Позже по инициативе Якова Нюничкина на месте этой церкви из оставшихся от нее материалов был построен дом-интернат со школой, где учились и дети из соседних сел. Казалось бы, Нюничкин свою вину искупил, вот только историю эту в селе не забыли до сих пор и часто припоминают его потомкам.
В 1941 году началась война, и Якова призвали на фронт в Севастополь, где он служил командиром взвода. В 1943 году он был ранен и вернулся в Чулпан — вернулся героем, с военными наградами, и занял свою прежнюю должность председателя сельсовета. По воспоминаниям родственников, отношение местных жителей к Якову в целом было хорошим: семьянин, отец четверых детей, участник Отечественной войны, он был ко всему прочему очень отзывчивым человеком. Занимая должность председателя сельсовета, не раз приходил на помощь нуждающимся жителям села, семьям фронтовиков, вдовам и детям. Говорят, именно это его и погубило.
Трагические события, которые перевернули жизнь Якова Нюничкина и его семьи, произошли двумя годами позже, в 1946 году.
Все началось в селе Коклюй Чулпанского сельсовета. Там жила женщина, муж которой умер, оставив ее с маленькими детьми без средств к существованию. Яков не смог закрыть глаза на ее горе — он дал ей лишний участок земли, совсем небольшой, около квадратного метра. Тогда и это могло спасти целую семью. По разным сведениям, имели место еще несколько подобных случаев. Но как и почему доброе дело Якова обернулось для него приговором — никому наверняка не известно. Поговаривают, что кто-то узнал о «щедрости» Нюничкина и стал уже не просить, а требовать лишнюю землю, впрочем, не особенно в ней нуждаясь. А когда получил отказ, пошел и написал донос. И на Якова завели дело. С должности сняли сразу, а вслед за ним уволили почти весь штат сотрудников.
Первое судебное заседание состоялось 6-го и 7 декабря 1946 года. Вместе с Нюничкиным по делу проходил Михаил Павлович Резцов 1915 года рождения. Резцов этот приходился Нюничкину дальним родственником и работал председателем колхоза «Красный чулпановец». По рассказам, мужчины состояли в дружеских отношениях. Вот только дружба эта сыграла с Яковом злую шутку.
Михаил Резцов был обвинен в злоупотреблении служебным положением (ст. 109 УК):
«…подсудимый Резцов Михаил Павлович работая в к/зе “красный Чулпановец” в должности председателя к/за, в период своей работы злоупотреблял своим служебным положением, а именно допускал нарушения устава с/х артели в к/зе заключающее в разбазаривании земли в к/зе в результате чего 32 хозяйства имели земли вверх нормы <…> В допущении содержанного излишка скота у колхозников 39 хозяйств 119 голов скота, <…> нарушил финансовую дисциплину в колхозе, задерживал в подотчетные суммы денег от 2 500 до 6 726 руб. Производил производственные расходы на покупку материалов, зерна и другие материалы в результате чего перерасходовал сверх смет 37 930 руб.».
Нюничкин, проходивший по той же статье, был обвинен в том, что «работая председателем Чулпанского с/совета в период своей работы злоупотреблял своим служебным положением, а именно не принял мер к нарушениям устава рыболовецкой артели в деле самовольной прирезке колхозниками, а также увеличения поголовья скота…»
Получается, оба обвинялись в превышении должностных полномочий, но в данном случае на Нюничкина легла ответственность за деяния Резцова: не проследил за подчиненным. Сами же «преступления» последнего, вернее, их детали, указанные в тексте приговора, вызывают сомнения. Так, например, там написано, что 32 хозяйства Чулпанского сельсовета имели в общей сложности чуть больше 19 километров лишней земли, что сравнимо с площадью самого сельсовета, если не превышает ее. Но самое поразительное — это суммы денег, которыми якобы оперировал Резцов. Перерасход составил немыслимые тридцать семь тысяч девятьсот тридцать рублей. Может, это не чей-то злой умысел, что вполне возможно, а просто грубая ошибка, вот только можно ли допускать подобные ошибки, когда речь идет о судьбе человека?
Если обвинение Резцова ограничивалось одной статьей, Нюничкин был также привлечен по ст. 117 УК. (Статья 117. Получение должностным лицом лично или через посредников в каком бы то ни было виде взятки за выполнение или невыполнение в интересах дающего какого-либо действия, которое должностное лицо могло или должно было совершить исключительно вследствие своего служебного положения, — лишение свободы на срок до двух лет.)
По итогам первого слушания Резцов был приговорен к лишению свободы на 3 года, Нюничкин — на 5 лет с конфискацией принадлежащего ему имущества. Приговор был обжалован, и следующее заседание суда состоялось 28 декабря 1946 года.