К сожалению, ваша директива предписала совершенно другое, причем я глубоко не согласен и с основной идеей нанесения удара на север от Бугульмы, ибо уверен, что он в лучшем случае даст лишь отход противника, а не его уничтожение. Удар должен быть нанесен глубже с тем, чтобы отрезать противнику пути отхода на восток. В настоящее же время вы мне предоставили уфимское направление и лишили одновременно всех средств его обеспечения. Неправильность этого решения сейчас же и привела к тому, что вслед за директивой последовала ваша записка, ее фактически отменившая… Я глубоко не согласен с тем, что вы отдаете распоряжения, не только касающиеся армий, но даже дивизий и отдельных бригад. Новая обстановка и новые задания, поставленные вашей запиской, заставляют меня вновь ставить вопрос о формах существования группы и об ее направлениях. Мне представляются два выхода: оставление у меня всех прежних сил, впредь до завершения задачи разгрома противника на путях к Уфе и к прочному обеспечению себя от ударов оттуда, либо отнятие всего этого направления… Если бы вы не нашли возможным согласиться с этим, то я, во всяком случае, настаиваю на выделении из состава 5-й армии 2-й и 25-й дивизий и передаче их мне. Свое теперешнее положение считаю ложным и вредным для дела. Руководство операциями на Уфу должно быть обязательно объединено, в противном случае создается неизбежная двойственность и замедление самих действий. Она уже создается, ибо связь с 5-й армией приходится держать через вас».
Фрунзе не сумел убедить командующего фронтом в необходимости нанести глубокий удар 5-й армией в тыл белой Сибирской армии и одновременно с наступлением Южной группы на Белебей и Уфу завершить уничтожение неприятеля южнее Камы. Однако он сумел добиться пересмотра директивы от 10 мая. Фрунзе вернули 25-ю и 2-ю стрелковые дивизии. Число бригад, действовавших на главном, уфимском, направлении выросло с семи до двенадцати. Командующий Южной группой настоял также на отсрочке наступления 5-й армии на Мензелинск до завершения Белебейской операции.
Чапаев тоже настаивал на энергичных действиях, безостановочном преследовании и быстром разгроме противостоявших его дивизии белых частей. 13 мая он отдал приказ: «Комбригу-74 немедленно, не считаясь ни с какими трудностями, стремительным натиском отбросить противника, который слабыми частями прикрывает путь отступления своих войск. Во время движения 74-й кавалерийский дивизион, не жалея ни себя, ни лошадей, должен пробраться хребтами гор, расстреливая с тыла и фланга задерживающего противника. Около д. Тумбарла-Потаповка у противника два шестидюймовых орудия и два трехдюймовых, которые приказываю во что бы то ни стало захватить». Насчет шестидюймовых орудий Чапаев ошибался: в этом районе арьергарды белых такими мощными артсистемами не располагали, самым крупным калибром у них были 48-линейные (122-миллиметровые) гаубицы и 42-линейные (107-миллиметровые) пушки. Тем не менее приказ Чапаева ярко отражает его решимость покончить с сопротивлением неприятеля.
В середине мая 225-й полк под командованием Ивана Решетникова с боями занял Старошахово, а кавалеристы 25-го и 75-го дивизионов продвинулись на Елань-Чишму. Две другие бригады, 73-я и 74-я, не сумели выбить противника с позиций у железнодорожного моста близ Абсалямова и перешли реку Ик в районе Кзыл-Яра, где саперами был наведен деревянный помост. 15 мая в три часа дня здесь переправился Домашкинский полк Сергея Сокола и передовой отряд Пугачевского полка. Командовал авангардом пугачевцев помощник комполка Алексей Потапов. На правом берегу эти части наступали на Уязы-Тамак. Кавалерийский эскадрон домашкинцев под командой Агата Аскерова зашел в тыл противника и лихим налетом расстроил его ряды. Занимавший село 13-й Уфимский полк и поддерживавшая его батарея понесли серьезные потери: три орудия, семь пулеметов, шестьдесят пленных, три походные кухни. Начальник 4-й Уфимской дивизии генерал Косьмин стремился предотвратить переправу чапаевцев и ликвидировать созданный ими плацдарм. Вечером 15 мая к Кзыл-Яру был переброшен дивизионный резерв — 16-й полк. Артиллерия белых разрушила деревянный мост, но вскоре саперы, воспользовавшись наступившей темнотой, исправили повреждения. На рассвете два пугачевских батальона и полк имени Степана Разина перешли на правый берег, развернулись в боевой порядок и сблизились с позициями противника. Командование белых проявило пассивность, которая привела к поражению: занимая господствующие высоты, командир неприятельского полка не решался на атаку, вероятно, опасаясь неудачной контратаки и измены среди мобилизованных солдат. Но неустойчивость в обороне проявляется сильнее, чем при наступлении, которое смягчает недостатки боевой подготовки и моральную слабость. Когда чапаевские полки начали атаку, солдаты одной из белых рот убили офицера и перешли к красным. Павел Петров отмечал, что красная пропаганда была достаточно эффективной в частях, укомплектованных самыми разными пополнениями, она била по самым уязвимым местам белой армии и белой власти на востоке: плохому снабжению, распространенному мордобою со стороны офицеров и унтеров, частой невыплате жалованья. Преувеличивая опасность восстановления «царских порядков» в армии и повседневной жизни, большевики акцентировали внимание на явных просчетах белой власти, ее неспособности прекратить бесчинства отдельных воинских начальников, грабежи и издевательства над крестьянами. Эта пропаганда имела успех не только среди сибирских и уральских крестьян, не сталкивавшихся с большевистскими практиками, но и среди жителей Поволжья, которым красные пропагандисты доказывали, что отказались от тотального изъятия излишков продовольствия и насаждения чуждых деревенской общине комбедов. В ситуации, когда грабили и те и другие, обещания сохранить крестьянам захваченную ими частновладельческую землю, оставить за ними часть урожая и даже повседневная деятельность красных нередко представлялись жителям деревни более привлекательными. «Громадное значение приобретали личные способности командиров полков и умелый подбор ими помощников. Там, где в полку находилось несколько офицеров, сработавшихся в смысле контрагигации, было всё хорошо; где этого не было — можно было ожидать всяких осложнений. Трудно было внедрить в сознание массы задачи белой власти, так как сама власть не всегда одинаково о них говорила. Ясно было одно — надо бороться с большевиками, а что же дальше?» — писал Петров.