В начале июля 1915 года в море впервые вышел весь Дивизион подводных лодок, обеспечивая постановку подводным минным заградителем «Краб» минного заграждения в проливе Босфор в рамках операции флота по прикрытию перехода из Николаева в Севастополь нового дредноута «Императрица Мария». При этом «Нерпа» находилась на позиции в районе Зонгулдак – Босфор, обеспечивая блокаду подхода к проливу с востока, «Тюлень» – со стороны Румелийского берега, а «Морж» – с севера. По окончании операции подводные лодки продолжили действия на коммуникациях. «Нерпа» 29 июня 1915 года в б. Такат – Киой подводная лодка потопила пароход «Ugurola», на следующий день в б. Меджет – Киой обстреляла шхуну, а 2 июля атаковала другой пароход.
Подводная лодка «Тюлень» обнаружила 30 июня 1915 года у о. Кефкен группу парусников с грузом и потопила пять из них. «Морж» 28 июня 1915 года на меридиане Аладжиклара уничтожила парусник с грузом и пароход у Босфора, а на следующий день – большой угольный транспорт «Igneada». 3 июля 1915 года подводная лодка потопила в районе селения Ада Рыклар три шхуны с грузом: «lnaet-і Bahri», «Ticaret-і Bahri», «Hudavendigar». В период с 26 июня по 3 июля 1915 года «Нерпа» вновь действовала в районе Босфора. 2 июля у самого входа в Босфор она потопила барк, а на следующий день шхуну. «Морж» 26 числа 1915 года в заливе Аладжиклар атаковала торпедами 2 турецкие канонерские лодки и совместно с «Тюленем» турецкий крейсер «Gamidie» у Босфора. «Тюлень» 28 июля 1915 года у о. Кефкен потопила торпедой пароход «Zonguldak», 30 июля 1915 года у о. Кефкен потопила парусник с углем. 20 августа 1915 года атаковала вышедший из пролива колесный паром «Terakki», который был вынужден выброситься на берег. Подводная лодка «Нерпа» 23 августа 1915 года близ устья p. Сакария обнаружила неприятельский конвой и, сообщив об этом по радио находившимся поблизости русским блокадным эсминцам, вынудила суда конвоя выброситься на берег, где все три транспорта, а также оказавшийся поблизости буксир с баржей были уничтожены артиллерией и торпедами эсминцев «Быстрый» и «Пронзительный». 12 сентября 1915 года подводная лодка «Морж» была обнаружена и обстреляна у Босфора турецкой канонерской лодкой и береговой батареей Эльмас – Табия, 14 числа 1915 года в устье р. Агва уничтожила шхуну с углем.
В наступившем 1916 году основной задачей русских подводных лодок стала борьба с неприятельским судоходством. Март и апрель 1915 года ознаменовались рядом успешных десантов и наступлением русских войск в районах турецких портов Хомуркан и Офф. Подводные лодки также продолжали патрулирование в районе Зонгулдака, совместно с блокадными эскадренными миноносцами. Русские подводные лодки в юго-западной части Черного моря оказались главным средством борьбы на коммуникациях противника. Кроме того, подводные лодки начали еще и действия по нарушению судоходства между Турцией и нейтральной Румынией, территориальные воды которой использовались для перевозок.
1-13 января 1916 года подводная лодка «Нерпа» дважды обнаруживалась германской подводной лодкой UB8, 8 января 1916 года захватила в качестве приза парусник с грузом. С 27 января 1916 года, в соответствии с распоряжением штаба Командующего флотом, черноморские подводные лодки приступили к систематической разведке турецкого побережья. 28 января – 10 февраля «Тюлень» несла блокадную службу у Босфора. 23 февраля – 4 марта 1916 года в том же районе с задачей блокады Зонгулдака действовала «Нерпа», а с 5 по 13 марта 1916 года – вновь «Морж». 10 марта подводная лодка «Морж», со второй попытки торпедировала и потопила турецкий колесный буксир «Darica», вышедший из-за мола в Зонгулдаке, а буксировавшиеся им восемь барж остались дрейфовать. 12 марта 1916 года подводная лодка атаковала находившийся в дозоре у Зонгулдака турецкий вспомогательный тральщик «Rusumet №-2», но была отогнана огнем береговой батареи. 14–23 марта 1916 года «Тюлень» выходила в поход к берегам Болгарии и Босфору. 19 марта 1916 года подводная лодка в пяти милях от входа в Босфор обнаружила и атаковала двумя торпедами большой пароход, следовавший в охранении миноносца из Зонгулдака с грузом угля. Поврежденный взрывом одной из торпед турецкий пароход «Dutor», выбросился на берег у Галата – Бурну. 21 марта подводная лодка «Тюлень» у о. Кефкен обнаружила большую группу парусных шхун с грузом угля. Сблизившись с ними, «Тюлень» начала артиллерийский обстрел, потопив в итоге 11 шхун, причем некоторые из них пришлось поджечь, а для ускорения затопления даже таранить.