Есть распространенное мнение, что председатель Реввоенсовета намеревался отстранить Чапаева от должности начдива за партизанщину и самоуправство и даже арестовать и расстрелять его. Троцкого изначально направляли под Саратов, чтобы проинспектировать и «подтянуть» расположенные там части и соединения Красной армии и проверить благонадежность командного состава.
Председатель Реввоенсовета был встречен вернувшимся на свою должность начдивом Захаровым, а также командирами бригад и полков. Захаров доложил Троцкому о плохом снабжении и недостатке людей после напряженных боев. Командующий армией Тихон Хвесин, которого обвиняют в бедах дивизии, немедленно распорядился пополнить ее.
После детального обсуждения наступления на Самару решили разделить Николаевскую дивизию на две части: ударную группу, которая должна была стремительно двигаться вперед, не дробя своих сил, для защиты флангов и тыла от возможных ударов уральских казаков. Вторую группу, составленную из полков первой дивизии и резервов, предложили возглавить Чапаеву.
Адъютант Троцкого писал: «Чапаев долго упорствовал и не соглашался на принятие командования второй дивизией, ссылаясь на то, что почти все части первой дивизии созданы им, что они ему дороги и он с ними настолько сжился, что уход его может вызвать ропот в рядах красноармейцев и тем самым повлиять на успех наступления. Надо сказать, что тов. Чапаев, этот степной орел, действует с начала открытия фронта исключительно партизанским способом… Население, по рассказам очевидцев, где появлялся Чапаев, было терроризировано. Его жестокость известна многим, кому приходилось с ним сталкиваться, существовали эти отряды путем того, что отбиралось от населения, — продовольствие, фураж, обоз, лошади и проч. Расчеты за взятое не производились, что создавало ропот населения на Красную Армию. В стане неприятеля имя Чапаева со страхом произносится не только женщинами и детьми, а и казаками, которым приходилось не раз быть битыми чапаевцами. Эта личность, можно сказать, вполне легендарная».
Вероятно, многое из описания чапаевских «художеств» по отношению к мирному населению преувеличено: если бы наш герой вел себя подобным образом в уезде, где действовали и комплектовались его полки, он бы не смог ни получать продукты, ни нормально передвигаться, ни пополнять свои части: крестьяне просто прятались бы от «бойцов-разбойников» в оврагах и перелесках, которыми изобиловал Николаевский уезд, или по меньшей мере укрывали там зерно, скот и лошадей.
Тем не менее в записках нет даже упоминания о снятии Чапаева с должности и тем более аресте. Троцкий знал о боевых заслугах Чапаева и ставил их выше его недостатков — склонности к самостоятельным действиям, недоверию к высшему руководству и тыловым управленцам. Кроме того, он понимал, что несправедливое отстранение Чапаева от должности может вызвать волнения и даже вооруженное восстание в одном из самых боеспособных соединений Красной армии, что скажется на устойчивости фронта и развитии боевых операций на ключевом направлении. Мятеж под Саратовом угрожал негативным развитием событий не только на Восточном фронте, но и на примыкавшем к Саратовской губернии фланге Южного фронта, который вел боевые действия под Царицыном против донских казаков атамана Петра Краснова.
Назначение Чапаева начальником новой, меньшей по числу полков дивизии выглядит не унижением, а, напротив, признанием его заслуг. Реввоенсовет в лице Троцкого надеялся, что «степной орел» сможет создать вторую дивизию, такую же дисциплинированную и стойкую, как и первая. А число полков — дело второстепенное: по мере становления Красной армии дивизии постепенно переводились на единый штат с одинаковым числом частей и специальных подразделений.
После переговоров с Троцким Чапаев согласился принять новую дивизию. Бывший комбриг и председатель Реввоенсовета направились в деревню Раевка, где находились 1-й и 2-й Николаевские полки. Троцкий обошел строй, обменялся приветствиями с бойцами и произнес короткую речь: «Товарищи красноармейцы! Славные дела полков Николаевской дивизии хорошо известны Советской Республике, которая высоко их ценит. Имя командира бригады товарища Чапаева популярно и гремит со славой по всей Республике России. Чтобы отметить отличившиеся полки Николаевской дивизии, Всероссийский Центральный Исполнительный Комитет награждает полк Революционным знаменем… От имени Совета Народных Комиссаров и Исполнительного Комитета приказываю выдать каждому красноармейцу в виде подарка месячный оклад содержания, то есть 250 рублей, не считая обыденного получаемого ими жалованья. Призываю вас поклясться, в знак чего поднять левую руку кверху, что все как один человек будут сражаться до последней капли крови с заклятым врагом рабочих и крестьян — с буржуазией, эксплуататорами, наемниками капиталистов и не сложат оружия до окончательной победы пролетариата».