Для создания будущей армейской элиты большевики привлекли ведущих военных специалистов, среди которых было немало преподавателей старой академии. Стратегию преподавали Александр Свечин и Александр Незнамов (до революции он приобрел известность благодаря критике высказываний царя и военного министра Владимира Сухомлинова). Тактику артиллерии читал Георгий Теодори и бывший командир 48-го корпуса (тяжелая артиллерия особого назначения) Сергей Шейдеман; Владимир Новицкий — службу Генштаба, известный военный историк Алексей Радус-Зенкович — театры военных действий; начальник военных сообщений Красной армии Николай Сулейман — снабжение и транспорт.
В приказе о зачислении Чеверева и Чепаева (так в документе) от 5 декабря 1918 года было указано, что эти слушатели через два месяца должны сдать экзамены по программе советских пехотных командных курсов. Заметим, что Чевереву, который учился в гимназии, было существенно легче.
В августе 1918 года, после взятия Казани, бóльшая часть преподавателей и слушателей прежней Академии Генштаба перешла на сторону белых. Тогда руководство Красной армии и Советского государства решило создать новую академию «с чистого листа». Планировалось организовать учебное заведение нового типа, где военное и специальное образование по образцу старой академии дополнялось общеобразовательными, политическими и философскими дисциплинами. По замыслу Льва Троцкого и Иоакима Вацетиса, ее выпускники должны были стать военными энциклопедистами, способными не только решать сложнейшие задачи на полях сражений, планировать боевые операции и вести планомерное военное строительство, но и прогнозировать вероятные международные, политические, общественные и экономические вызовы.
Значение, которое придавало партийно-государственное руководство воспитанию новой военной элиты, было подчеркнуто участием Владимира Ленина в открытии академии. «Владимир Ильич говорил о трудностях, переживаемых республикой. О том, что республика позволила себе такую “роскошь”, собрав здесь на учебу в самый ответственный момент боевых командиров, но сделано это потому, что для будущей борьбы ей нужны опытные полководцы, которые хорошо разбирались бы в сложной обстановке гражданской войны, умели бить врага по всем правилам военного искусства», — вспоминал Тюленев. По его мнению, речь Ленина изменила отношение к учебе как к ссылке или опале, слушатели начали напряженно готовиться к занятиям.
Но в воспоминания Тюленева вкралась ошибка: в декабре 1918 года Ленин перед слушателями не выступал, это произошло позднее — 19 апреля 1919 года. В декабре 1918 года перед слушателями выступал председатель ВЦИКа Яков Свердлов. Тем не менее выступление Свердлова повлияло на настроение Чапаева: он, по словам Тюленева, «приутих».
Трудности в учебе из-за низкого уровня образования и требовательности преподавателей заставляли многих слушателей стремиться к возвращению на фронт. Скованные военной и партийной дисциплиной, они продолжали доказывать ненужность их пребывания в стенах академии и невозможность продолжать обучение. Впрочем, Чапаев не сразу решил покинуть стены академии. Вероятно, через две-три недели после начала занятий он почувствовал недостаток общего образования и потому предвидел трудности, с которыми столкнется при сдаче экзаменов по программе обычных пехотных курсов.
Часто встречающаяся версия о пристрастном отношении преподавателей-генералов к слушателям-простолюдинам не вполне обоснованна. Кирилл Мерецков вспоминал: «К нам профессура относилась сначала довольно снисходительно. В 1918/19 учебном году существовали только две оценки на зачетах: “удовлетворительно” и “неудовлетворительно”… Как правило, все получали удовлетворительные оценки». Скорее наоборот: слушателей часто раздражали подчеркнутая аполитичность профессоров и доцентов, их сознательная отстраненность от современных событий. В глазах многих краскомов Гражданской войны эти качества выглядели едва ли не контрреволюцией.
Раздражение части слушателей было вызвано тем, что им недостаточно объяснили цели отправки в академию, а также несоответствием между желаемым и действительным. Красные командиры разных рангов надеялись, что военспецы из числа бывших генералов и полковников дадут им рецепты быстрого разгрома противника в маневренной войне, в условиях плохого вооружения, недостаточности боеприпасов и снаряжения, при быстро меняющихся настроениях бойцов. Они не понимали, что военной науке, даже самой передовой, требуется немало времени для изучения, анализа и осмысления новых явлений и тенденций военного искусства.