Саратовский совет после подтверждения сведений о свержении советской власти в Уральске потребовал в середине апреля от войскового правительства признать Совнарком верховной властью Российской Советской Федеративной Социалистической Республики; немедленно восстановить разогнанный и частью арестованный Уральский совет; изгнать из Уральской области контрреволюционное офицерство, буржуазию и помещиков, освободить арестованных.
Однако уральское правительство, для которого выполнение ультиматума означало самороспуск, отвергло его. Впрочем, стороны согласились на обмен пленными и заложниками. В ответ Саратовский совет прекратил железнодорожное и телеграфное сообщение с Уральской областью и создал Армию Саратовского совета под командованием Загуменного для ведения военных действий против уральского казачества. Это объединение, как и многие другие подобные формирования, было армией лишь по названию. Громкое наименование, по мысли создателей, должно было устрашить противника и скрывало партизанский характер частей и подразделений, которые стихийно организовывались по приказам местного «правительства», которое считало необходимым иметь в своем распоряжении какую-либо вооруженную силу.
Чапаев вынужден был одновременно заниматься формированием подразделений Красной армии, их обучением и ведением боевых действий. Сплошной линии фронта весной и летом 1918 года на Уральском фронте не было, поэтому война была серией взаимных ударов отдельных отрядов и подразделений, иногда налетов нескольких человек, когда успех боя зависел от уровня боевой подготовки нападавших и оборонявшихся и внезапности удара. После ранений Чапаев не мог ездить верхом, предпочитая передвигаться на мотоцикле или автомобиле. В начале мая Чапаев атаковал казаков, занявших деревню на востоке Николаевского уезда. «Мы втроем — Чепаев, Демидкин и Михайлов — садимся в легковой автомобиль, ставим колеса “максимки”, берем пулеметчика, один около шофера, двое по бокам пулемета, и катим вперед. Цепь осталась позади, обогнали уже разведку и вихрем мчимся к станице. Нас начинают обстреливать из ружей и пулемета. Мы поворачиваем машину, даем задний ход и начинаем обстреливать из пулемета и маузеров станицу. Так с боем заезжаем в село, вытесняя оттуда противника», — вспоминал впоследствии Арсений Михайлов.
Методы формирования и воспитательной работы у военного комиссара уезда были довольно специфическими. Как любой фронтовой солдат, недолюбливавший тыловиков и ненавидевший дезертиров, он был готов бороться с последними проверенными способами, в том числе телесными наказаниями. Однажды, по свидетельству Михайлова, Василий Чепаев (как звали его тогда) потребовал обсудить вопрос об их введении на общегородском партсобрании. Речь нашего героя была образной и простой: «…Объявляю мобилизацию. И вот многие являются, поступают в отделения и взводы. А некоторые не хотят идти, прячутся в коноплях, по овинам. Что вы с ними будете делать? Наступают казаки. Там чехи прут вовсю. Гибнет Советская власть, а он не хочет, в коноплях сидит. А как возьмешь его, разложишь при народе, да как вспылишь штук 15 или 25 одному, так 10 сами добровольно в отряд прибегут». Предложения Чапаева наказывать уклонистов от службы старорежимными методами, против применения которых активно выступали в конце XIX — начале XX века многие профессиональные военные, вызвали одобрение части слушателей. Словам о телесных наказаниях бурно аплодировали. И хотя Михайлов утверждал, что Чапаев осознал неправильность своих представлений о воспитании новобранцев, унтер-офицерская привычка проявлялась еще не раз. Приходилось военкому выступать и перед дезертирами. Можно только предполагать, какие яркие и образные выражения использовал командир формировавшихся красных отрядов, но без просторечной лексики и брани дело явно не обходилось. Его соратники вспоминали события весны и лета 1918 года. «Соберет их, выстроит в одну шеренгу и начнет с ними разговор. — Что же, лети вашу мать в трубу, свобода вам нужна, земля чтобы ваша, а воевать, защищать революцию я один за вас буду? — грозно спрашивал командир».