Наступило временное затишье, и Чапаев занялся обустройством войск, решал вопросы взаимодействия с местными властями и местными жителями. Поддерживать дисциплину иногда приходилось жесткими методами. В одном из сел красноармеец буквально разгромил церковь, вытащил деньги из церковных кружек, глумился над иконами. Затем хулиган надел рясу священника, бегал по селу, крича «Царя нет и Бога нет!». Это вызвало возмущение жителей. Начдив быстро оценил обстановку, понял, что богохульство может вызвать конфликт между крестьянами и бойцами. Он приказал арестовать хулигана, которого немедленно расстреляли перед строем на глазах жителей села. Эта мера остудила некоторые горячие головы среди красноармейской молодежи. Чапаев показал, что прочный и спокойный тыл для него важен и он не допустит какого-либо ущемления имущественных прав крестьян и надругательства над верой.
Командование Восточного фронта намеревалось развить успех и разработало план окончательного разгрома Народной армии и занятия района Самары и Сызрани. Удачный исход этих операций означал возвращение контроля над богатыми зерном и скотом районами Поволжья, серьезное облегчение продовольственного кризиса и выход к Уральскому промышленному району.
Наступление дивизии Николаевских полков было назначено на 16 сентября. Накануне наступления Василий Иванович приказал частям дивизии занять исходное положение для наступления на самарском направлении. Для наступления на село Левенка Чапаев выделил пять полков. Три полка (Балашовский, 1-й Саратовский и Пензенский пехотные) должны были занять села Карловка, Любитское и Жестянка, после чего развить активные действия по направлению сел Кузебаево, Нижняя Покровка и Петриково. В помощь им со станции Алтата должен был подойти Новоузенский полк. В первые дни наступление развивалось медленно, дивизия Николаевских полков продвинулась только на несколько верст, что вызвало недовольство Вацетиса: «Немедленно примите все меры для дальнейшего безостановочного движения вверх по Волге. Все войска, действующие в этом районе на правом берегу, и флотилия подчиняются командарму 1-й для операции против Сызрани. 4-я армия должна немедленно двинуться на Самару и занять ее, имея в виду, что с севера по левому берегу против Самары действует симбирская группа 1-й армии… Необходимы крайне решительные и энергичные действия, дабы нанести противнику окончательный удар под Самарой».
В этот момент в войска 4-й армии прибыл председатель Реввоенсовета 4-й армии Лев Троцкий. Появление Троцкого всегда сопровождалось большой помпой и многолюдными митингами, на которых перед собравшимися выступал руководитель Красной армии, один из лучших ораторов того времени. Его стремительные перемещения по фронтам — особая глава Гражданской войны. После драматичной истории в начале августа под Свияжском, когда Троцкий лишь по счастливой случайности избег плена, был сформирован специальный поезд, состоявший из двенадцати вагонов. Кроме салона для председателя РВСР и совещаний с участием его ближайших сотрудников, в состав эшелона входили вагоны для охраны, броневагоны с орудиями, платформы для броневика и нескольких легковых машин представительского класса, вагон-склад, цистерна с горючим и… вагон-ледник, где хранились свежие овощи, фрукты, мясо и деликатесы для Троцкого и его окружения. Кроме того, к поезду были прикомандированы два аэроплана для разведки. Общая численность персонала поезда составляла более двухсот человек, в том числе отлично обмундированной роты охраны.
Сначала Троцкий появился в Саратове, затем посетил отбитые у белых Вольск и Хвалынск. Как указано в записках Савина, одного из адъютантов Троцкого, командующий армией доложил председателю РВСР о плохом снабжении армии, несвоевременном отпуске винтовок, патронов, бензина и бронеавтомобилей. Троцкий немедленно отдал телеграфное распоряжение о снабжении армии всем необходимым, выделил из «своих запасов» цистерну бензина и две бронемашины. 20 сентября поезд наркомвоенмора отправился в Пугачев.