В сентябре-октябре 1996 года эксремисты в Ичкерии фактически превратились в мощную, влиятельную в политико-идеологическом, военном и финансовом отношении силу. Что касается представителей традиционного ислама, то они были оттеснены на периферию общественной и политической жизни, хотя их духовное влияние на верующих было достаточно сильным. Ахмат-Хаджи Кадыров как человек, сформировавшийся на основе ценностей традиционного ислама, а также в рамках идейно-политической системы координат советского общественного строя, в психологическом, политическом и духовном плане был противником идеологии и практики экстремизма в любой форме.
Среди представителей традиционного чеченского духовенства он первым стал подвергать открытой критике деятельность вооруженных сепаратистов. В 1996–1998 годах в своих многочисленных выступлениях по телевидению, на страницах газет и журналов, Ахмат-Хаджи предупреждал общество и государство об угрозе, исходящей от религиозных радикалистов и политических экстремистов. Но народ и власть, в том числе федеральная, не воспринимали с должной ответственностью эти предупреждения, не до конца чувствовали тревогу, которая звучала в его высказываниях.
В целях организации идеологического противоборства религиозному экстремизму, активно распространяющемуся в регионе при поддержке «ичкерийских идеологов», А. Кадыров организовывает и проводит Конгресс мусульман Северного Кавказа. На конгрессе был создан Координационный центр во главе с муфтием Ингушетии Албогачиевым для «объединения усилий представителей духовенства Северного Кавказа в борьбе с радикалистами и экстремистами. Антиваххабитская деятельность муфтия Кадырова мобилизовала экстремистов в их намерении уничтожить его, следствием чего стали преследования и многочисленные покушения против Ахмата-Хаджи, в результате которых гибли его ближайшие родственники.
В период ичкерийского безвременья происходит заметная трансформация политической позиции и политических воззрений А. Кадырова. Несмотря на то что некоторые исследователи упрекают его в непоследовательности, принципиально важно отметить, что эта трансформация не является сиюминутной, спонтанной. Она — результат длительных размышлений, анализа масхадовского режима, приведшего к снижению уровня духовно-нравственной культуры этноса, доминированию иррациональных, бездумных установок, к интеллектуальной и нравственной деконструкции личности, криминализации социума.
От позиции политического сепаратизма А. Кадыров эволюционирует к осознанию необходимости возращения Чечни и чеченцев в социокультурное, правовое пространство Российской Федерации. Чем обьяснить, такую политико-философскую метаморфозу? Она, безусловно, продиктована желанием вывести народ из политического тупика, изоляции, куда завели его ичкерийские лидеры и их хозяева, спасти многострадальный народ от возможного физического уничтожения или полного рассеяния.
Обладая личным мужеством, воспитанный на лучших традициях своего народа, Ахмат-Хаджи не мог мириться со страусиной политикой Масхадова, находившегося в окружении полевых командиров, экстремистов, террористов, многие из которых прибыли в «самостийную Ичкерию» «для ловли счастья и чинов». На этой почве Кадыров разошелся с Масхадовым. Окончательно разрыв этот оформился в начале августа 1999 года, что было связано с провокационным походом ваххабитов Кебедова, боевиков Басаева и Хаттаба в горный Дагестан.
В 1999–2000 годах деятельность А. Кадырова направлена на остановку войны, предотвращение разрушения Гудермеса и других населенных пунктов Чечни. Народ, которому совершенно не нужна была война, решительно поддержал политику Кадырова. Его искреннее желание погасить пламя войны, открытая политика, признание необходимости нахождения Чечни в составе многонационального Российского государства, некоррумпированность явились основанием того доверия, которое было ему оказано президентом России. Находясь на посту главы администрации, а затем и президента Чеченской Республики, он сполна оправдал это доверие.
Если говорить об основных вехах его политической и государственной деятельности, то нельзя не выделить такой значимый ее этап, как разработка проекта Конституции ЧР, подготовка и проведение 23 марта 2003 года общенационального референдума, на котором была принята Конституция ЧР, согласно которой республика признавалась субъектом Российской Федерации. В вопросе о политическом статусе Чечни был сделан правовой поворот от сепаратизма к возращению ее народа в конституционное поле единого многонационального Российского государства. Это политическое событие явилось основанием для снижения насилия и давления на население со стороны военных и активного противостояния силам сепаратизма, сторонникам разрушения России.