Но среди преподавателей были и сочувствующие Дешериеву. В своей книге «Жизнь во мгле и борьбе», вспоминая эти годы, он пишет: «Большую роль в моей дальнейшей судьбе сыграл академик И. И. Мещеряков, который, рискуя своим служебным положением, отстоял своего ученика, помог мне остаться в Москве и продолжить учебу в аспирантуре». В 1954 году Ю. Дешериев защитил докторскую диссертацию, год спустя получил звание профессора. В 1956 году его назначают заместителем директора института языкознания АН СССР. И здесь он проработал до 2002 года.
Но какие бы испытания не выпали на его долю, как бы глубоко не был занят наукой, он всегда помнил, что он сын чеченского народа, и при малейшей возможности, зачастую рискуя собой, стремился помочь своему народу и представителям других репрессированных народов.
В институте, где учился Юнус, числился докторантом первый ингушский докторант, кандидат филологических наук Д. Д. Мальсагов. В военные годы докторанты были обеспечены зарплатой и хорошим пайком. Это было немаловажно в то время. Но Мальсагова отчислили как представителя репрессированного народа. Это был удар, как моральный, так и материальный. Дешериев, находясь на полулегальном положении, старался помочь земляку. И помог, правда, при помощи своих преподавателей. Мальсагов не только продолжил учебу, но и смог пользоваться привилегиями докторанта.
Шел 1954 год. В воздухе еще витал дух «вождя всех времен и народов». И люди, которые осмеливались подавать голос о реабилитации репрессированных народов, подвергали себя серьезной опасности. К тому времени Юнус Дешериев был уже довольно известный ученый и мог в любое время лишиться всего: и званий, и научных трудов. Но эти вопросы уходили на второй план, когда он думал об оскорбительном и нечеловеческом положении чеченского народа. В 1954 году, когда готовилась к изданию Большая Советская Энциклопедия, Ю. Дешериеву, как ученому-языковеду, поручают написать отзыв о статье «СССР», а именно — по разделам «Население» и «Языки народов СССР». Обнаружив, что в статьях вообще не упоминаются ни единым словом репрессированные народы — чеченцы, ингуши, балкарцы, карачаевцы, калмыки и другие, Юнус Дешериев письменно заявил Н.С. Хрущеву о явном упущении составителей БСЭ. После этого письма и переговоров с работниками ЦК КПСС в БСЭ был включен 51-й том, где упоминалось о всех репрессированных народах, в том числе о чеченцах и ингушах.
Эта оттепель послужила тому, что была создана делегация в составе тринадцати человек, куда входили представители почти всех социальных групп: Ж. Зязиков, А. Гайсумов, М. Шатаев, С. Таштиев, X. Муталиев, А. Тайсумов, А. Саидов, А. Ташухаджиев, И. Базоркин, А. Матеев, X. Хаматханов, Ю. Дешериев. Все они приехали в Москву из Северной Азии и Казахстана, преодолевая большие материальные и психологические трудности. Их могли обвинить в нарушении паспортного режима, в пребывании в Москве, куда им не было разрешено выезжать. Эти люди ежедневно с 29 мая по 12 июня 1956 года добивались приема в Кремле. Они обращались в различные органы — в Президиум Верховного Совета СССР, в Совет Министров СССР, в Центральный комитет КПСС. Было выработано «Обращение», где были подписи всех членов делегации. Их долго не хотели принимать, предлагали по почте переслать «Обращение». Однако они дали телеграмму на имя Н. С. Хрущева, после чего делегацию принял и выслушал А.И. Микоян — член Политбюро ЦК КПСС. Это было 12 июня 1956 года.
Самым главным в «Обращении» был пункт номер один — разрешить чеченцам и ингушам вернуться на свою исконную родину — Кавказ и восстановить национальную автономию. А в декабре 1956 года вышел указ о реабилитации репрессированных народов и возвращении их на свои исконные земли. Это был исторический момент в жизни всех кавказских народов, которых ранее лишили родины. И в этом благодарном деле важную роль сыграл истинный сын своего народа Юнус Дешериевич Дешериев.
На протяжении долгих лет, особенно после восстановления Чечено-Ингушетии, много сил, знаний приложил Ю. Дешериев для обучения и подготовки будущих аспирантов, ученых из числа чеченцев и ингушей. Видные академики, ученые, ныне работающие в Чечне и Ингушетии, были его студентами, аспирантами. В те далекие 40-50-е годы, занимаясь исследованием нахских языков, Юнус часто бывал в научных командировках в Дагестане, Грузии, Азербайджане, встречался с такими видными учеными, как Т. Ганиашвили, А. Чикабава, В. Тонуриа. Эти грузинские языковеды сыграли важную роль в становлении будущего ученого. Он с особой теплотой вспоминал о них. В настоящее время одна из улиц в селе Ачхой-Мартана названа его именем.