станицы и Уральск. У них было достаточно холодного оружия, но всего 15 винтовок, явно мало, чтобы противостоять хорошо вооруженному красногвардейскому отряду, который поддержала часть населения. Занятие города сопровождалось грабежом и массовыми арестами. На следующий день делегация жителей Илека потребовала освободить арестованных и покинуть пределы Уральской области. Ходаков отказался, но, что любопытно, не арестовал казаков. Утром 13 марта в Илеке вспыхнуло восстание, которое поддержали жители окрестных станиц. Дружины казаков-фронтовиков, несмотря на слабое вооружение, сумели захватить и разгромить опорные пункты красногвардейцев. Пленных красногвардейцев ждала жестокая расправа. Как вспоминал впоследствии казачий офицер Борис Киров, «казаки опускали пленного в прорубь, потом вытаскивали его и опять опускали и повторяли это до тех пор, пока он не превращался в ледяной столб, а потом пускали под лед». Пощадили только врача, фельдшера и сестер милосердия. Следовавшая вслед за отрядом Ходакова вторая группа красногвардейцев, получив сведения о разгроме, не пошла на Илек и вернулась в Оренбург.
С этого момента началась вооруженная борьба уральцев с советской властью. Созданное 29 марта 1918 года Уральское войсковое правительство во главе с меньшевиком Григорием Фомичевым распустило в области советы, от пятидесяти до шестидесяти членов областного совета и многие члены местных советов были арестованы. Избежать ареста удалось лишь восемнадцати советским работникам, которые спешно покинули область и сумели пробраться в Саратов. Одновременно началась мобилизация казаков в возрасте 19–35 лет в Уральскую казачью армию под командованием 37-летнего генерал-майора Михаила Мартынова. Мобилизация позволила сформировать пять дивизий и отдельные части и отряды.