Вскоре после прекращения активных действий на фронте против казаков Чапаев пишет рапорт о зачислении в Академию Генерального штаба Красной армии на имя Троцкого: «Прошу Вашего разрешения о зачислении меня в военную Академию Генерального штаба для прохождения курса. Командовать дивизией может бригадный командир Потапов или командир Пензенского полка Ильин». Троцкий немедленно телеграфировал в Самару: «Предлагаю немедленно откомандировать начальника Николаевской дивизии Чапаева в военную академию для прохождения курса». Сейчас трудно высказать единственную версию отъезда Чапаева в академию, но, вероятно, совпали две причины. Чапаев искренне хотел учиться теоретическим основам военного искусства, чтобы подвести под свои победы на поле боя научную основу и обогатиться наработанными веками принципами вождения войск. Одновременно Реввоенсовет армии был не прочь на время избавиться от норовистого командира соединения, который регулярно нарушал предписания высшего командования, обвинял его в неправильном ведении боевых действий и даже измене. Наконец, оставшимся в армии дивизиям предстояла масштабная реорганизация, переход на единые штаты, где пехотные (стрелковые) полки не имели собственной кавалерии и артиллерии, а состав дивизий расширялся до десяти полков (девять стрелковых и кавалерийский). Эти преобразования могли вызвать недовольство привыкшего открыто выражать свои суждения начдива и новый виток обострения отношений между ним и штабом армии.
В Самаре, вероятно, опасались, что новый начдив вызовет недовольство бойцов Николаевской дивизии и даже вооруженные выступления. Опасения были небеспочвенными: через месяц, в конце декабря 1918 года, полки Николаевской дивизии взбунтовались против аграрной и продовольственной политики большевиков: попыток насадить коллективные хозяйства, массовых реквизиций продовольствия из хозяйств красноармейцев и антирелигиозных мероприятий советской власти. В ходе подавления выступления были убиты политический комиссар армии Гавриил Линдов и несколько сотрудников политотдела. «Насколько сложное было тогда положение в полках, можно судить уже по одному тому, что благороднейший из революционеров, умный и тактичный Линдов, а с ним и целая артель большевиков — пали от руки своих же “красноармейцев”», — писал Фурманов.
Но Чапаев повел себя неожиданно спокойно, он лично представил бойцам и командирам нового начальника дивизии, бывшего офицера военного времени Анатолия Дементьева. В разговоре по прямому проводу он передал Берзину: «Дела в дивизии благополучны. Сейчас еду в Самару. Сегодняшний день с политкомом и товарищем Дементьевым был на фронте, объезжал все полки, где распростился с полками очень хорошо. Расставались со мной солдаты, плакали и кричали ура от радости, что их вождя не забыла центральная власть. При отъезде солдаты кидали вверх меня и вновь избранного начдива товарища Дементьева, который в свою очередь остался очень доволен. Резолюцию везу с собой. Солдаты очень рады, что начинают из темноты выводить на свет темных людей… Затем до свиданья, скоро буду в Самаре».
Начдива сердечно поздравляли и провожали командиры полков, командир бригады Федор Потапов, которого Чапаев предлагал назначить на свое место, многие командиры батальонов и батарей. Прощание было радостным и грустным одновременно. Людям, которые вместе сражались с противником, побеждали, отступали и переживали смерть боевых друзей, предстояло расставание. Впрочем, Чапаев был уверен: «встретимся в Уральске». Чапаев оставил о себе глубокую память. Спустя три месяца прибывший в Александров Гай Дмитрий Фурманов писал о первых впечатлениях: «Здесь по всему округу можно слышать про Чапаева и про его славный отряд. Его просто зовут Чапай. Это слово наводит ужас на белую гвардию. Там, где заслышит она о его приближении, подымается сумятица и паника во вражьем стане. Казаки в ужасе разбегаются, ибо еще не было, кажется, ни одного случая, когда бы Чапай был побит. Личность совершенно легендарная. Действия Чапая отличаются крайней самостоятельностью; он ненавидит всевозможные планы, комбинации, стратегию и прочую военную мудрость. У него только одна стратегия — пламенный могучий удар. Он налетает совершенно внезапно, ударяет прямо в грудь и беспощадно рубит направо и налево. Крестьянское население отзывается о нем с благодарностью».
«Академиев не кончал»
На здании Общевойсковой академии Вооруженных сил России на Девичьем поле, которая объединила несколько прежних военных академий, среди многих мемориальных досок можно обнаружить и упоминание об учебе нашего героя: «Герой Гражданской войны Василий Иванович Чапаев учился в 1918–1919 гг. в Академии им. М. В. Фрунзе». Авторы надписи лишь приблизительно отразили историю: Академия Генерального штаба Красной армии в 1918–1919 годах не могла носить имя Михаила Фрунзе, оно было присвоено после смерти красного полководца — в 1925 году. Кроме того, авторы «продлили» кратковременное пребывание Чапая в стенах академии.